Basic Information

Symbol
NFIX
RNA class
mRNA
Alias
Nuclear Factor I X NF1A CCAAT-Box-Binding Transcription Factor Nuclear Factor 1 X-Type TGGCA-Binding Protein Nuclear Factor 1/X NF-I/X NF1-X CTF Nuclear Factor I/X (CCAAT-Binding Transcription Factor) CCAAT-Binding Transcription Factor Nuclear Factor I/X MRSHSS SOTOS2 MALNS NFI-X
Location (GRCh38)
19:12995475-13098796
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001365902.3
Sequence length
6019.0 nt
GC content
0.6097

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2496.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2599.92 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1389.44
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001271043.2 NCBI
AGACGGACACUGUGCCGGGGCGAGCUGACAGGAGUUCACGGCUGCGAUA… 5733 nt 0.5948
NM_001271044.3 NCBI
ACUCUUUUGAGUCCAGAAUCUCAGAAUCGGGCGUUGGGCUUUGCCGGGU… 5535 nt 0.5922
NM_001365902.3 NCBI
GUCUAAACUUUCACUUUCACAGCGCGGCGGCUGCGGCGGCGGCGGCGGC… 6019 nt 0.6097
NM_001365982.2 NCBI
GUCUAAACUUUCACUUUCACAGCGCGGCGGCUGCGGCGGCGGCGGCGGC… 5739 nt 0.6090
NM_001365983.2 NCBI
GCAGACGGACACUGUGCCGGGGCGAGCUGACAGGAGUUCACGGCUGCGA… 5576 nt 0.5940
NM_001365984.2 NCBI
GUCUGGCUGCUGAGGCUGAGAUGGGAGCAAGUGGCUGGCGAAGCUGGUG… 5862 nt 0.5945
NM_001365985.2 NCBI
GUCUGGCUGCUGAGGCUGAGAUGGGAGCAAGUGGCUGGCGAAGCUGGUG… 5714 nt 0.5935
NM_001378404.1 NCBI
ACUCUUUUGAGUCCAGAAUCUCAGAAUCGGGCGUUGGGCUUUGCCGGGU… 5692 nt 0.5933
NM_001378405.1 NCBI
GCAGACGGACACUGUGCCGGGGCGAGCUGACAGGAGUUCACGGCUGCGA… 5770 nt 0.5950
NM_002501.4 NCBI
GUCUAAACUUUCACUUUCACAGCGCGGCGGCUGCGGCGGCGGCGGCGGC… 5862 nt 0.6092
Summary

The protein encoded by this gene is a transcription factor that binds the palindromic sequence 5'-TTGGCNNNNNGCCAA-3 in viral and cellular promoters. The encoded protein can also stimulate adenovirus replication in vitro. Three transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2012]

Forensic Context

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