Basic Information

Symbol
NFKB2
RNA class
mRNA
Alias
Nuclear Factor Kappa B Subunit 2 P49/P100 LYT-10 NF-KB2 P52 Nuclear Factor Of Kappa Light Polypeptide Gene Enhancer In B-Cells 2 (P49/P100) Lymphocyte Translocation Chromosome 10 Protein Nuclear Factor NF-Kappa-B P100 Subunit DNA-Binding Factor KBF2 Oncogene Lyt-10 H2TF1 LYT10 P105 Nuclear Factor Of Kappa Light Polypeptide Gene Enhancer In B-Cells 2 Nuclear Factor Of Kappa Light Chain Gene Enhancer In B Cells 2 Nuclear Factor NF-Kappa-B P52 Subunit Nuclear Factor Kappa-B, Subunit 2 Transcription Factor NFKB2 NFKB, P52/P100 Subunit CVID10 Lyt10 P100
Location (GRCh38)
10:102394110-102402529
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001322934.2
Sequence length
3015.0 nt
GC content
0.6116

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1274.39 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1323.46 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 693.59
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((((((((..((((..(((....((((..(((((.((((((((((((((((..(.((((.((((.((((((.((((.((((((.((.((((.....(((((((...((((.(((((...((((.(((...((...((((((...)))).).)...))...))).))).)...)))))))))(((((.....((.(((.(((.....))).))).)).....))))).(((..((...))..)))..)))))))......)))).))))).)))..((((.((((...(((((........))))).........((((.((((.....(((((.((.(((((((((((....))).)))))).)).)).)))))...)).)))))))))).))))((((((.((.((.((((((.....)).....((((((((.((((........))).)..))))))))((((..(((((((......)))))))))))...)))).)).)).)))))).(((.......)))((((....(((.(((((((((((...........)))).(((((.(((((..((....)).)))))...))))).............((((((.(((((((((((((....(((((....)))))..)))).))))..((((....))))(((.(((.(((((....((((...((((....((....(((...(((((....))))).)))..))..)))).....))))..))))).)))))).))))).)))))).))))))).)))..)))).(((((...((.((((((.((((.........)))).))))))))...))))).....))))..)).)))).)))))))).)(((..((((.((((((((......))).))))).))))..)))))))))))))).......))).))))))).)))).))).))))...(((((....)))))(((((.((.(((((.....))))))))))))...(((((((.(((((....(((........))).....(((......(((((((.......))))))).....))))))))..)))))))...........((((((...........))))))......))))).)).)))).))))).(((((..((((((((.(.(((((((((((....((((((((((((((.....((((((((((..((((.(......((((((((..((.((..(((((((.((((((..((.(((((((((((((...((((((.......((((((.((..(((((.((((.(((...)))))))...))))).)).)))))).((((((.(.(((...)))).))))))..))))))....))))))))))))).)).)))....))).)))))))..)).))..(((((((((((.(((((.((((.(((((((((.((((((.((((((..((.(((((((((((.((((.((((((((.((((.((((.....))))......(((((......)))))))))))))))).).)))).(((((((((((((.......)))))........((.......)).(((((((((.((......(((((.....)).)))......((((((.((............((.(((((.((...)).))))).))....((((((((((..((((.((.((((((((.......)).)))).))...))))))..).)).))))))))).))))))..)).)))))))))..(((((...)))))....((((((........))))))...))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))).)))((((((....((((..((((.(((..((((((.(((((.......(((.......))).((((....)))).((((.(((((((((.(((((......)).).)).)))).))))))))))))))))))))...))))))).)))).))))))((((((((((.(((((((((.(((((........))))).))).)))...))).))).))).)))).........)))))))))...)))...))))))))...((((((.........))))))(((.(((((((((..(((((.....)))))((((.((((.(....).)))).))))......)))).))))....).)))))))))))).))))..))))))))))......(((((((((.....(((..(((..((((((....)))...)))....)))..)))(((((.....)))))............((((((...((((....)))))))))).....)))).))))).......)))))))))))))).((((((.(((...(((((...(((.((((((((.(((((....(((((((.....(((...((((((((....((((.....))))..))))))))..))).....)))))))((((((((((....)))))((((......))))..)))))....))))).)))))))))))))))).(((((...))))))))))))))(((((...)))))..))))(((((((((...))).)))))).)))))))).))))))))...(((((((((.....((((..((..(((((((..(((.......)))..))..).))))..)).))))(((..(((((((.(.(..(((((......((.((((((....((((......)))).)))))).))...(((....))).))))).).).)))))))..)))..(((....))).((((((((((((...(((.......(((((.((........................................)).)))))......)))....)).)))))))))).)))))))))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((((((((((((((((((..(((...,(((((.,,,,((.,,,,..{||,......{{||,....}}}}}..))))))))).))))),)))}{{{.....{{{((({..{((({,{{(((({,({{({{(({{.{{{,,{,((({...||||,,,,,,.|||...||,|},.,..}}}|||}})|{,||{|,{{,({.{{,.|||,,,.,||}..,},}},{{{{{{|...|||,..|,,|||,|{{{{{,.{{{.....,)}}.|))),}}}..}|))||{{{{((((..(((((........))))))))}...,}|||.{(((({....(((((.((.({(((((((((....))).)))))),}).)).)))))......,,..||{|,,|||,.,|.,,.....}}}}),))}}})))))}....((((((((.{(((........))).}..)))))))){(((..(((((((......)))))))))))..)))),).)))))),.}))),})}}.,,,|{{{{{{|,,.{||{{..,,,.(((((...........})))}||}}},..(((,,.(((((.(({.,,|.(((((((..((.((({.....,,,.,.{({.,((((((((||,,{{(({....)))))..}}))}}))}.},,|}{||,{|{||,||..,,{|||.......||,{{.((((.{{(.(((((((....(((.((((..((((((((((({{(((..(..(((.(((((((((((....((((((.(((....}}}(((((((({(.(((.(((((...((.((((((.((((.........)))).))))))))...)))))....,,,(,,....})}),}))).))))))))).{{((,((({{{(({,....,,,.))))).))))}}|.,,...,,((.((((({{.......}}.})))).)).)))))).,({((((((......)))),}))}(((......))}((((({{(((((.((((...((((,{,,({((....}})}....,({(((((({{{,..{{{{((,,,.}}..}}),,))(((((.(((((((((.((((({{..((((......((((((...........))))))......)))).,}|||{..((((((({{,((..(((...}))..(((((((...(((((((((((((((...))))..((((((((((..,((({({{{,..,(((((((..((.((..(((((((.((((((..((.(((((((((((((...((((((.,.....((((((.((..(((((.(((({(((...)))))))...))))).)).)))))).((((((.(.(((...)))).)))))).,))))))....))))))))))))).)).))),...})).)))))))..)),)}..(((((((((((.((((((((((.(((((((((.((((((.((((((..,,.(((((((((((.((((.((((((((.((((.((((.....))))......(((((......)))))))))))))))).).)))).(((((((((((((.......))))).,,.....{{.......,,.(((((((((.((......(({,({,,..}}.})),,..,}((((((.((,...........{(.(((((.((...)).))))).)}....{((((({{{(,,((((.((.((((((((.......)).)))).))..})}))))..}.)),))))))))).))))))..)).)))))))))..(((((...)))))....((((((........))))))...)))))))))))))))))))},)))))).)))))))))))).)))((((({{...((((..((((.(((..((((({,(((((,,.....(((.......))).{{{{,..,||||,{(((.(((({(({(.((,,...,,.,.),},)),}))}.}))))))}})))))))))))...))))))).)))).}}))))|||{((((((.(((((((((.(((((........))))).))).)))}..,)).))).))).,}}|,...,,...)))))))))...)))...))))))))...((((((.........))))))(((.(((((((((..(((((.....)))),((((.((((.{....).)))).))))......)))).))))....).)))))))))))))))),,.))))))))))......(((((.......))))))))))))))))..)))))))....}}......))))))),.)),))))))))))...)))).)))))((((.((((((....)))))).))))....}}}}|}}},....,{,,{||||({(((({..((({(((((,,.(((((((((((((.((((((((.(((((....(((((((,{...(((...((((((((....((((.....))))..))))))))..)))..}}.)))))))((((((((((....)))))((((......))))..)))))....))))).)))))))))))||||{.(((((,...,,)))))))))))|{(({...})))),..,..,|||||||,}}}.,,})))),,.,.)})))).))},})))|)|,,,((((......)))).......|(((|......},)),}.))))..)))).))))))))))))))))))},))).)))..))))))))))))))))..)))))))..((((......)))).||(,.,{{{{..{||||..},|,|,}}}||}}.}}.).)))),)))}}))),,})))),))),.,..||....))))))))..))))))).}...)))...))))).,,.,},}})})))}}}}.,,,...},}))).,......}))}......{|||||||{{,|,...,}}}))))))}.....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001077494.3 NCBI
CCGCAACCAGAGCCGCCGCCACGGUGAGUGGCUGGAUUCAGACCCCUGG… 3125 nt 0.6131
NM_001261403.3 NCBI
AACUUUCCUGCCCCUUCCCCGGCCAAGCCCAACUCCGGAUCUCGCUCUC… 3103 nt 0.6126
NM_001288724.1 NCBI
CUUCCUCUUCCGCUAACUUCCCGGCAGCGCGCCGCUCAGGGUGGGGGCC… 3416 nt 0.6241
NM_001322934.2 NCBI
AACUUUCCUGCCCCUUCCCCGGCCAAGCCCAACUCCGGAUCUCGCUCUC… 3015 nt 0.6116
NM_001322935.1 NCBI
CUUCCUCUUCCGCUAACUUCCCGGCAGCGCGCCGCUCAGGGUGGGGGCC… 3293 nt 0.6219
NM_002502.6 NCBI
AACUUUCCUGCCCCUUCCCCGGCCAAGCCCAACUCCGGAUCUCGCUCUC… 3012 nt 0.6116
Summary

This gene encodes a subunit of the transcription factor complex nuclear factor-kappa-B (NFkB). The NFkB complex is expressed in numerous cell types and functions as a central activator of genes involved in inflammation and immune function. The protein encoded by this gene can function as both a transcriptional activator or repressor depending on its dimerization partner. The p100 full-length protein is co-translationally processed into a p52 active form. Chromosomal rearrangements and translocations of this locus have been observed in B cell lymphomas, some of which may result in the formation of fusion proteins. There is a pseudogene for this gene on chromosome 18. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Dec 2013]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the NFKB2 was identified as a potential regulator of methamphetamine reward and addiction, showing an up-down regulated expression pattern in whisker follicles following self-administration and withdrawal [Song et al. DOI:10.1038/s41598-018-29772-1]. In human sepsis patients, the NFKB2 was differentially expressed as part of non-canonical NF-kB signalling mediated by Dectin-1 in the heart and colon [Pinheiro da Silva et al. DOI:10.1111/jcmm.17938].