Basic Information

Symbol
NFXL1
RNA class
mRNA
Alias
Nuclear Transcription Factor, X-Box Binding Like 1 HOZFP Ovarian Zinc Finger Protein NF-X1-Type Zinc Finger Protein NFXL1 OZFP Cytoplasm-Distribution Zinc Finger Protein Up-Regulated In Colon Cancer 5 CDZFP URCC5
Location (GRCh38)
4:47847233-47914667
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001278624.2
Sequence length
3880.0 nt
GC content
0.4224

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1094.19 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1173.42 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 790.71
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((((((((((.(((((((.((.((((..((((...))))....))))....))))))))).).))..(((((((.(((....)))))))))).(((((((((((((((((..(((.((((((((((.(((((((..........)))..((((.((..((((((((..((((.(((((....((((((...(((((....))))).))))))..(((....))).((((((.((((((.(((((((....(((....))).....)))))))))))))......(((.((((...)))).)))..))))))))))).))))..))).)))))..)).))))((.((((((((.(((....).)).)))))))).)).......))))..)))))))))).)))..)))..(((((.........)))))((((..((((.....))).).....))))............)))))...).)))))))))))).)))))))).((((((....((((((......))))))(((((((((........)))))))))....(((((((..((((........)))).........................((((((((((.((..(((.(((........))).(((........)))....(((((....((((...((((........))))..))))....)))))(((((.(((((((..(((((((...))))))).(((((((......)))))))....(((((((..(((....)))(((((....(((((((((((((((((((((((.((....(((((((((.......))))))))).(((((...(((((......((((((...(((((((..(((...(((...((((((..((((.((....((((....((((..(((.((((((.......(.(((....))).).....((((((((.....(.(((.((........))))))...)))))))).(((((...((((..(.(((((((((.((((((.....((.(((....))).))....((((((....(((......)))..((((((.....))))))(((((((((.((..(((.((((((((((((....(((((((..(((((((...)))))))(((((.((....)).)))))...((((....)))).....)))))))...((((.((((((......))))))))))......)))))))...........))))).))))).)))))))))...)))))).(((......)))(((((((((.......))))))...)))(((((((..((((((((((((......(((((..((.((((((...((((((((.......))))).....(((.....(((((((((((((((((((.((..(((((((((.(((((((((((((.(((.(((.((((....((((((((((((((((((.(((....))).)...))))).)))))...(((((...((......)).))))).)))))))..)))).)))......))).))))))))).......)))).)..(((.......)))..(((((.(((...)))...)))))................((((((((((..((((((((...((.......)).))))))))..))))))..))))...)))))))))).))))).))))).))).))))))..)))...))).))))))...))..)))))...(((...((((((.........(((.((((....)))).))).........))))))...)))....(((((.(((((((((((((.((((((..((((((......))))))........(((....)))......((((..((.(......).))..))))...(((((....)))))......)))))))).)))))..)))))).)).)))...))))))))))))..))))))))))))).))).(((....)))...(((((((.((..((((((..........))))))..)).....((((.....))))....)))))))......))).))).)..))))))))))))))).)))..))))....)))))).))))...))))))..)))...))))))))))...))))))))))).)))))..........((((......))))....(((((((((((((.....((((((.(((.....((((((..((((((..((((((((((((((((((..((....))......(((((....))))))))))))((.(((.((((.(((((..(((((..((..(((....(((...(((((((((((.........((.(((((((((((((((((......(((((..(((......))).)))))((((((.....((..((.(((.......))).)).))...))))))((........))...)))))))))...((((((......))))))...(((((....((.......))....)))))(((......))).....(((((..............))))).)))))))))).....((((((.....(((.((((.....)))).)))....))))))................)))))))))))....)))..((((.........))))((((....))))..........(((.(((((........))))))))...)))..))..)))))))))).))))...)))))....(((((((((((((((....(((((.((((((((....(((((..................)))))...)))))))).)))))..)))))....((((((....))))))..(((((((....)))))))..((((((((...(((((((.(((...........))).))))))).))))))))(((((((((((((.....))))))))))))).....(((.(((((.((((..((.....))..))))..))))))))....))))))))))...(((....)))...(((((((((...)))))))))..)))))))))))...((((.(.(((((((........((((......))))........))))))).))))).)))))).)))))).(((((((((.((........................................)).))))))))))))....))))))((((((....))))))...))))))))))))).((.((((((((((((.((((....((.........))...)))).)))))))...))))).)).............)).))).)))))))))............)))))))))))..)))))....................(((((..(.((((((((((((......(((.((((((((.....(((((((((((.((.......)).)))))..(((((....)))))(((((.....)))))))))))....(((((...)))))...((((((.......)))))))))))))).)))...)))))))))))).)))))))))))))...((((((......)))))).....))))))).)))))..(((((.....)))))...(((((......)))))((((((........)).)))).......)))..))..)))))))))).......))))))).(((((((...)))))))...........((((((....))))))..))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((((((((((({{{.(((((((.((.((((,,({{{..,)))),,..}}}}....))))))))).}.)}..(((((((.({,....,)}))))))).((((((((({{((((((..(((.((((((((((.(((((((........,.}}}..((((.((..((((((((..((((.(((((...,((((((...(((({,...|}})),}))))|,|{({..,{|||.((((((.((((({{(((((((....(({....))),..,.)))))))))))))|{....||,..{(({{.,,,,)))),.))))))))))).))))..))),}))))..)).))))((.{(((((((,((,....,.}),))))))),.)),.,,,,.))))..)))))))))).)))..)))..(((((.........))))),{{{..,(((.....))).},,...)}}|{{{,.....,}}))}))...},})))))))))))}}})))))).{{((((,,,{({((({.||||.}}},},(((((((((........)))))))))..{((((((((..((((........)))).......{{................((((((((((.((..(((.(((........))).{{{........}))....(((((..,.((({...((((........))))..}))).,..)))))(((((.(((((((..(((((({...})))))).((((({{....,,|}|||||,...(((((((..(((....)))|{{,,....{((((((((((.,.((((..,({,.((((.,{,({{.((((..((((,(.(((((((.(((({.........,((((((({{....,,.{{((((((((.....((((((......))))))..(((((...........))))).)))))))).}}(((....))).{{{,..((((((((.....(.(((.((........))))))...)))))))),}}}...,,......},......(((.((((((....,((.{{,....|)},||{{..{{{{{{|,.,{{{......))}..((((((.....))))))(((((((((.((..(((.((((((((((((....(((((({..(((((({...})))))),{{{(.{(,,..,|.|}}|}..,||||,,.,}},,,},,,)))))))...((((.((((((......))))))))))......))))))),..........})))).))))).))))))))),,.}}}}}}.(((......))){{(((((((.......)))))),,.))}(((((((..((((((((((((,,{...{{(((..((.((((((...{(((((((.,...,.))))).....(({.....{((((((((((((((((((.((..((((((((.{(((((((((((((.(((.(((.((((....(((((((((((((((((,.{({,,..,)).)...))))))}})))...(((({...{(,.....,),))))).)))))))..)))).))}...,..))).)))))))),..,.,,,||,,.,...{{...,.}},,,..|||||.,|}}}}))....|||}|..............},,}}}((((((..((((((((...({.......)}.))))))))..)))))).........)))))))))).))))).))))).))}})))))}..}}}...))).))))))...))..)))))...(((...((((((.........(((.((((....)))).))).........))))))...))).,,.{,(((.(((((((((((((.((((((..((((((......))))))...{,...,,,....||,.....,((({..{{.,.,....}.}}..}}}},,.(((((....))))).,,...))))))))}}))))..)))))).)),)}}...))))))))))))..))))))))))))).)))})))))))))))...))),,))),}))))...)))).)))...)))).,.}}|{((,{(((.(((.(((((((.,{({{{{((((,,.||}},..,.}))))}(((.(((..{.((((,{,,,,{,,,.,,),.))})))).}..))).)))..((((((((((((,{(((((.,{((((.....)))).}|...((((......}}}},.,,(((((((((((((.....((((((.(((.....((((((..((((((,.(((((((((((,{((({..(((((.,,,{((..((((((....))))))}}}}}}}|.{{{.{{{|,{||{|.,|{{{((((.....))),.,((,{.(((((((((((.........((.((((((({(((((((((...,,.{((((..{{{......}}..))))|((((({{,,..,,...,,,......}},})},)}}}}...,)))))||.,....,.))...)))))))))...((((((......})))))...(((((....{{.......}}....))))){((......))).....(((((..............))))).))))))))}}.....((((((.....(((.((((.....)))).)))....))))))................))))))))))}}},.|||.,((((.........)))))|||....,,}.........{{((({((((({,......},||||||,..,|,{,{{..,})))))))).)))}...,,|{{,..((((((((((((((......)))}}.((((.((((,..((((,..{({.{({.{(({{{{....,)))))},)}))).))}))})))))))))}((((((....))))))..(((((({....})))))).,((((((((...(((((((.{((...........})}.))))))).))))))))|((((((((((((.....))))))))))))}...)))))))))...}))},)))}|||||}}}.,,|,|||||..,|||,.,||,,.|{||..,{{{....)))}..|||((((({...)))))))))..)))))))))))...((((({.,{{{{{{.,.,....((({.,,,..})))...,....})))))).)))),,)))))).)))))).(((((((,,.((((((,,,.,,.........................}}}.})))))))))))))))....)))))){{((((....,)))))...))))))))))))).}},,{{{{{|,..,,.,,.|},,,)}..},,,,}}{{(({{....}))))))))))))),}))))}}))))......))))))).)))))))))},.))))...))))))))))}|,||}||((,.....}}},).,,}},.((((,.,(.((((((((((((..,,,.(((.((((((((,{{,.{((((((((((.((.......)).)))))..{((((....)))))(((((.....)))))))))))}},.(((({...,))))...((((((.......)))))))))))))).))).,,)))))))))))).)))))))))))))...||||{{....,.))}}}},,,,,))))))).)))))..(((((.....)))))..,(((((......)))))|{{{{{........}},}}},....,,.)))..))..)))))))))).......)))))))))|(((((...)))))|{{{((.....}}}}}||))))))},}}}..}}))))........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001278623.1 NCBI
GGAACGCGGGCGGGGGCUUCUGGGAGUUGUAGUCUGUUGGGGGCGUGCG… 3723 nt 0.4142
NM_001278624.2 NCBI
ACCACUGCAGUUGGUUCCCGGCGGGAGACGCAGGGUCAGUCUGUGACUC… 3880 nt 0.4224
NM_152995.6 NCBI
ACCACUGCAGUUGGUUCCCGGCGGGAGACGCAGGGGAUGGAAGCUUCCU… 3695 nt 0.4130
Summary

Predicted to enable DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific and RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding activity. Predicted to be involved in regulation of DNA-templated transcription. Located in membrane. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice and humans demonstrated that the NFXL1 is expressed at lower levels in the basic functional atrial cardiomyocyte cluster aCM1, serving as a marker for this cell population [Bian et al. DOI:10.3892/mmr.2025.13680].