Basic Information

Symbol
NHLH2
RNA class
mRNA
Alias
Nescient Helix-Loop-Helix 2 BHLHa34 NSCL2 HEN2 Class A Basic Helix-Loop-Helix Protein 34 Nescient Helix Loop Helix 2 Helix-Loop-Helix Protein 2 NSCL-2 HEN-2 KIAA0490 BHLHA34 HH27
Location (GRCh38)
1:115836377-115843917
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005599.3
Sequence length
2512.0 nt
GC content
0.4486

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-761.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -812.69 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 656.48
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001111061.2 NCBI
AGUUUCUGCUCAGCCGUAUUAAGGAAAAGAAAGGCAUACGAUAGGAGCG… 2492 nt 0.4402
NM_005599.3 NCBI
AAUUGGUACCAGGAGAGCCCAGAAGCCACACACGCAUCUCUGCCUCUUU… 2512 nt 0.4486
Summary

Enables RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding activity and sequence-specific double-stranded DNA binding activity. Predicted to be involved in regulation of transcription by RNA polymerase II. Predicted to act upstream of or within with a positive effect on apoptotic process; hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development; and peripheral nervous system development. Predicted to act upstream of or within several processes, including cell migration in hindbrain; male gonad development; and male mating behavior. Predicted to be located in chromatin. Predicted to be part of transcription regulator complex. Implicated in hypogonadotropic hypogonadism. [provided by Alliance of Genome Resources, Apr 2025]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.