Basic Information

Symbol
NLGN4X
RNA class
mRNA
Alias
Neuroligin 4 X-Linked KIAA1260 NLGN4 HLNX Neuroligin-4, X-Linked NLGN Neuroligin 4 Neuroligin X ASPGX2 AUTSX2 HNL4X HNLX
Location (GRCh38)
X:5840637-6228867
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_181332.3
Sequence length
5858.0 nt
GC content
0.4553

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1719.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1836.90 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1195.44
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001282145.2 NCBI
GCAGAACCGUCUCUCUCCCUUCUCUGUCUCUUAGCACAGAGCUCUUAUU… 6165 nt 0.4586
NM_001282146.2 NCBI
ACUCCAGUGGGCAGAACUGAUGGAGAAGAUCCGCCAAGCGCGCAGCCGG… 5739 nt 0.4619
NM_020742.4 NCBI
AUUUAAGCGAUUUUUUUUCCCUCCUUCAUCUCCGGGCCUCGGAUAAGAU… 5690 nt 0.4548
NM_181332.3 NCBI
GCAGAACCGUCUCUCUCCCUUCUCUGUCUCUUAGCACAGAGCUCUUAUU… 5858 nt 0.4553
Summary

This gene encodes a member of the type-B carboxylesterase/lipase protein family. The encoded protein belongs to a family of neuronal cell surface proteins. Members of this family may act as splice site-specific ligands for beta-neurexins and may be involved in the formation and remodeling of central nervous system synapses. The encoded protein interacts with discs large homolog 4 (DLG4). Mutations in this gene have been associated with autism and Asperger syndrome. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Aug 2013]

Forensic Context

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