Basic Information

Symbol
NFKB1
RNA class
mRNA
Alias
Nuclear Factor Kappa B Subunit 1 Nuclear Factor Of Kappa Light Polypeptide Gene Enhancer In B-Cells 1 Nuclear Factor NF-Kappa-B P105 Subunit NF-KappaB NFKB-P50 NFkappaB NF-KB1 KBF1 DNA-Binding Factor KBF1 EBP-1 P105 P50 Nuclear Factor Kappa-B DNA Binding Subunit Nuclear Factor NF-Kappa-B P50 Subunit NF-Kappabeta NF-Kappa-B1 NFKB-P105 CVID12 NF-KB
Location (GRCh38)
4:102500937-102617302
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003998.4
Sequence length
4055.0 nt
GC content
0.5009

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1349.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1429.42 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1399.88
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((......(((((((((((((((((((((.(((...((..((((((((((((((((..((((((...(((.............(((..(((.((((((...((.((.((((((...)).))))..)).))...)))))).)))..)))))).))))))))))).)))))).((((((.(((((((....(((((((((.(((.((((.(.(((((....(((........))).))))).).))))..))))))))))))))))))).)))..)))((((..(((..((((...((........))...))))..))).)))).)))))...)).))).)))))))))(((((..(((((.(((....))))))..))..)))))))))...((.(((....)))))....))).)))))......))))).......((((((((((.(((((((.((((((((.....((((((...))))))(((((((.(((((..................((((((................(((.((((.....))))...)))....((((((.(((((((......)))(((.((((.(....).)))).)))..)))).))))))......(((.(((((.(.(((((((((((((((((......(((.(((((..(((((.(((((....)))))..((((((((((.((((((...(((((.((.((((((....))).............((((((((((((((((......)))))....)).))).))).)))...))).)).))))))))))).)))....)))))))(((..((...))..))).))))).))))).)))..((((..........))))...)))))))......(((((((((((((((((..((((((.....((((((.((((((((((.((((..((..((((.((((....)))))))))).))))....))).))))))).))))))......((......))..((((((..(((((((((..((((((.((.(((.......))).)).))).......(((((.....(((((.(((((((((((((((((...((((.((((.(((...))).)))).)))).................(((((((((((((..((((...(((.....)))...)))).(((((((.((((((((((..(((((((((.(((.((.(((((.(((......))).))))).))...((((((((.(((...................))).))))))))..........))).)))))))))..)))..(((...(((((((.....)))))))....)))............((((((((.((((((.((((..((((((((.(((.((((((.(((((.....))))).((((...........)))).......((.(((((((((((((((..........((((((..((((((.............))).)))....)))))).....))))))).)))))))).)).))))))...))).))))))))..)))).))))))(((((((((...(((((..(((.....((((((((.(((.((((((((((((...(((((((((((((...))))))).....(((((...)))))......)))))).)).)))))...))).))..))).))))).)))..(((.....)))........(((((.((....)).))))).......(((((..((((((((((((.((((((..(((..(((.((...((((....(((((((.(....))))))))..))))...))((((((..........................)))))))))..)))...))))))...))))))))).)))...))))).(((.((((.(((((....))))))))).))).(((((((((((((.(...((((.((((.((((((....)))))).))))))))).))))(((((.(((((((((((..(((((...)))))..............))))))))))).))))).(((((((.((((((.......))))))..)))))))((((....))))....(((((.....((((...)))).((....))..((((((((((.((((.(((((..(((((((((((.(...((((((((((((.(((....))).)))))))......((((((((((..((((((((((......)).))))).(((((........))))))))....)))))))))).......((((.......(((..((((.((((...))))..)))).)))))))...((((.......)))))))))...)))))))))))).)))))((((((.(((((((..((.(((((((.(((((.(((((...((.(((((.(((......))).)))))))((((.((.........((.((..((((((...))))))..))))(((((.((.((((((((..........)))).))))...)))))))((((.....))))(((((((..(((((((..(((((((((((((((((((((((.((((.........)))).)).....)))))))(((((((((..((.(((....))).))....))...)))))))....))))))))((((((((..((((((.........)))...(((((((.(((((((.....((((..((((....))))...((((((..(((((((((......((((((((..................))))).)))))))))))).)))..)))(((.....)))(((......))).(((((((..((.(((.((((...)))).)))...))..)))))))))))......))))))).)))))))..(((((((.((((((.....(((((((....))))))).....))))))...)).))).))(((((((..(((((..........))))).))))..))).......))).))))))))....))))))..)))..))))..)))))))))))))..(((((((..................)))))))..........)))))))).)).))))...))).))..)))))))((((((......))))))..((((.........)))).....))))))))))..)))))))))).)))))......(((((.........)))))(((((....((.((.((((........)))).))))...)))))..)))))))))..)))..)))))....))))))))).(((((.....)))))...((((((((.(.(((((...(((.((((((..((((....((((....((((((......))))))....))))....))))..)))))).))).................))))).)))))).))).)))))))).....)))).))))))))))...)))))))).))))).)))))).((((...))))..)))))).))))))))))....))))))))))))))).))..)))))))))))).))).)))..))).))))))))...))))))).))).))))))))).....))))))......(((......)))..)))))..))))))).....(((.(((.(((......))).))).)))((((((((.((((....)))).)))))))))))))))).))))))))))))).)))).............................((((((((....(((((((.(((((((((.(((.(((((.((........)).))))).)))...))..))))))).)))))))..((((((.((((.(((.......))).)))).))))))....((((.(((((((((..........)))))))))...)))).)))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({(({{{,{{({((((((((({(((,,((((.(((..,({,.{(((,{{{{{||||{{..{||{{|.,.({|||..,}||||,,,{{{,,((({((((((...((.((.((((((...)),})))..)).))...)))))).|,,.,||)||||||||||}||||.|||||}.(({(({.(((((((....(((((((({{(((.((((.(.(((((....(((........))).))))).).))))..))))))))))))))))))).))).})))}{{||.||||}{{{({..(({,,{,...|...,)))),.|}}.|)))}))))){{{||{|||{|||||||||(((,,{{(((((.{,,....)))))).,))}}))))||{{{...{|||{|,,{{|||||...|{|,.,,)))....}})))))....,{{(({,{{.,(,(((((...(((((.(((((..{((.((({..|,,,||(({{{{|{{(((........,{{{{{{......{|||||||,.........{{(((,((((.....)))).}}}}},,,.,,,|,.....{{{{......}}}}.|}}||}}|},,,},..,,.},.}))).))),.)))})..))))}.{||||},.|{||,((((,(((((((......(((.(((((..(((((.{((((....}}|||,.((((((((((.((((({..{(((((.((.(({{({....}},.||||.......||||{{{{({,{(((({..,..,|||}}....}}})}},})).)))).,))),)).))))))))))).))),...})))))){|{,,|{...}}..))),))))).))))).)))..((((..........))))...))))))).}}}}.,.,,.,,,{||}|||{,,.,{||||{,...,}}))).)))))}))))))}||,,{({((({{...,||||,..(((.((((((((((,,((((((...((.(.(((({,...,((((.{((({,,.{((((((.,({{{|.{{((((((({,.(({||{(((.((((.,((((((.{,....{({(((({{....((((.(((((..(((((((....((((.((((.(((...))).)))).)))).,,{,{{,,.,,....|{,{{{{((((((((.{{,{....(({{........})))..|}}.)))))))))..,||}.|||(((((,.,,,.{(,(((((.(((......))).))))},},..,((({{(((.{({,,......,,...,,..,|})),}}))))||{{{{{{{,...,}}))))))))}..}}}.,|||,,,||||,,|..,..}}||||||....|||....|||,,.,,,))},,..{(((((.,(((..((((((({.{,,.{((((({((((({,....,|,{,{{({...,.,,,..,|||,.,{,|||((|((((({((((,,,{{,...,,,...{{{|{||,{{||||,,,.{,,,.|,,,||}.}}},...}}}}}}}}}}})))))))})}})))}},)},}))))))))))).))))))))..)))}.))))))(((((((((...(((((..(((..,,.((((((((.(((.((((((((((((...(((((((((((((...})))))}.....{((({...})))}.....,)))))).)).))))}...))).))..))).))))).)))..,{{.....,||,({{,..,{((((.((....||,}|}}}.......{(({,..{((((,(((,,,.,,...,....}}}.||}|....{{{|,{,,(((((((.(....||||}}}}.,}|}}{,{,,|,|||{..,,,.,,,...,,,..,....{,,{||}||}||||.}}})}},))...}}})))}}}||||{||,|.}||||{{({.{{{{.{||{|,...))))))))),)},.(((((((((,,,({(({.{({,{((((.((((((....)))))).)))))|||{{{{(((((((.(((((((((((,.{((((...,}}}|.,,,,,.,.|,|,||,}}))))))}.{{(((,{(({{((.{{{||{.,||,|.{(((({..|((((((.(((..........))).))))}},,||.,.}))))).,..}}))})),,}}}))))},|{{{.{((((,.||{{{((((||,{,..{{{{|(((((((.(((....))).))))))).,,...((((((((((..{{,,,{|{{{,...,,})),},}}.{{{{{........)))))))}....)))))))))).......((((.,.....{((..((((.{(((...})))..)))).)}}))))..{((((.......))))))))}..,})})))}}})}}.,}})}|||||||(((((((..((.(((((((.(((((.(((((,..,{{(((((.((({{{{.{|||.}}|||}|(({,.{,....,..,,.,,|,..||||})))}}})))}}})))}(((((.((.((((((((.......,..)))).})))...)))))))((((.....)))){{{{(((.,({(((((,,((({{({{((((((((({{{{((,{(((,|......,)))).)),,...}}}}}}}(((((({,{..(({(((,...|}}.}}|...,}.,,}))))))....}}}}}}}}|||||||{..|{{|||.},,,...,))),||(((((((.{(((({{,,.....,{,.((((....)))).|,|{{((({{{,,.,,|||,.,{.,,,.{{,,,...,|,,|,|.},..{{{{||||{|..|..,,},.)}),.}})))}}..,,||}.,|||....,,}},.,((((((..,,.(((.((({...)))).)))...}}..))))))}||.,,}},..})))))).))))))).}},|||}||{||{|{..,,.(((((((....)))))))}|,|,|||}}}..,,}|}}}}},(((((((..(((((..........))))).)))),.}))...,,,.))},))))))}}||,,))}}}},.|||..}}}).,}}}}}}}||,,.,{{{{{{|{({,{{,{,{(((((.....)))))),.....}.,},))}})))).)).)))}...))).))..))))))){(((((...{{{||||||..,,{{.|,......}}}}...,,,,{(((({|,..,)))))}}....,.........((((({({....}))))))}}}}))}.,}}|{(.((((........)))).))},...}))))..)))))))))..)))..)))))....))))))))).,((((.....))))))))))).))))))))),}))}))},}},,)))))),,)))))))}.....((((((......)))))).....,,.....)),,}})))))))))}},.....,|||||,,|||,,||||||{{,.(((((.((((((.((..,{{{,....}},.}},))))))))))))),}}.}))|,|,}}}.,}}})))},})),))))))))})))))...)))).})))))).).))...))))))))))),)).)))).)))...)))}))},..})))},}}.))),|||,,,,))}...,}|||||{||,..(((......)))...,......,}))}}.,||,,{{,{{{.{{{{,...,|||||||.,..{(((((((.((({....,))},)))))))))}}})))}...}|}|||||||,,,,,{{{({{{.................,,,,,....{{{{{||||{((((((.(((((((((.(((.(((((.((........)).))))).)))...))..))))))).))))))|,,(((({{.,{{{.|||,,,,....))})))),)}}}}}....,,,|,}}}}}|.{{{|.((((({...)))))),.},})))))})))))}}},}.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001165412.2 NCBI
GAAGUGCACCAGCGAGCCGGGGCAGGAAGAGGAGGUUUCGCCACCGGAG… 4052 nt 0.5007
NM_001319226.2 NCBI
AGUAGCUGAGAGGCACAUGGGAUUAGCGACAGCGGGGAAAGACACAUCC… 3856 nt 0.4754
NM_001382625.1 NCBI
AGUAGCUGAGAGGCACAUGGGAUUAGCGACAGCGGGGAAAGACACAUCC… 3934 nt 0.4741
NM_001382626.1 NCBI
GAAGUGCACCAGCGAGCCGGGGCAGGAAGAGGAGGUUUCGCCACCGGAG… 4125 nt 0.4989
NM_001382627.1 NCBI
GAAGUGCACCAGCGAGCCGGGGCAGGAAGAGGAGGUUUCGCCACCGGAG… 4122 nt 0.4988
NM_001382628.1 NCBI
GAAGUGCACCAGCGAGCCGGGGCAGGAAGAGGAGGUUUCGCCACCGGAG… 4006 nt 0.5015
NM_003998.4 NCBI
GAAGUGCACCAGCGAGCCGGGGCAGGAAGAGGAGGUUUCGCCACCGGAG… 4055 nt 0.5009
Summary

This gene encodes a 105 kD protein which can undergo cotranslational processing by the 26S proteasome to produce a 50 kD protein. The 105 kD protein is a Rel protein-specific transcription inhibitor and the 50 kD protein is a DNA binding subunit of the NF-kappa-B (NFKB) protein complex. NFKB is a transcription regulator that is activated by various intra- and extra-cellular stimuli such as cytokines, oxidant-free radicals, ultraviolet irradiation, and bacterial or viral products. Activated NFKB translocates into the nucleus and stimulates the expression of genes involved in a wide variety of biological functions. Inappropriate activation of NFKB has been associated with a number of inflammatory diseases while persistent inhibition of NFKB leads to inappropriate immune cell development or delayed cell growth. NFKB is a critical regulator of the immediate-early response to viral infection. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms, at least one of which is proteolytically processed. [provided by RefSeq, Aug 2020]

Forensic Context

A study in pigs demonstrated that the mRNA expression of the NFKB1 was upregulated in bruises at 2 hours post-injury and then decreased at 5 and 8 hours relative to control tissue [Barington et al. DOI:10.1016/J.Jflm.2018.06.005]. In a rat model of traumatic brain injury, the NFKB1 gene was upregulated in the cerebral cortex at 3, 6, and 12 hours post-injury, with its expression pattern associated with the inflammatory response preceding apoptosis [Shojo et al. DOI:10.1016/j.neuroscience.2010.10.018].