Basic Information

Symbol
NKTR
RNA class
mRNA
Alias
Natural Killer Cell Triggering Receptor Natural-Killer Cells Cyclophilin-Related Protein NK-Tumor Recognition Protein NK-TR Protein CypNK P104 Natural Killer-Tumor Recognition Sequence Peptidyl-Prolyl Cis-Trans Isomerase NKTR EC 5.2.1.8 Rotamase PPIase Natural Killer Triggering Receptor
Location (GRCh38)
3:42600471-42648738
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005385.4
Sequence length
7265.0 nt
GC content
0.4142

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1939.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2072.70 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1557.35
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001349124.2 NCBI
GACGGCGUUCCGUUAGCGGCGUUGGGGUUUGGCUGCAGUGGCAGUGCUU… 7268 nt 0.4143
NM_001349125.2 NCBI
GACGGCGUUCCGUUAGCGGCGUUGGGGUUUGGCUGCAGUGGCAGUGCUU… 7324 nt 0.4143
NM_001349126.2 NCBI
GACGGCGUUCCGUUAGCGGCGUUGGGGUUUGGCUGCAGUGGCAGUGCUU… 7317 nt 0.4141
NM_005385.4 NCBI
GACGGCGUUCCGUUAGCGGCGUUGGGGUUUGGCUGCAGUGGCAGUGCUU… 7265 nt 0.4142
Summary

This gene encodes a membrane-anchored protein with a hydrophobic amino terminal domain and a cyclophilin-like PPIase domain. It is present on the surface of natural killer cells and facilitates their binding to targets. Its expression is regulated by IL2 activation of the cells. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans identified the NKTR as an mRNA marker for age estimation, demonstrating it is increasingly expressed with age in dried blood stain RNA-Seq data [Dørum et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2023.102976]. The research, which analyzed 117 dried blood samples and 235 public whole blood samples, used lasso regression on selected gene lists to achieve a Mean Absolute Error of 4.46 years for age prediction in its primary data set, establishing the forensic utility of such mRNA markers including the NKTR for predicting a stain donor's chronological age.