Basic Information
Symbol
NFIL3
RNA class
mRNA
Alias
Nuclear Factor, Interleukin 3 Regulated
E4BP4
NF-IL3A
NFIL3A
IL3BP1
Interleukin-3 Promoter Transcriptional Activator
Nuclear Factor Interleukin-3-Regulated Protein
Adenovirus E4 Promoter Region Binding Protein
Transcriptional Activator NF-IL3A
Interleukin-3-Binding Protein 1
E4 Promoter-Binding Protein 4
Interleukin-3 Binding Protein 1
E4 Promoter-Binding Protein
Location (GRCh38)
9:91408748-91425066
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
Other applications
MANE select
Transcript ID
NM_005384.3
Sequence length
2055.0 nt
GC content
0.4623
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-593.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-632.25 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
464.86
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AAUUGUGCAGGGGGCGGUGUUUGUGCGUGGAGCUUUCCCUCCCGGCUCC… | 2228 nt | 0.4704 | |
| AAUUGUGCAGGGGGCGGUGUUUGUGCGUGGAGCUUUCCCUCCCGGCUCC… | 2080 nt | 0.4558 | |
| AACACACAUCUCUCCGCGCGGCCACGGCGCCCGCGGACCCGGCGCGCCC… | 2055 nt | 0.4623 |
Summary
The protein encoded by this gene is a transcriptional regulator that binds as a homodimer to activating transcription factor (ATF) sites in many cellular and viral promoters. The encoded protein represses PER1 and PER2 expression and therefore plays a role in the regulation of circadian rhythm. Three transcript variants encoding the same protein have been found for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2014]
Forensic Context
A study in mice demonstrated that the NFIL3 is part of a common gene signature for anterior hemibody irradiation across 0.5, 2, and 10 Gy doses, with peripheral blood expression profiles predicting radiation status versus non-irradiated controls with 79-100% accuracy [Meadows et al. DOI:10.1371/journal.pone.0011535]. In human prostate tissue, the NFIL3 was identified as an upregulated mRNA marker in high postmortem interval samples, functioning as a transcription factor indicative of active postmortem gene transcription [Javan et al. DOI:10.1038/s41598-025-29561-7].