Basic Information

Symbol
NEIL3
RNA class
mRNA
Alias
Nei Like DNA Glycosylase 3 HFPG2 HNEI3 ZGRF3 FPG2 Zinc Finger, GRF-Type Containing 3 DNA Glycosylase/AP Lyase Neil3 Endonuclease VIII-Like 3 Endonuclease 8-Like 3 DNA Glycosylase FPG2 Nei-Like Protein 3 FLJ10858 Nei Endonuclease VIII-Like 3 (E. Coli) Nei Endonuclease VIII-Like 3 DNA Glycosylase HFPG2 EC 4.2.99.18 EC 3.2.2.- FGP2 NEI3
Location (GRCh38)
4:177309860-177362936
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden death from CNS diseases
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_018248.3
Sequence length
2363.0 nt
GC content
0.4113

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-653.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -700.57 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 704.79
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((.(((....((((((..(((((......)))..))..)))))).(((.(((......))).)))((((...((((......))))..)))).((((......))))......))))))))))))))...((((....((((....(((.(((((((((.(((.(((.((((.((((.(((((((.....))))))))))).)))).)))..))).).)))))))).)))((((.(((((((((((((((..............(((((.((.......(((((((((((....((.((((..((((..(((.((.(((...((((((((((.(((((...(((((((((.((((((....)))))).(((((............((((.((((((...............(((((.((((......)).))...)))))..(((....))).((((.((((((((....)))).))))..)))).)))))))))))))))......(((..((((((.((((.......((((.((((((.((((..((((.(((((.......))))).))))(((....)))....((((..(((((....((((.(......).))))....)))))))))....))))))))))))))...............((((((((((((....)))..)))))))))(((((((........)))))))......(((((.((((....))))...))))))))).))))))..))).......)))))))))(((((..(((.....(((((........)))))..)))))))).....)))))((((.(((.((((.....))))))).)))).((((((((......(((........)))))))))))...............(((..((((((((.((...(((.((...((((((.((..........))))))))....)).)))..)).)).))))))..)))....((((((..((((.(((..((((((((.(((.....))).........((((((((.(((........(((((.((...)).)))))........))).)))))))))))))))).(((((.......))))).))).)))))))))).....))))))).........(((((((............)))))))(((((.(((.((...........(((......))))).))))))))((((..((((....))))..)))).(((((..........)))))((((..(((((((((((.((((((..........)))))).).))))))))))))))....)))...)))..)).)))..)))).........((......)).....))))))...))))))))))).........))))))))))))...)))))))))).)))).........))))......))))..........((.((((.(((((((((((.....((((...))))...((.(.(((((........))).)).).))((((((.(((....((((.(((((..(((.(((((...............))))).....)))))))).)))))))))))))......((((((((((......))))))))))........((((((((...(((((...((((.(((((((((..............)))))..))))..))))...)))))(((.((..(((....(((((((((.((.((((((((((((((((((((((((......(..((((.(((.(((((((((((((((((((....)).)))))))...((((((((((...))))))))))((((((..(((....)))....)))))).((((........)))))))))..)))))..)))))))..)...)))))))))))((((((...))))))((((((.((((((.....(((............)))......))))))..))))))....)))))))))))))))))).))))))....)))..)).))).........(((((.((....)).)))))((((((((......)))))))).((((.((((((....)))).)).)))))))))))).))).)))))))).)))).))....(((((((.(((..(((((((((...)))))))))..)))((((.((((........)))).)))).((((((..(((((.....)))))....))))))....................(((((((((((.........)))))))))))...)))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((((((((({((,....}})))...|||||.|{{,{,({{((({(.{{....,||}|||}..,{{|||{|||,,,{,{,((({{{,,{{|||||||||||{,{,...|||||||||...||||||}||||}}},,}}|{||..,,((((....(((.(((((((((.(((.(((.((((.((((.(((((((,...,))))))))))).)))).)))..))).).)))))))).))}((((.(((((((((((((((.....,,,...,,,(((({,((.,....,(((((((((((..,,({.((({..((((..(({.((.(((((((.{(.(((((.((,,,...(((((((((,((((({....}))))}.{{((({{{,,{..{,..(({{.(({(({..............|((({{.||||..,,,,|||.|,{,}}}||.{(,,,,{,{{{.{{{({({|((((({,,,|}},.,|,,||||||,|||}}}|||,...)),.,.|.|{,|||..|||||||,...||||{{{{,.{{|||,(((|..,,{||{|||,.|||,,||},,,,}},,|||,...})).||,{{{..|{{{{({,||(|{{{{|,..,,{,{||}...,}}}||}|}|,,.,}}||||,|,||||,....}}}}.}.},,|((((((((((({....}}),,})))))))}(((((((........))))))).}},,,||{{{.((((....))))...))})),},}})))))}}}))}.,,|||.||}}}}}}}{{{{|.,|||,,,..{{{{{.,,...}}))}}),}}))))))).,,,(((({....|)}}}.((((.....))))},}||||,.{(((({|....,{((((........)))))))}))),,}},.....}....(((..((((((((.((...(((.((...((((((.((..........))))))))....)).)))..)).)).))))))..))).}},|}})|}).)))))}|}))))))((((((.((((((({.{,((((({{((((((((.(((........(((((.((...)).)))))........))).)))))))}.|||||(,{(((,,{.{{,...,))).),.}))),))}}))}...,))))))){{{.,....,},,,})}...}).}))))))).((((((((.(({{((.....}}}...{{(......}}},,.}))))))))))...,{{{....}}},)))))).(((((..........))))){{({..((((((((((,.((((((..........)))))).,.)))))))))))))}............,..,),)))..)))).........{{......})..,,,))))))...)))))))))))......,,.))))))))))))...)))))))))).)))).........}}}}......}}}}.....,,...,{.{{((,{,,,,||||{{....,||{{,.,,{,,,{{|{|,,.,||,........,||,((({({{((((((.(((....{(((.(((((..{{{.(((((...........,...))))).....})}))))).)))))))))))))......((((((((((......))))))))))....,,{{{(({,({{...{|{{{,,.||{(.({((((({,..,|,.,,.}}}}}))}}}..}|||,,}}}}...}}}})|||}...{((({.,{{{{{{.,{{{{{,,,({.(((((((((((...((((...(((({....},})))...))))...))))))))))),}),|{{{{...|{{,((((((((({...}))))))))).{,|||..,||}}}.}}}..,,))}}}},,.})))))))),})})}}}}},.,)))})))))})),||||}}}}}|||...((((((((...)))))))),,,..(((,((({.{{.((,....}}}}}}}).}}}.....,}}}},,}})}},)}}}})},},}}}})})))}.,||||,,..|,..|||.,{(((({({{{...||||,,.||}}}})}.}}}},{({({{{(,.....))))))))..,,,,.|||,..,,,||.||||..,,|||}},.,,,,}),)))))}}),)}}}.)}..,,}|(((((.(((..(((((((({...}))))))))..)))((((.((((........)))).)))).((((((..(((((.....)))))....)))))},,,,,...}}}}}.......(((((((((((.........)))))))))))...)))))}...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_018248.3 NCBI
AGUGCCCGCGCAGCGUUGAGUUGCACAGCGGUAUUCUCACCAGGCCCUG… 2363 nt 0.4113
Summary

NEIL3 belongs to a class of DNA glycosylases homologous to the bacterial Fpg/Nei family. These glycosylases initiate the first step in base excision repair by cleaving bases damaged by reactive oxygen species and introducing a DNA strand break via the associated lyase reaction (Bandaru et al., 2002 [PubMed 12509226]).[supplied by OMIM, Mar 2008]

Forensic Context

A study in humans identified 736 differentially expressed circRNAs in peripheral blood from ischemic stroke patients, with the NEIL3 being up-regulated and validated by qRT-PCR [Wei et al. DOI:10.1186/s12883-021-02397-0].