Basic Information

Symbol
NEXN
RNA class
mRNA
Alias
Nexilin F-Actin Binding Protein Nexilin NELIN Nexilin (F Actin Binding Protein) F-Actin-Binding Protein CDM2M CMH20 Nelin
Location (GRCh38)
1:77888480-77943895
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_144573.4
Sequence length
3282.0 nt
GC content
0.3711

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-699.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -767.21 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 808.39
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001172309.2 NCBI
AGCCAGAGGACUCCCAGCGGCUGGAGCAGAAGUGUUAGCGGCCAGAGCU… 3090 nt 0.3699
NM_144573.4 NCBI
AGCCAGAGGACUCCCAGCGGCUGGAGCAGAAGUGUUAGCGGCCAGAGCU… 3282 nt 0.3711
Summary

This gene encodes a filamentous actin-binding protein that may function in cell adhesion and migration. Mutations in this gene have been associated with dilated cardiomyopathy, also known as CMD1CC. Alternatively spliced transcript variants have been described.[provided by RefSeq, Feb 2010]

Forensic Context

A study in humans using post-mortem cardiac tissues from sudden cardiac death victims identified a promoter variant in the NEXN gene, c.-194A>G, which was statistically significantly associated with decreased expression of the NEXN and cardiac hypertrophy [Jeppe D. Andersen et al. DOI:10.1007/s00414-019-02127-9]. This genetic re-examination via whole genome and transcriptome sequencing highlights the potential of investigating regulatory non-coding DNA variants and correlating them with gene expression to understand genetic risk factors in cases of sudden arrhythmic death syndrome.