Basic Information

Symbol
ARHGEF2
RNA class
mRNA
Alias
Rho/Rac Guanine Nucleotide Exchange Factor 2 GEF-H1 LFP40 KIAA0651 GEFH1 P40 Lfc Rho/Rac Guanine Nucleotide Exchange Factor (GEF) 2 Rho Guanine Nucleotide Exchange Factor 2 Proliferating Cell Nucleolar Antigen P40 Guanine Nucleotide Exchange Factor H1 Microtubule-Regulated Rho-GEF NEDMHM GEF
Location (GRCh38)
1:155946851-156007070
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001162383.2
Sequence length
4169.0 nt
GC content
0.5694

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1595.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1669.96 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1127.73
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((..(((.....))).........((((((((((((......(((((((((((((...(((((((..((((((((.((((((((((((((((((((.....))......(((((((.......))))).))........)))).))))))))))..))))....(((((((((((((((....(((((............(((.((((((..(((.((((((.........)))))))))(((((.((((......(((.((((((((.........)))))))).)))....((......))..(((((((.......(((.......))).((((......))))...(((((((((...(((((((((.((....((((((((..((..(((.((........(((((((((((((..(((((.((...)).))..)))..))))).....(((((((......((((((((((((((((((............))))..)))..((((((.(((....)))))...)))))))))))))))..)))))))...(((..((((((.........))))))..))).....(((((((.(.(..(((.(((((((((.(..(((...)))).)))))).))).............(((((...........))))))))..)).)))))))...))))).)))........))..)))..))..)))))))))).))).))))..)).))))))))).(((((...))))).(((((....))))))))))))((....))..........)))).)))))......((((((((...((((((..((((..((((((.((.....(((.((.((.(((...))))).)))))((((((((((......))).))))))).....((((((.(((....)))))))))))..))))...))..))))..)))))))))))))).......)))))))))(((((....(((...(((.......))).)))....)))))....)))))......((((((((.....)))))))).)))))....))))))))))..))))).))).(((((((....((((((.(((.((((((((((((....((((((((..(((.....((((((....))))))....))).......(((((((((.....(((((((....((((((((((((((((((......)))))..))))).(((((.....)))))..((.(((((.....((((((......(((...(((((.....((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((..(((....)))(((((((((((((((.((((((..((((((...))))))..))).))).))).))))......(((((((.....(((.(.((((........)))))))))))))))...))))))))))))))((((((((((..(((.(.......(((.((((((((........((.((.(.((((.((........)).)))).))))))))))))))))....((((((((..(((....)))..))))))))((((.((((((...((((..(((......))).))))..)))))).))))((.(((((....))))).)).......((((((((((((((.((............))))))))))...((((.(........)))))...))))))(((((.....)))))((((.....))))....((((((...(((((((((((((((..((.((.((..((((((((((((.((....))))))............))))).)))....((.((.(.......).)).))(((((((((....(((((...)))))....)))))))))......)))).))..)))))))).)))))))...))))))((.....))..((((((((.((.....))))).)))))).))).))))))))))...))))).....)))))).))))...)))).)))....))))))))))))).....))))).))).((((((...))))))((((.(((..(((((.((((..(((((((((......)))))).)))..)))).)))))..)))..)))))))))).....))))))).))))))))..((((((...(((((..........)))))))))))..(((((((((((((...))).)))).).))))))))).)))..((..(((......)))..))......))))))))).....((((....))))..((((........))))(((....))).))))))))...)))))..))))))))))..((((..........))))((((((..((((((((((((.((((.((((..(((.......)))..)))))))).))))(((....)))((((((((.((....))..)))))))).(((((((((.((((((((((.......))))))))))..((.(((.(((.(((((((((.....(((............)))...))))))))))))..)))))((((((((((((.....(((((.(((((.(.(((((.(((((.((.....(((((((((..((((((((((......)))))).(((((....(((((((((.(((((...)))))..)))..))).)))..))))).((((..((((......))))..))))))))..))))))))).....))))).))))))).)..)).)))...)))))..))).((((((.((.((((....((((.((((....)))))))))))))).))))))..(((((((..(((.((((((....(((((((((((((..((((.(((.((((((...((((....((.((.((..(((((((((.((.....((((.....................)))).....)).)))))))))..)).)).))(((((((.....((((((.........)))))).)))))))....(((((((((((.((.(..........).)))))))..))...)))).))))...)))))).)).).)))).............)))))....))).)))))..))))))))).)))))))...)))))))))..........(((((((................)))))))......................)))))))))(((....))).)).))))))..).)))))..............................((((((((((((((((............((((((((((((.((........))..))...((((((((((((((........))))).)))...))))))(((((.((....)))))))((((((((..(((((((((((((.(((........))).)))(((((..((((.............))))))))).......))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))...))))))..)))))))..((((.(((((((((((.(((((((..((.......)).))))))))))))..))))))..))))))))))).))).((((....)))).))))).)))))......)))..((((((((((....))))..))))))..(((..((((........))))..))).)))))))))...........((((((.((.((..((..(((........)))..))..))))))))))...((((.(((((((((((((((((.((((.........))))...(((((..(((....))).)))))..)))))))))).))...(((((.....)))))((((...(((((.....)))))..))))...))))).))))......((((((((((..((((....)))))))).(((((((((......((.(((...........)))..))........)))))))))...(((((....)))))...........))))))...........((((((............))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((..(((.....))).....,...(((((((((((,......((((((((((({{...(((((((..,{{(((((.((((((((((((((((({||.....||....,,{((((((.......)))))|,}...,,...)))))))))))))))..))))..,.((((((((((((((({(,.(((((....,{.,.,{,(({.(({{{{..(((.((((({.........}))))))))||||,.{,,{..,,..(({.((((((((.,.....,.)))))))).}))..|.((......}},.{(({{{{,.,,,,||{{,,.....||}.((((......))))...(((((((((...{{(((((((.((....((((((((..((..(((.{(.,..,,,,({{(((({(((({..{{{,{.{{...)),)},,)))..)))}}.....(((((((......((((((((((((((((((............)))}.,))),.((((((,(((....)))))...))))}))))))))))..)))))))..,(((..((((((.........))))))..))).,...{((((((,(((,,{...{((((((((.(..((,...}}}).)))))).))),,,,.,,,,....(((((...........))))){{,...}|})))))}...})))).))}..,},.,.))..)))..))..)))))))))).))).))))..}).))))))))).(((((...)))))||||{{|...}}}}}}}})})}||.,,,}},.....,||||||},}}|,|{,,,..((((((((...((((((..((((..(((,{|.{{..,.,(((.((.((.{({...})}}}.}}}||((((((((({......})).))))))).....((((({.(((....)))))))))}|.,})},..}))..))))..)))))))))))))).......)))))})}}{||,{|,..,,,...||,...{{{{||}.}}}.},,))))).,,.)))))..,,,.((((((((.....)))))))},}))))....)))))))))).,))))).})}.(((((((....((((({.{{|.{{{{{{{|((({.,,.((((({({..{((,,...((((((....)))))).,,.}}}.,,,...{{(((((((.,,...{{.,,,|{..,{{{,,||((((((((((......)))))..))))).(((((.....))))),{(((((((({{{...{{{(({{(,((((.,,(((({{.....(((((((((((((((((((((((((((((({(((((((((((..(((....}}|(((((((((((((((.(({(((..((((({...})))))..))).))).))},))))......(((((((.....(((.{.((({........}))))))))))))))...)))))))))))))){(((((((((..(((,,,{,|,..{,||{(((((((....,{{{(,.,|}}}|,{{{(({{.{{{..,,.))),},)))))))))))}.,},.}}((((((((..(((....)))..))))))))|{{{,((((((...((((..(({.,....})).)))}..)))))).}}}},||{{{{(|...,{|{{{.|...{{.{(((...((((((((.({............)}))))))))}}}},}},)}))).},},}}))}.,}}}},.(((((.....)))))((((.....))))..,.((((((...(((((((((((((((.,((.((,{{..((((((((((((.((...,)))}|||.......,,,.))}}),))),..,|}}|,.|.......}||},.,(((((((((....(((((...)))))....)))))))))......)))).))..))))))))}}))))))...)))))){{.....))..((((((((.((.....)))))})}))),,))).))))))))))...)))))...},)))))},))))..,)))).)))....)))))))))))))...,,}}},}}))).||||{|...,}}}}|((((.(((..(((((.((((..(((((((((......))))))},))..)))).)))))..)))..))))}|||,,..},}}}}},||,))))})))..,..||}}}}{({({,.....,,..})))||||||||.(((((((((((((...))).)))).),})))).,.}},..,}}),..,,.}}}}}),))}))},....))))))))}..,,,,,,,||||,}}},},,||..,,,,..}}})|((|.||||}.||||}|||,{.}|||}...,))))})))..||||,,,..,,,,.))))((((((..((((((({((((.((((.((((..(((,,.....})),,)))))))).))))(((....)))((((((((.((....))..)))))))).(((((((((.((((((((((.......))))))))))..((.(((.(((.(((((((((..,..(((............})),..))))))))))))..)))))((((((((({{,{,..,({((({(((((.{.(((((.(({((.((,,...{{|||{{{,.,(({{((((((......)))))).{{{{|||.||||||||{{.{|||{...))))).,)}},,}}}||||,,|}}||,((((..((((,...,,}|||..}}}}}}}}..}||}}}}))..,..},))}.)))}})).}}})).,)).,,)))})},))),{(((({.{{.(((,{{{.((((.((((....)))))))),))),)}))))))..(((((((..(((,((((((,,,.(((((((((((((..((((.(((.((((((...((((....((.((.((..(((((((((.((.....((((......{{.....,}..,...)))).....)).)))))))))..)).)).}){{(((((,....||||||........,|||||}.}}}}))),,,.((((({(((((.((.,.,.......,).)))))))..,,..,)))).))))...)))))).)).).)))).............)))))....)))},)})),.))))))))).)))))))...)))))))))......,...(((((((.....{....,.....))))))).....},...,,,,........)))))))))(((....))).}}}})))))..)}}}))).,{,,......,,.,,.........,,,..((((((((((((((((,...........{(((((((((,,,((..,{,.,.{|{.{|.,,(((({,,|||||||,...,,,.}))}},,,,.,,}}}}}}{|||{.{{....)))))))|{((((((..{((((((((((((.(((........})).))){{{((,{({,|.....|},.,,,.}}}}|||||.......)))))))))))))))))})))))))))))))))))))))))))).,.)))))),,))))))}.,((((.(((((((((((.(((((((..((,......)).))))))))))))..))))))..))))))))))).)||{{...,},,,,}.,))))).)))))......|||..{{((({,({({....}},..)))))}.,||,..,,,,.,,,....}}}),,,,)}))))))))).....,{(({.((((((.((.((..{{..(((........)))..)}..)))))))))),}}|||({(((((({((((((((((.{{({.....,...})}}..,(((((..(((....))}.)))))..)))))))))).))...,{(({.....}}}}|((((,,,(((((.....)))))..))))}},})}},.}}}}..})))}}}...{{({.,((((....))))}))}.(((((((((....,,(,.,{|,,......}}})))}}),,,||,...},,,},,,}}}}(((((....))))),,....,{,,,}}},.....,,......{(((((............))))))))))..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001162383.2 NCBI
GAGUCAGACUUCCUGUCCCCGAGACCAACGCGUGCGGGCCGAACCCCUC… 4169 nt 0.5694
NM_001162384.2 NCBI
GAGUCAGACUUCCUGUCCCCGAGACCAACGCGUGCGGGCCGAACCCCUC… 4166 nt 0.5694
NM_001350110.2 NCBI
CUCUCCUCUCUGUUCUUCGACCUCUGGGAGUGAAUCCUACCCUUCCCGU… 4260 nt 0.5638
NM_001350111.2 NCBI
AGACGCGACGGUGCUGGGAUCCCGGGAGGGAGCGGAGCGGACCUGGGCU… 4125 nt 0.5673
NM_001350112.2 NCBI
AGAAUCAGGCAGGACCCUGCUAACCGAAGGCUCUGUCCCAGGCCUCUCU… 4120 nt 0.5636
NM_004723.4 NCBI
AGACGCGACGGUGCUGGGAUCCCGGGAGGGAGCGGAGCGGACCUGGGCU… 4092 nt 0.5667
Summary

Rho GTPases play a fundamental role in numerous cellular processes that are initiated by extracellular stimuli that work through G protein coupled receptors. The encoded protein may form complex with G proteins and stimulate rho-dependent signals. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified.[provided by RefSeq, Jun 2009]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the ARHGEF2 was identified by Huo's group as a potential key gene involved in the treatment of major burn injuries and the prevention of complications [Wu et al. DOI:10.007/s10753-019-00984-5].