Basic Information

Symbol
NLRC4
RNA class
mRNA
Alias
NLR Family CARD Domain Containing 4 CLAN1 Ipaf CLAN CLR2.1 CARD12 CLANA CLANB CLANC CLAND Nucleotide-Binding Oligomerization Domain, Leucine Rich Repeat And CARD Domain Containing 4 Caspase Recruitment Domain-Containing Protein 12 Caspase Recruitment Domain Family, Member 12 NLR Family CARD Domain-Containing Protein 4 CARD, LRR, And NACHT-Containing Protein CED-4-Like Protein Clan NOD-Like Receptor C4 ICE-Protease Activating Factor Ice Protease-Activating Factor AIFEC FCAS4 IPAF
Location (GRCh38)
2:32224453-32265770
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001199138.2
Sequence length
3362.0 nt
GC content
0.4468

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-983.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1048.33 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 866.58
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001199138.2 NCBI
CUCUGUACACUGUCCUCUCACAGAACAAGAAGGUAUCUGGUCUACAAGA… 3362 nt 0.4468
NM_001199139.1 NCBI
CUGCUGGAAGUCCUCUGGGAUUCAAGAAUGAAGAGUAGUUUUACAGAAA… 3254 nt 0.4465
NM_001302504.1 NCBI
AAGCCCCUGGCUGUUUAUACUCCGGAGGGUGUCCCCGUGCGUCAUCGGU… 1390 nt 0.4129
NM_021209.4 NCBI
AAGCCCCUGGCUGUUUAUACUCCGGAGGGUGUCCCCGUGCGUCAUCGGU… 3385 nt 0.4511
Summary

This gene encodes a member of the caspase recruitment domain-containing NLR family. Family members play essential roles in innate immune response to a wide range of pathogenic organisms, tissue damage and other cellular stresses. Mutations in this gene result in autoinflammation with infantile enterocolitis. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Oct 2014]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the NLRC4 is a highly expressed diagnostic biomarker in sepsis patients compared to healthy and noninfectious individuals, validated across three bulk RNA datasets and by ELISA [Jiang et al. DOI:10.1038/s41435-024-00293-4]. A study in human skin demonstrated that the NLRC4 gene, categorized as apoptosis-related, was significantly up-regulated in thermally injured tissue compared to normal skin during the early wound repair process [Greco et al. DOI:10.1016/j.burns.2009.06.211].