Basic Information

Symbol
NISCH
RNA class
mRNA
Alias
Nischarin IRAS I-1 I-1 Receptor Candidate Protein KIAA0975 Imidazoline Receptor Antisera Selected Imidazoline Receptor 1 I1R Candidate Protein HIRAS IR1 Imidazoline Receptor Antisera-Selected Protein Imidazoline-1 Receptor Candidate Protein Imidazoline Receptor Candidate Imidazoline-1 Receptor I1R
Location (GRCh38)
3:52455118-52493068
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_007184.4
Sequence length
5139.0 nt
GC content
0.5989

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2076.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2160.66 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1595.12
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001276293.2 NCBI
AGUCUGCGCCGGGCGGCGGUGGCGGCGGAGACCCGAACAUGGCGACCGC… 3181 nt 0.5725
NM_001276294.2 NCBI
AGUCUGCGCCGGGCGGCGGUGGCGGCGGAGACCCGAACAUGGCGACCGC… 2598 nt 0.5666
NM_007184.4 NCBI
AGUCUGCGCCGGGCGGCGGUGGCGGCGGAGACCCGAACAUGGCGACCGC… 5139 nt 0.5989
Summary

This gene encodes a nonadrenergic imidazoline-1 receptor protein that localizes to the cytosol and anchors to the inner layer of the plasma membrane. The orthologous mouse protein has been shown to influence cytoskeletal organization and cell migration by binding to alpha-5-beta-1 integrin. In humans, this protein has been shown to bind to the adapter insulin receptor substrate 4 (IRS4) to mediate translocation of alpha-5 integrin from the cell membrane to endosomes. Expression of this protein was reduced in human breast cancers while its overexpression reduced tumor growth and metastasis; possibly by limiting the expression of alpha-5 integrin. In human cardiac tissue, this gene was found to affect cell growth and death while in neural tissue it affected neuronal growth and differentiation. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding differerent isoforms. Some isoforms lack the expected C-terminal domains of a functional imidazoline receptor. [provided by RefSeq, Jan 2013]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the NISCH mRNA was up-regulated 2.91-fold in bone marrow cells 6 hours after 6.5 Gy whole-body ionizing radiation [Dai et al. DOI:10.1080/09553000600857389].