Basic Information

Symbol
NKX1-2
RNA class
mRNA
Alias
NK1 Homeobox 2 BB238F13.2 C10orf121 NK1 Transcription Factor-Related Protein 2 Homeobox Protein SAX-1 NKX-1.1 NK1 Transcription Factor Related, Locus 2 (Drosophila) NK1 Transcription Factor Related, Locus 2 Chromosome 10 Open Reading Frame 121 NKX1.1 SAX1
Location (GRCh38)
10:124445243-124450035
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Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001146340.3
Sequence length
3211.0 nt
GC content
0.5360

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1222.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1280.35 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 824.64
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001146340.3 NCBI
GGAAAGCUACCGCCAAGCCACAGCCGAAGGCAAGCCCGAGCGGCGCCAU… 3211 nt 0.5360
Summary

Predicted to enable DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific and RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding activity. Predicted to be involved in cell differentiation and regulation of transcription by RNA polymerase II. Predicted to be located in chromatin. Predicted to be active in nucleus. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the NKX1-2 mRNA was up-regulated 2.92-fold in bone marrow cells 6 hours after a 6.5 Gy whole-body ionizing radiation exposure, as identified through microarray analysis [Dai et al. DOI:10.1080/09553000600857389].