Basic Information

Symbol
NKX3-1
RNA class
mRNA
Alias
NK3 Homeobox 1 NKX3.1 BAPX2 NKX3A Homeobox Protein NK-3 Homolog A Homeobox Protein Nkx-3.1 NK3 Transcription Factor Related, Locus 1 (Drosophila) NK3 Transcription Factor Related, Locus 1 NK Homeobox (Drosophila), Family 3, A NK3 Transcription Factor Homolog A NK Homeobox, Family 3, A NKX3
Location (GRCh38)
8:23678697-23682938
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mixture deconvolution Individual identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006167.4
Sequence length
3278.0 nt
GC content
0.4707

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1059.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1117.52 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 945.98
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001256339.1 NCBI
AUGCUCAGGGUUCCGGAGCCGCGGCCCGGGGAGGCCGAGACGCUGGCAG… 3024 nt 0.4405
NM_006167.4 NCBI
AGCGGUGCGGGCCGGGCGGGUGCAUUCAGGCCAAGGCGGGGCCGCCGGG… 3278 nt 0.4707
Summary

This gene encodes a homeobox-containing transcription factor. This transcription factor functions as a negative regulator of epithelial cell growth in prostate tissue. Aberrant expression of this gene is associated with prostate tumor progression. Alternate splicing results in multiple transcript variants of this gene. [provided by RefSeq, Jan 2012]

Forensic Context

A study in humans established a method using coding single nucleotide polymorphisms (cSNPs) within semen-specific mRNA markers, including the NKX3-1 which contains the cSNP rs11781886, to identify the semen contributor in mixed body fluid stains [Liu et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2021.102483].