Basic Information

Symbol
ARHGEF18
RNA class
mRNA
Alias
Rho/Rac Guanine Nucleotide Exchange Factor 18 P114RhoGEF P114-RhoGEF KIAA0521 114 KDa Rho-Specific Guanine Nucleotide Exchange Factor Rho-Specific Guanine Nucleotide Exchange Factor P114 Rho/Rac Guanine Nucleotide Exchange Factor (GEF) 18 Rho Guanine Nucleotide Exchange Factor 18 Septin-Associated RhoGEF SA-RhoGEF MGC15913 P114-Rho-GEF EC 3.4.24 EC 3.6.1 RP78
Location (GRCh38)
19:7348937-7472485
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001367823.1
Sequence length
6681.0 nt
GC content
0.6043

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2851.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2962.28 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1454.96
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001130955.2 NCBI
AAACACCAUGCCCUGCCAUCUCUGGGUCUUAGAGUCACCCUAACAUCUG… 5734 nt 0.5999
NM_001367823.1 NCBI
AAGACACCUGCAUGCGCAGGGCUGAGGGGUGGGAGCAGGGCUCUCUGCC… 6681 nt 0.6043
NM_001367824.1 NCBI
GCUAGCUACUGUGGAUCUGGGGGGGCCGGACGGAGGCAUCGGAGGCGGC… 5557 nt 0.6084
NM_015318.4 NCBI
GCUAGCUACUGUGGAUCUGGGGGGGCCGGACGGAGGCAUCGGAGGCGGC… 5181 nt 0.6088
Summary

Rho GTPases are GTP binding proteins that regulate a wide spectrum of cellular functions. These cellular processes include cytoskeletal rearrangements, gene transcription, cell growth and motility. Activation of Rho GTPases is under the direct control of guanine nucleotide exchange factors (GEFs). The protein encoded by this gene is a guanine nucleotide exchange factor and belongs to the Rho GTPase GEF family. Family members share a common feature, a Dbl (DH) homology domain followed by a pleckstrin (PH) homology domain. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Nov 2018]

Forensic Context

A study in humans identified the ARHGEF18 as one of five diagnostic markers for sepsis via machine learning analysis of RNA-seq data, constructing a robust diagnostic model that achieved an AUC of 0.987 on a validation set [Wang et al. DOI:10.3390/ijms26093993].