Basic Information

Symbol
NLRC5
RNA class
mRNA
Alias
NLR Family CARD Domain Containing 5 CLR16.1 NOD27 Nucleotide-Binding Oligomerization Domain, Leucine Rich Repeat And CARD Domain Containing 5 Nucleotide-Binding Oligomerization Domain Protein 4 Caterpiller Protein 16.1 NOD-Like Receptor C5 Protein NLRC5 FLJ21709 NOD4 Nucleotide-Binding Oligomerization Domain Protein 27 Nucleotide-Binding Oligomerization Domains 27
Location (GRCh38)
16:56989485-57084238
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001384950.1
Sequence length
6781.0 nt
GC content
0.5802

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2814.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2928.08 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2012.54
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001384959.1 NCBI
AGUUUCGUGCAGAGCGCGGAGGAGCCGCGAGCGCUGAGGGUGAGUGCCG… 6604 nt 0.5801
NM_001384960.1 NCBI
AGUUUCGUGCAGAGCGCGGAGGAGCCGCGAGCGCUGAGGGAGUCUGCAC… 6498 nt 0.5797
NM_001384961.1 NCBI
AGUUUCGUGCAGAGCGCGGAGGAGCCGCGAGCGCUGAGGGUGAGUGCCG… 4486 nt 0.5867
NM_001384962.1 NCBI
AGUUUCGUGCAGAGCGCGGAGGAGCCGCGAGCGCUGAGGGAGUCUGCAC… 4464 nt 0.5862
NM_001384963.1 NCBI
AGUUUCGUGCAGAGCGCGGAGGAGCCGCGAGCGCUGAGGGAGUCUGCAC… 4461 nt 0.5862
NM_001384964.1 NCBI
AGUUUCGUGCAGAGCGCGGAGGAGCCGCGAGCGCUGAGGGUGAGUGCCG… 4483 nt 0.5867
NM_001384965.1 NCBI
AGUUUCGUGCAGAGCGCGGAGGAGCCGCGAGCGCUGAGGGAGUCUGCAC… 4380 nt 0.5863
NM_001384966.1 NCBI
AGUUUCGUGCAGAGCGCGGAGGAGCCGCGAGCGCUGAGGGAGUCUGCAC… 4377 nt 0.5865
NM_001384967.1 NCBI
AGUUUCGUGCAGAGCGCGGAGGAGCCGCGAGCGCUGAGGGAGUCUGCAC… 4374 nt 0.5862
NM_001384968.1 NCBI
AGUUUCGUGCAGAGCGCGGAGGAGCCGCGAGCGCUGAGGGAGUCUGCAC… 4371 nt 0.5861
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Summary

This gene encodes a member of the caspase recruitment domain-containing NLR family. This gene plays a role in cytokine response and antiviral immunity through its inhibition of NF-kappa-B activation and negative regulation of type I interferon signaling pathways. [provided by RefSeq, Oct 2011]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that ethanol exposure increased the expression of the NLRC5 in liver tissues and hepatocytes, which promoted hepatic steatosis and apoptosis [Wang et al. DOI:10.3389/Fphar.2018.00302].