Basic Information

Symbol
NEDD9
RNA class
mRNA
Alias
Neural Precursor Cell Expressed, Developmentally Down-Regulated 9 CAS-L CASS2 HEF1 Cas Scaffolding Protein Family Member 2 Neural Precursor Cell Expressed Developmentally Down-Regulated Protein 9 Renal Carcinoma Antigen NY-REN-12 Enhancer Of Filamentation 1 CASL Crk-Associated Substrate Related Protein Cas-L CRK-Associated Substrate-Related Protein Enhancer Of Filamentation 1 P55 P130Cas-Related Protein Cas-Like Docking Cas-Like NEDD-9 CAS2 CasL P105
Location (GRCh38)
6:11183298-11382348
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006403.4
Sequence length
4522.0 nt
GC content
0.4741

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1389.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1471.89 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1298.85
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.......((((((((((.(((.....)))...((((((...((((((((((.......))))...........)))))).)))))).))))))))))......))))).(((..((((((....((((((..(((((.((((((((..((..(((((((..((((.....))))..)))))))..))(((((((....((((..((((......)))).))))..)).))))).(((..(......)..)))....((((((((((((.((((.((((((.(((.......)))((((.((...(((((((((.(((((....(((...((((.(((((((......((((....))))..))))))).)))).))))))))..)))).))))).)).))))((((((........(((......)))))))))......((.(((((...))).))))...........)))))).)))).)).......((.......)).))))))).))).....((((((.....((.....))......)))))).....((((((......))))))((((..(....)..))))..(((((......((((((......((.(.(((((((((((((.(((........))).)))).............(((.(((....((((((((.................))))))))..))).))).(((((..........(((((((((...((((.((((.(((((((((............(((((((...))))))).(((.....)))(((....)))........)))).))))).))))))))))))))))))))))................((((((((..((((.....((((....))))..))))....))))))))..........((((....(((((.........)))))..))))(((((.((((...)))).(((.((...)))))(((((((.......)))))))))))).....).))))))))))).))))))....)))))...)))).))))..)))))((((((((((.((((......((((((..(((((.....)))))..((((((((.(((((.....((.(..(((((....(((......)))....))))).).)).....))))).......(((..........))).(((((((.(((((((..(...(((((((.((((............(((((((((......((((((..(((..((((((((.(((((...)))))(((.(((((((((....((((.((((((......(((.((..(((((..........(((.(((((....))))).)))))))).))))))))))).)))).((..((((((....)))..)))..))......)))))))))....)))....))).)))))................(((....)))((((((((((((.((((((....)))))).))))))))))))...)))..))))))...))))))))).((((((....(((((...........)))))..))))))..)))))).)))))...)..))))))).)))))))(((.((((((....((((....))))...))))))...)))...((((.(((((((((((((((((((.(.........).)))))...)))))))..))))))).)))).((((((((.(((...((.(..((((.((.......................(((((((((((((..((((.......)).))..))))))))..))))))).))))..).))...))).))).))))).....))))))))...))))))(((((((((.(((((.(.((....))))))))..........(((.((((.((...((....))..)).)))))))......))))))))).))).).))))))))))))))))..((((((..........)))))))))))).))).((((.(.((..(((((...(((((..((((..((((.....(((((((((.((........)).)))(((((((((((....((....))....)))))))))))........((((........(((.(.((((......)))).).).))......)))).((((((((((((........)))).)).)).))))......(((((((((((((((((.....((((..(((((((...............(((((((((((((((((((((((....)).)))))))(((......)))..((((((....))))))....((((.....((((.(((..((((.((((......)))).))))))))))).))))....(((((....)))))((.(((............))).))..(((((((((..(((.((..((((((((...(((....)))..(((..(((...)))..))).((..((((....((((((...((.....))...)))))).....))))..)).................)))))))).)).)))..))))))))))))))...))..)))))))..........((((((((((((......)))).....(.((((((((((.......)))))))))).)((((((((...........(((((((((((......)))))))))))))))))))....(((((((.....((((((((((((((((..((((((((((((........)))))).(((((((.(((....(((((((..(((((((.((.((((..................)))))).))))))))))))))....((((((((((((.(((...((((..(((.....)))...))))...))).))).)))))).)))))).)).)))))..((((........))))(((.......)))((((......)))).(((....)))...........))))))..)))))).)))..))))))).(((((..(((((....))))).)).)))....((((.(((.(((....((((((((.(((((.(((...))).)))))....))))))))))).)))..))))))))))).......((((((..((((((....(((...((((((((..((((((....((((.(.......).)))).....))))))..))...))).)))...))).(((..((((((((((((....(((((........(((((((((((((((((((........))))))))).)))).......(((((...(((((...)))))))))).....(((((((.((((((((((.((((.....(((...(((((.((((((...(((((((.(((..((.((((((((((.............((((.((((((((((.....(((.((......))))))))))))))).)))).))))))))))..))..))).))))))).))))))...)))))....)))..(((((.....)).)))..)))))))((.(((........))).)).(((((....(((((....)))))..)))))((((((.....(((......)))..))))))...))))))).))))))))))))).........)))))))).)))))).)))..)))..................))))))))))))....))))))))(((((((...))))))).(((((............).))))...)))))))..)))).....))...)))))))........((((....))))...(((((((.(((.........))).)))))))(((((((((....)))).)))))......((((((((....(((((((((.((((..((...........(((((.....((((((.....))))))..))))).......(((.....)))....((((((((.((...((((((((......((...((.........))...))......))))))))...)).)))).))))(.(((((.......))))).)))...)))).)))))))))..)))))))).....))))))))......))))))...((((((((..((.....(.(((((((((((((..((((......(.((((((((..((((((.((.(((.((((.(((...))).)))).)))((((((..((((.....))))...)))))).)).))).)))..)))))))).)..))))..))))))..))))))).)))..))))).))).................))))..))))..)))))....))))).))).)))).....(((((((((..(((((....)))))....))).))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((({{{(,(((((({(((({........,)))})})}.}||{(,.{({{((((,,.((({(..((((((((.(((..{(.(((((((((.,.((((((......((((({((,,(....})))},..,)))).........}))})),,.........{((((...}))}}(((..(((((((,,.,{{{...}}}...{.(((.(((((((((((((({({,((...(((.((((((.{{..((((.,{((({....,.((((((((((((.((((.(((((({(((.......}}|||{{{((,.,({,{{|||{..((({.{.,((({.{(((({((,((((.,,.,.,,(({...||||.,}|||||,.((({{,,,})}})}.})))})},))})}.,.))|,||}}}}}))))}))).))))..))))),......,,||}||||{...)}}.}}}}.,,,.....,.)))))).)))).}}.......{(,......)).}))}}||,|||,,,,,((((((...,,{{.....}}...,,.)))))).,,.,((((((......))))))|{|{..||.,,)},}})}..({((({.....(((....}))..{{.(.((((((((.,(((.{{{,,,,....))).,,,,....,,.......(((.(((....((((((((.................))))))))..))).))).{((({..........(((((((({.,,((({{((((.(((((((((.......},,..(((((((...})))))).{{{.....}))|||...,}}}.,,,|}},}}||,|}}}}.}}}}}}}})))))))}}}}))}........,,,.....((((((((..((((.....((((....))))..))))....))))))))..,|||....{{{(....(((((.........))))),.}))),{{{{,|{{,...,}},.{{{.{{...}))))((({{{{.,....,)))))))}}})),.}}}..))))))))})}....)))}}).,({{,....,}}...,,..)))))))))......))))...,.))))))})))))))},..)))))))))).))))),.(((((.....((.(..(((({..{{(((......)))..},))))).).)).....)))))......((((((((((....(((((((((((.(((((((..({,.(((((((.((((........,,..(((((((((...,,{{{{{{,..|||..((((((((.(((((...)))))(((.(((((((((....((((.((((((......(((,{{..(((({.........,(((.{((({....})))).)))))))).})))))))))).)))).{{..{{{(((....)))..|||,.},.,,,}.)))))))))....)))....)))}}})))...............(((({{{.}}}((((((((((((.((((((....)))))).))))))))))))...}}}}}))))))...))))))))).((((((....(((((...........)))))..))))))..)))})).)))))...)},))))))).))))))).......))))...((((....))))(((((({{((((((....((({.(((((((((((((((((((.{.........,.)))))...)))))))..))))))).}))).((((.,.{.{{,,|||.....{{{{.{{.....,.||..,.........,.(((((((((((((..{(((.......))).)..))))))))..)))))}|,|}}|....,}..,})...((((({((.....)))},))))))))))))))))).))))}}))))).....}))))))..))}........})).)))))))..((((((..(...)..))))))}}))).)))))).)).,,))))),..})))))).,))||.((((((..........))))))||{,{{,|{{{((({({.{(,,{{({(,,.(((((..((((..((((.....(((({({((.((........|}.}}}(((((((((((....((....))....))))))))))),{,..,.,({{({{{{{{,{{,({({((((,,,,..},}}..,{{||,{(({{{||,.(((((((((({(,,,.....)))).))}}).)))),}},.,(((,,,{||||{|||||}|||,{{((,,{{(((((,....,,,,,,,,.,(((((({{{((((((((((((((....}),})))))}(({......}}}..((((((....))))))....,.||.,{{.((((.(((..{(((.((((......)))).)))}))))))).)))),,..(((((....))))){{.(((.,,.........))).}}..(((((((((..(((.((..((((((((...(((....)))..(((..(({...}))..)))..,..{{,,....((((((...((.....))...)))))).....}}},.,|,.,,.,,,.,....,...)))))))).)).)))..))))))))))))))...)}|,})}}}))........,,{||||||{|,{({{|{{,,|||{{{{{{{({{{{(((((.....,.})))))))}|{|{(({({({{({((...,|||||{{{{{{{|,,.,,,))))))))}},,,)))}},.}}||||||||,...,|||{{{,((((((((...,((((((((((,...,}}}}))))))}})}}||{.{||....(((((({..(((((((.((.((((..................)))))).))))))))))))))...,((((((((((((.{{(,.,((((,.{{,.....))),,,})}}...,},.}}}.}))))),,))},}.}}}}))))}}{{,|.,...}}})))}|{,.......}||{({(......)))}.{{|,|||))}|||,....,}}))))))|||,})))|}}}..||||||{,,,{(({{(((((....))))).{{{..,......})),{|,|||....((({{{{{.{{({{,{{,..,})).}}}}},,,,})))}))}},}.}}}}|},..,|||.(((((..........))))).}},})}|||...{({{(|||..{||{||....||||,|,,.....}|}}}}{{{..||||||{.,}.,}))).)))}},|||,{{{,,{{{((((({{,|,,,,{{{{{,,,,,,,,{{{{((({{((((((({((.,,,,,,.|||||||||.|},,....((((,((,...|||||,.,)})))))))}..}},(((((((.((((((((({{((((....,(((...(((((.((((({...(((((({.(((..((.((((((((((.............((((.((((((((((....,(((.((......)),)))))))))))).)))).))))))))))..))..))).})))))).))))))...))))).,,.}}}.,(({({.....)).)))..))))))){({(((........))}.)).{((((....(((((....))))).,))))}{((({,.....(((......)))..))}}},...))))))).)))))))}}}}}|,{,....,}))}}},||{|||}}|{||,,,,},......,}..})))..))))))))))}}},}},,)))},)))(((((((...))))))).{||||.,,........,),))})},,}}}}}}}..|}}}}},.,)).,,)))))}),..,,...,(((....)))),..(((((((.((({{...,}},),}.)))))))(((((((((....)))).)))))....({((((((((....(((((((((.((((..(({.,........{((({.....((((((.....})))))..}|||,.......{{{.....))}.,,.((((((((.((...((((((((......((,..,,.,},,....,,...}}.}},..))))))))...)).)))).)))),.{((((.......))))).)))...)))).)))))))))..))))))))}....,,,}})}}......,}))))...{||{{{{(,|{{....,|,{(((({,,{{{{{,,((({,{,{{,,.,{{{||||}.{|||||.||.{((.((((.(({...})).)))).))|{{{{{{..,{{|,,,.,)))),,,}))))),}),)}},,}),}}}}}}}}},,||)))},,}}}}}},,|||}|||,|}}..})))),}}}...,.,,,|||......}})),,))))..)))))....})))),)))})))).,.,}|||{|||{{..(((({....,}}}}...,))).))))),....,...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001142393.2 NCBI
GCUCAGUAGGGAAAUGCUUACAGCUGCCUCUAGAAGCAAGUCCGCUCGC… 4693 nt 0.4741
NM_001271033.2 NCBI
AGAGACUUGAGGGAGGCGCUGCGACUGACAAGCGGCUCUGCCCGGGACC… 4075 nt 0.4655
NM_006403.4 NCBI
AGAGACUUGAGGGAGGCGCUGCGACUGACAAGCGGCUCUGCCCGGGACC… 4522 nt 0.4741
NM_182966.4 NCBI
AGAGACUUGAGGGAGGCGCUGCGACUGACAAGCGGCUCUGCCCGGGACC… 3351 nt 0.4611
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the CRK-associated substrates family. Members of this family are adhesion docking molecules that mediate protein-protein interactions for signal transduction pathways. This protein is a focal adhesion protein that acts as a scaffold to regulate signaling complexes important in cell attachment, migration and invasion as well as apoptosis and the cell cycle. This protein has also been reported to have a role in cancer metastasis. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Aug 2012] CIViC Summary for NEDD9 Gene

Forensic Context

A study in human cardiac stromal cells from arrhythmogenic cardiomyopathy (ACM) patients identified the NEDD9 as significantly down-regulated in ACM samples via RNA-sequencing, a finding confirmed by RT-qPCR validation in an extended set [Rainer et al. DOI:10.1186/s12864-018-4876-6].