Basic Information

Symbol
NFATC3
RNA class
mRNA
Alias
Nuclear Factor Of Activated T Cells 3 NFAT4 N339260 NFATX Nuclear Factor Of Activated T-Cells, Cytoplasmic, Calcineurin-Dependent 3 Nuclear Factor Of Activated T-Cells, Cytoplasmic 3 NF-AT4c NF-ATc3 Nuclear Factor Of Activated T-Cells 3 T Cell Transcription Factor NFAT4 T-Cell Transcription Factor NFAT4 NFATc3 NF-AT4 NFATx
Location (GRCh38)
16:68084751-68229259
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_173165.3
Sequence length
6328.0 nt
GC content
0.4630

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1969.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2090.19 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2051.36
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004555.4 NCBI
AGGGCGCGAGAGCGCACCCGCGGCGGCGGUGGCGGCGACUGUGGGGGGG… 6432 nt 0.4632
NM_173163.3 NCBI
AGGGCGCGAGAGCGCACCCGCGGCGGCGGUGGCGGCGACUGUGGGGGGG… 6417 nt 0.4622
NM_173165.3 NCBI
AGGGCGCGAGAGCGCACCCGCGGCGGCGGUGGCGGCGACUGUGGGGGGG… 6328 nt 0.4630
Summary

The product of this gene is a member of the nuclear factors of activated T cells DNA-binding transcription complex. This complex consists of at least two components: a preexisting cytosolic component that translocates to the nucleus upon T cell receptor (TCR) stimulation and an inducible nuclear component. Other members of this family participate to form this complex also. The product of this gene plays a role in the regulation of gene expression in T cells and immature thymocytes. Several transcript variants encoding distinct isoforms have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Nov 2010]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the NFATC3 mRNA was significantly up-regulated in lung tissue following thoracic irradiation, as validated by RT-PCR (p=0.004), and was identified as a predicted target within a competitive endogenous RNA network related to Th1 and Th2 differentiation pathways [Li et al. DOI:10.2147/JIR.S322736].