Basic Information

Symbol
NLGN1
RNA class
mRNA
Alias
Neuroligin 1 KIAA1070 NLG1 Neuroligin-1 EC 3.1.1.1 EC 3.1.1 NL1
Location (GRCh38)
3:173396284-174294372
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001365925.2
Sequence length
16241.0 nt
GC content
0.3392

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3683.45 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -4010.17 kcal/mol
Frequency: 5.95728e-231
Diversity: 5090.66
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001365923.2 NCBI
AGACUCCUGCACCCGACAACGCCACGGAGUGAGGGGAGAGGGAGAGAGA… 16665 nt 0.3392
NM_001365924.2 NCBI
AGACUCCUGCACCCGACAACGCCACGGAGUGAGGGGAGAGGGAGAGAGA… 16665 nt 0.3390
NM_001365925.2 NCBI
GCCGCGGCUGUAAGCCGAGGAUCAGGCGGCGGCGCGGAGAGCGCGCCCG… 16241 nt 0.3392
NM_001365926.2 NCBI
GCCGCGGCUGUAAGCCGAGGAUCAGGCGGCGGCGCGGAGAGCGCGCCCG… 16665 nt 0.3435
NM_001365927.2 NCBI
CGAGGAGUGCACCCAGAAUCCAAAAAAGAUUUUUUAAAAAAGAAAGAAA… 16522 nt 0.3356
NM_001365928.2 NCBI
CGAGGAGUGCACCCAGAAUCCAAAAAAGAUUUUUUAAAAAAGAAAGAAA… 16522 nt 0.3355
NM_001365929.2 NCBI
AGACUCCUGCACCCGACAACGCCACGGAGUGAGGGGAGAGGGAGAGAGA… 16137 nt 0.3365
NM_001365930.2 NCBI
AGACUCCUGCACCCGACAACGCCACGGAGUGAGGGGAGAGGGAGAGAGA… 16605 nt 0.3389
NM_001365931.2 NCBI
GCCGCGGCUGUAAGCCGAGGAUCAGGCGGCGGCGCGGAGAGCGCGCCCG… 16181 nt 0.3390
NM_001365932.2 NCBI
GCCGCGGCUGUAAGCCGAGGAUCAGGCGGCGGCGCGGAGAGCGCGCCCG… 16605 nt 0.3434
Showing 1 to 10 of 15 entries
Summary

This gene encodes a member of a family of neuronal cell surface proteins. Members of this family may act as splice site-specific ligands for beta-neurexins and may be involved in the formation and remodeling of central nervous system synapses. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that repeated-intermittent methamphetamine (METH) exposure significantly reduced Nlgn1 protein and mRNA expression in the nucleus accumbens, and this reduction was modulated by miR-128, where inhibition of the NLGN1 increased Nlgn1 expression while its over-expression decreased it in saline-treated mice [Li et al. DOI:10.1111/adb.12881].