Basic Information

Symbol
NKD1
RNA class
mRNA
Alias
NKD Inhibitor Of Wnt Signaling Pathway 1 NKD1, WNT Signaling Pathway Inhibitor Protein Naked Cuticle Homolog 1 Naked Cuticle Homolog 1 Naked-1 Naked Cuticle Homolog 1 (Drosophila) Dvl-Binding Protein Naked Cuticle-1 Naked1 HNkd1 HNkd NKD
Location (GRCh38)
16:50548396-50649249
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Individual identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_033119.5
Sequence length
17039.0 nt
GC content
0.5151

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-6186.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -6499.60 kcal/mol
Frequency: 1.99355e-221
Diversity: 5219.40
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_033119.5 NCBI
AGUCGGGCCGCGGCGACGGCGGCAGGAGCGCGUCCCGGCGCCGCCUCGG… 17039 nt 0.5151
Summary

In the mouse, Nkd is a Dishevelled (see DVL1; MIM 601365)-binding protein that functions as a negative regulator of the Wnt (see WNT1; MIM 164820)-beta-catenin (see MIM 116806)-Tcf (see MIM 602272) signaling pathway.[supplied by OMIM, Jun 2003]

Forensic Context

A study in human thoracopagus conjoined twin fetuses demonstrated that while global methylation patterns were highly similar (Pearson correlation 0.91), significant local differences existed in CpG islands, enhancers, and repetitive elements [Chen et al. DOI:10.1016/j.rbmo.2023.03.001].