Basic Information

Symbol
NEUROD6
RNA class
mRNA
Alias
Neuronal Differentiation 6 BHLHa2 Math-2 Atoh2 NEX1M Nex1 Class A Basic Helix-Loop-Helix Protein 2 Neurogenic Differentiation Factor 6 Protein Atonal Homolog 2 Neurogenic Differentiation 6 Brain My051 Protein NeuroD6 BHLHA2 MATH2 ATOH2
Location (GRCh38)
7:31337465-31340726
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_022728.4
Sequence length
1959.0 nt
GC content
0.3925

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-460.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -500.92 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 416.44
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_022728.4 NCBI
ACUUUUUAGAGAUCAAUGAGAUAGUGCAGAUAUACACAGAUCUAGAGAC… 1959 nt 0.3925
Summary

This gene is a member of the NEUROD family of basic helix-loop-helix transcription factors. The encoded protein may be involved in the development and differentiation of the nervous system. [provided by RefSeq, Nov 2012]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the NEUROD6 is an mRNA marker used in targeted massively parallel sequencing assays for brain tissue identification [Hanson & Ballantyne DOI:10.3390/genes8110319]. This assay, along with other targeted MPS approaches, has been successfully applied for high-resolution forensic transcriptome analyses, including body fluid and tissue identification, demonstrating high specificity and sensitivity [Haas et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2021.102486].