Basic Information

Symbol
NECTIN1
RNA class
mRNA
Alias
Nectin Cell Adhesion Molecule 1 Nectin-1 PRR1 HIgR CLPED1 PVRR1 SK-12 CD111 PVRL1 OFC7 HVEC PRR Poliovirus Receptor-Related 1 (Herpesvirus Entry Mediator C) Poliovirus Receptor-Related Protein 1 Herpes Virus Entry Mediator C Herpesvirus Ig-Like Receptor ED4 Ectodermal Dysplasia 4 (Margarita Island Type) Herpes Simplex Virus Type 1 Sensitivity Herpesvirus Entry Mediator C Poliovirus Receptor-Like 1 CD111 Antigen Nectin 1 Nectin HV1S PVRR HveC
Location (GRCh38)
11:119623408-119729200
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002855.5
Sequence length
5956.0 nt
GC content
0.6071

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2503.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2607.84 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1263.71
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002855.5 NCBI
AAAGAGAGCGAGAGCAGCGAGCGCGGCUCCACAUUGUUGCGGAUCGCCG… 5956 nt 0.6071
NM_203285.2 NCBI
AAAGAGAGCGAGAGCAGCGAGCGCGGCUCCACAUUGUUGCGGAUCGCCG… 2024 nt 0.6581
NM_203286.2 NCBI
AAAGAGAGCGAGAGCAGCGAGCGCGGCUCCACAUUGUUGCGGAUCGCCG… 1909 nt 0.6401
Summary

This gene encodes an adhesion protein that plays a role in the organization of adherens junctions and tight junctions in epithelial and endothelial cells. The protein is a calcium(2+)-independent cell-cell adhesion molecule that belongs to the immunoglobulin superfamily and has 3 extracellular immunoglobulin-like loops, a single transmembrane domain (in some isoforms), and a cytoplasmic region. This protein acts as a receptor for glycoprotein D (gD) of herpes simplex viruses 1 and 2 (HSV-1, HSV-2), and pseudorabies virus (PRV) and mediates viral entry into epithelial and neuronal cells. Mutations in this gene cause cleft lip and palate/ectodermal dysplasia 1 syndrome (CLPED1) as well as non-syndromic cleft lip with or without cleft palate (CL/P). Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding proteins with distinct C-termini. [provided by RefSeq, Oct 2009]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.