Basic Information

Symbol
NKRF
RNA class
mRNA
Alias
NFKB Repressing Factor ITBA4 NRF NF-Kappa-B-Repressing Factor NF-KappaB Repressing Factor Transcription Factor NRF NFkB-Repressing Factor Protein ITBA4
Location (GRCh38)
X:119588337-119606443
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001417890.1
Sequence length
3799.0 nt
GC content
0.4533

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1149.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1218.35 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 839.47
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001417890.1 NCBI
CUCACAACCCCGGACGGCACGCGGGUAGGUAGGCUAGAACCUAGAGGAG… 3799 nt 0.4533
Summary

This gene encodes a transcriptional repressor that interacts with specific negative regulatory elements to mediate transcriptional repression of certain nuclear factor kappa B responsive genes. The protein localizes predominantly to the nucleolus with a small fraction found in the nucleoplasm and cytoplasm. Alternate splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Mar 2010]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the NKRF is involved in myocardial ischemia-reperfusion injury by targeting miR-873 and suppressing RIPK1/RIPK3 [Lin et al. DOI:10.1186/s12867-018-0113-8].