Basic Information

Symbol
NFATC2
RNA class
mRNA
Alias
Nuclear Factor Of Activated T Cells 2 NFAT1 NFATp Nuclear Factor Of Activated T-Cells, Cytoplasmic, Calcineurin-Dependent 2 Nuclear Factor Of Activated T-Cells, Cytoplasmic 2 NFAT Pre-Existing Subunit NF-ATc2 NF-ATP Nuclear Factor Of Activated T-Cells, Preexisting Component NFAT Transcription Complex, Preexisting Component Preexisting Nuclear Factor Of Activated T-Cells 2 Nuclear Factor Of Activated T-Cells 2 T Cell Transcription Factor NFAT1 T-Cell Transcription Factor NFAT1 NFATc2 NF-ATp JCOSL NFATP
Location (GRCh38)
20:51386957-51562831
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_012340.5
Sequence length
7519.0 nt
GC content
0.5082

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2418.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2564.32 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1930.32
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001136021.3 NCBI
GCGUUGCCUCUGGAGUAAGCCGGAUCGCGGAGCCGCGCCGACUCCGCCG… 7449 nt 0.5040
NM_001258292.2 NCBI
GCGUUGCCUCUGGAGUAAGCCGGAUCGCGGAGCCGCGCCGACUCCGCCG… 7361 nt 0.5058
NM_001258294.2 NCBI
GCGUUGCCUCUGGAGUAAGCCGGAUCGCGGAGCCGCGCCGACUCCGCCG… 6935 nt 0.4924
NM_001258295.2 NCBI
GCGUUGCCUCUGGAGUAAGCCGGAUCGCGGAGCCGCGCCGACUCCGCCG… 6847 nt 0.4942
NM_001258296.2 NCBI
AGCAGGAAGCUCGCGCCGCCGUCGCCGCCGCCGCUCAGCUUCCCCGGGC… 7005 nt 0.4971
NM_001258297.2 NCBI
AGCAGGAAGCUCGCGCCGCCGUCGCCGCCGCCGCUCAGCUUCCCCGGGC… 6917 nt 0.4989
NM_012340.5 NCBI
AGCAGGAAGCUCGCGCCGCCGUCGCCGCCGCCGCUCAGCUUCCCCGGGC… 7519 nt 0.5082
NM_173091.4 NCBI
AGCAGGAAGCUCGCGCCGCCGUCGCCGCCGCCGCUCAGCUUCCCCGGGC… 7431 nt 0.5100
Summary

This gene is a member of the nuclear factor of activated T cells (NFAT) family. The product of this gene is a DNA-binding protein with a REL-homology region (RHR) and an NFAT-homology region (NHR). This protein is present in the cytosol and only translocates to the nucleus upon T cell receptor (TCR) stimulation, where it becomes a member of the nuclear factors of activated T cells transcription complex. This complex plays a central role in inducing gene transcription during the immune response. Alternate transcriptional splice variants encoding different isoforms have been characterized. [provided by RefSeq, Apr 2012]

Forensic Context

A study in a rat model of cavernous nerve injury erectile dysfunction identified the NFATC2 as an associated gene for the differentially expressed long non-coding RNA TCONS_00049985, which was validated as upregulated in the injured group [Cong et al. DOI:10.1016/j.jsxm.2020.05.008].