Basic Information

Symbol
NLGN2
RNA class
mRNA
Alias
Neuroligin 2 KIAA1366 Neuroligin-2 EC 3.1.1.1 EC 3.1.1
Location (GRCh38)
17:7404874-7419860
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_020795.4
Sequence length
4980.0 nt
GC content
0.6253

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2140.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2223.87 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1140.51
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((........)))))).............((((((((.(((..((((((((...(((((((((...((...(((((((((((.((((((..(((((............((((.((..((((((((((((.(((((.((((((..((((........(((((((((((((.((((((((..((((((.(((((..........(((((((((((.(((((.((((..(((.((((.......)))))))..)))).(((((((((....((((...((((((((((((((((((((((((((...........)))))).))))).(((((((((((..((((((((((((.........))))))))))))....)))))))))))((((...)))).........((((((..(((((.((((.(((((((((.(((.(((((......(((((((.((((((...(((((.(((....((((((((...(((..((((..(((.(((((((((.(((.((((((((((..(((.......)))..)))).))))))(.((((((.((((((..........(((((..(((.((......)).))).)))))..)))))).)))))).).(((((((...((((.(((((......(((((..(((((....)))))))))).))))).)))).(((((((((((((((.(((.((((((((((((...((((((((((.((.(((.(((.(((.(.((.(.(((.....))).).)).).))).)))))).))..))).)))))))....((((.((((((.....)).))))...))))...........((((((((.((((((((........))))...((.((((((((.((((...((...((...((((((((((((((..(((((.(((((((((((((((((.((((((((((.....))))(((((..((..(((.....)))..)).)))))((((((..(((((...))))).)))))).........(((((.((((((((.((((((((((((((((.((((((((((((((((...((...((((.(((((((((....((.((((((...)).)))).)).((((.....))))..(((((((((....))))))).))...((((....))))(((((.(((((.((.(((.((.(((.((((((((..............))))))))(((((((.....((.(((.((((((((((((...)))))))((...(((.((((((.....(((((((..........))))))).))))))))).))))))).))).))....)))))))..))).))...))))).))))).))))).......))))))))).)))).))......))))))))(((..(((((((...(((....)))..)))))))..))).....)))))))).))...)))))).(((........)))(((.....))).((((((.(((...(((.(((((((..(..(((((((.((((.........))))....(((((.(((.((((..((((.(((....((((((...(((......)))......((((((.(((((.((.((((((.((((((..(((....)))..)))))))).)))))).))...))).))))))((((.....))))......((((.....))))(((......))).)))))).......)))))))....(((((((((.(((((((.(((.(((((((((((((((.(((.((.((((.((((((...........................)))))).)))).))....))).))).).))))))(((.((((........)))).)))..)))))))).))))))).)))))))))..)))))))..))))).)))))))..)..))))))))))....))).)))))).....((....)).............)))))))).))))))...)).))))))))).((((.....)))).((((((((..(((...(((...)))...))))))))))).............)).)))))))))))))).)))(((((((((((((((((..(((((((........)))))..))...)))).)))).((((((.(((((.((......((((.....))))..(((.((((..............(((..(((((.....(((((.(((..((.((...)).))...))))))))....)))))..)))((((....))))...((......)).....))))))).)).)))))))))))...)))))))))...))))))))))))..))))))).))..))..))))..)))))))).))))))))))(((.....))).......))))....(((((.((...(((((((.((......)).)))..))))))))))).)))))).)))))))))....(((..((((.(((...(((((((((.(((..(((((((((.....)).)))))))))).)))).)))))))).))))..).))(((((.........)))))...))))))))))))))).)))))))..))))))))))))))).)))).))).).)))))))......(((.(((((((.((.((((((........)))))).((..(((((...)))))..)).......)).))).)))).)))))).)))))))))))...((((..................)))).....)))))))))))).))))).))))))).))))......))))).(((((((((((((........))))...))))))))).(((((((....)))))))((((......)))).))))))...))))).))))))))))..))))..((((((((((((..(((((.(.....((((((.(((..((((......((.(((........))).)))))))))))))))....)))))).))))))).))))).........)))))))))............(((((((.(......))))))))((.(.(((((.......))))).).))((((((.......))))))))))).).)).........))))))))........((((((((((((..(((........)))))))))..))))))...(((..((...((((..(((((((((((((........)))))))......((((((((....((((.(((.....(((((........)))))....))).))))(((((....)))))(((.((...)).)))........)).)))))).((..((((.(((((((((............))))))...))).))))..)).(((.((((((((.(((.((((.(..(.((((((......)))....))).)..).)))).))).)))))))))))..(((((((.(((..(((((..(((.(((.....))).(((((((((.(((..(((((.((....(((((..(((((..((..........))..)))))..)))))....)).)))))....((((.((((.((.(((........))).)).))))..))))...................))).)))))))))((((...)))).........)))..)))))...))).))))))))))))).))))))..)))))))).)).)))))))))..........))).))))))))))..)))....)))).)))))))))))(((((((....(((.....)))...))))))).((((((((((............)))))...)))))(((((((((((..((((..((((...)))).....((((..((((((..((((.((((..(.(((.....)))).)))).))))........))))))....)))))))).)))))))....))))..))))))))))))..)).))))((((.(((.((((((((..........)))))))).)))..))))...(((((((((((((((((.((((((......(((((................)))))((((((........(((..(((((....(((((((((.(((.((.((((((....(((........((((((.(((...)))))))))........))))))))).)))))))))))))).)))))))).))))))....))))))))))).))).))))..)))))))))))))))))))))).)))))...))...))))))))).....)))))).....((((((((((.((.(...((.(((((((..(((((...(((.((..((((.......((((...(((((((...((((((((.((((((.(((((.....))))).))))))((((..((.(((((..((((.((((..........(((((((((.((.((((.......))))..))..)))))..)))))))).))))..))))).))...)))).......)))))))))))))))......))))...((((((((((.......)))))..)))))...((((((((((((.............................))))))...))))))........(((....)))((((((.((....))))))))((((((((((((((((((..((.((.......)).))..)))....))))))))))))))).................))))..)))))...)))))))))))).))).)).)))))))))).......))..))).).)))))))............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,..((((((........))))))........,....((((((((.(((..((((((((...(((((((((.,.((...((((((((((({((((((..(((((.......,{{{,((((.((..((((((((((((.,((((,(((({(((,((({{{{,...(((((((((((((.(((((((({{(((,((.(((((.{(.,.........,.((((,{(((((((((((((((((,{,.......{(((({{.,{|,...(((((({{....,,,....{((((((((((((((({{{{((((((,,,,,,,,...})))}|,||||||{{{{{{{||||,.((((((((((((.........)))))))))))).,,.)))))))))))||||,,.}}}}.........((((((..(((((.((((.(((((((((.{((.((((({.....(,((((({((((((...(((((.((({{,.((((((({...(((..((((..(((.(((((((((,{((.((((((((((..(((.......)))..)))).)))))){.((((((.((((({.{(((,....,{(((..(((.((......)).))).)))))}})})))).)))))).},(((((((.,.((((.(((((......(((((..(((((....)))))))))).))))).)))).(((((((((((((((.({((((((((((((((...((((((((((,({.({({(((.(((.(,{{.{.|||,,,,.}}},|.}}.,.))).)))))),))}.)),.}))))))....((((.((((((.....)).))))...}}}}..{|....,,.||||{||(,{(({((((........)))),,.((.((((((((.((((...({...((...((((((((((((((..(((((.{((((((((((((((((.,{((((((((.....)))}(((((..((..(((.....)))..)).))))|((((((..(((((...))))).)))))),........,((((.{(((((((.((((((((((((((((.((((((((((((((((...{{...((((.(((((((((....({.((((({...||,|}|}.}}.(({,...,.||||,,,{{{(((((....))))}}},},...{(((....}))|(((((.(({((,(({(((.((.{((.((((((((..............))))))))(((({{(|....((.(({.((({{(((((((...))))))){{..,(((.((((((.....(((((((..........))))))).))))))))).),))))).))).))....)))))))..})}.)),..))))).))))).))))).,},,..))))))))).)))).}}......)))))))|(((..(((((((...(((....)))..)))))))..))),...})))))))).))...)))))}.,,{{,,,..,.|||((,...,,))}.{(((((.(((,..(((.(((((((..(,,(((((((,((((..{{{{.{{}||}..,}|{|{{.|||,||||.,((((.(((.,..,,((((.,,(|{.,{.|.|||{(({..((((((.{((((.((.((((((.((((({.,(((....,})},)))))))).)))))).))...))}.)))))).}})}..},},})},},,.||||....((((((((......))).)))))........)))))))..,.(((((((((.(((((((.(((.((((((((((({(((.(((.((.((((.((((((...........................)))))).)))).))....))).))).}.))))))(((.((((........)))).)))..)))))))).))))))).))))))))).,))))}}}},))),,.,||||}}.,),.))))))))))..,.})).)))))),.,|,,,...,||,,.......,},})))))))).)))))),..}).))))))))).(({{.....}}}}.((((((((,.,((,..(((...))).,.))))))))))),,..........,),.)))))))))))))).))}(((((((((((((((((,,(((((((........)))))...,...))))},))).((((((.(((((.((......((((.....))))..(((.((((..............((({.(((,,.....,||||.|||}.((.{({{.||......))},))))....|||||..,||((((....)))),.,||......}}.....))))))).)).)))))))))))...)))))))))...))))))))))))..))))))).))..}}..))))..)))))))).))}})))))}|||||,..,,,,,,,,...,,,..,.{(({||({...(((((((.((......)).)))..))))))))))}.)))))).)))))))))....(((.,((((.(((...(((((((((.(((..(((((((((.....)).)))))))))).)))).)))))))).)))).,}.))(((((.........)))))...))))))))))))))).))))))).,)}))))))))))))).)))).))).),))))))).......,,.|{{{{,|,||}|(((((.,......))))),....,((((({,,|||||{{|........},.))).)))),)))))),)))))})))))...{{{{..................))))...,,))))))))))),,))))).))))))).))))......})))}.(((((((((,,,(,.,.....)))}...))))))))).(((((((....)))))))((((......)))).})))))...))))).))))))))))}}))))..((((((((((((.,{((((.(.....((((({{(((..((({......{{,|{{...,,,,.}}},)))))))))))))))....)))))).)))))))}}}))).,,,{(((((((...((((({.....{,,.(((((((.(......))))))))|||(.(({{{.,.,,.,}}}||,|{{{({((((....,,,))))}}|||||{({{......}}}...((((|{,,......(((((((((((({.(({........}))))))))..))))))..,}}}}}}.....{,,.{((((.(((........)))))))),,,,}}}}..{{{{{{,,.,..{(((.{((.....(((((........)))))....))).)})){|,{,{{{{.....)))).,..{{|.,.},,,.}}},}),)))})).((..((((.(((((((((............))))))...))).))))..)).||..((((((((.(((.((((.,..{.((((((......)))....))).}..).)))).))).))))))))))))))......))))))))))),))}|.|||.....,||{(((((((((((((,((({,,,({....{{||({{((((({{((.,,,..{{{,||..|,|||{{,},||{{,.,,.,,)))}}..,|||}}.||}||.|||.}},.}}})}}.})})))}..})),,,,)))))))},|||....,})})}}}}}}}}|(((...)))}.........))))))}})).))))).))).).)))).}......,}..)).))))).)).)))))))))..........))).))))))))))..)))....),),,))))}))))))|{(((((..{.(((.....))),..)))))}|.{{{{{(((((.,,......,,.))))).,,})}},|||,{((((((..((({..((((...)))).....((((..((((((..((((.((((..(.(((.....)))}.)))).))))........))))))....)))))))).)))))),...)))),,.))))))))))))..)).))))|.||}|((,((((((((.,......,.)))))}}}.})),,}}.,...(((((((((((((((((.((((((......{(,{,.....{,,,.....,,|||,|(((,,,......}}||,}}|||,,.{{{(((((((({,(((.((.((((((....(((........((((((.(({...}))))))))....,...))))))))).)))))))))))))),)))}}.,,.)))))))...))))))))))).))).))))..)))))))))))))))))))))).)))))...))...)))))))))...,.)))))}..,{{((((((((((.({.{...{(.(((((((..(((((...(((.((..((((...,...({{({..(((((((...(((((((({((((((.(((((.....))))).))))))|(((..{(.(((((..((((.(((,.........,(((((((((,,(.((((.......)))),}},..}))))..}))))))).))))..))))).)}...)))}.......)))))))))))))))....,,|},....(((({(((((.......)))))..}))))...((((((((((((...........,{....},..........)))}})}}}),))))...,....{{{....)))((((((.{{....})))))))((((((((((((((((((..((.((.......)).))..)))....))))))))))))))).................))))..)))))...)))))))))))).))},)).)))))))))),}},..,))..))).).)))))))..,.,}{,,,,......}},,.......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_020795.4 NCBI
GCAACUUGGUCUGAAUUCCAGGUCACUAACCACUUGUCUCUUCUGUUUC… 4980 nt 0.6253
Summary

This gene encodes a member of a family of neuronal cell surface proteins. Members of this family may act as splice site-specific ligands for beta-neurexins and may be involved in the formation and remodeling of central nervous system synapses. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that active MDMA self-administration induced specific transcriptional changes, with the NLGN2 being downregulated in the hippocampus in contingent MDMA mice compared to both yoked MDMA and yoked saline control groups, an effect validated by qRT-PCR [Fernandez-Castillo et al. DOI:10.1111/J.1601-183X.2011.00735.X].