Basic Information

Symbol
NKX6-1
RNA class
mRNA
Alias
NK6 Homeobox 1 Nkx6.1 NKX6A Homeobox Protein NK-6 Homolog A Homeobox Protein Nkx-6.1 NK6 Transcription Factor Related, Locus 1 (Drosophila) NK6 Transcription Factor Related, Locus 1 NK Homeobox (Drosophila), Family 6, A NK6 Transcription Factor Homolog A NK Homeo Box, Family 6, Member A NK Homeobox, Family 6, A
Location (GRCh38)
4:84491985-84499292
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006168.3
Sequence length
3472.0 nt
GC content
0.5910

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1405.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1468.36 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 892.97
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_006168.3 NCBI
AUUACCUUUGAGAGCUUCAUCUGAACUGUCAGGCCCGGAGGGAGAGAGG… 3472 nt 0.5910
Summary

In the pancreas, NKX6.1 is required for the development of beta cells and is a potent bifunctional transcription regulator that binds to AT-rich sequences within the promoter region of target genes Iype et al. (2004) [PubMed 15056733].[supplied by OMIM, Mar 2008]

Forensic Context

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