Basic Information

Symbol
NLRP2
RNA class
mRNA
Alias
NLR Family Pyrin Domain Containing 2 PYPAF2 NBS1 PAN1 CLR19.9 NALP2 Nucleotide-Binding Oligomerization Domain, Leucine Rich Repeat And Pyrin Domain Containing 2 PYRIN Domain And NACHT Domain-Containing Protein 1 NACHT, Leucine Rich Repeat And PYD Containing 2 NACHT, LRR And PYD Domains-Containing Protein 2 PYRIN-Containing APAF1-Like Protein 2 Nucleotide-Binding Site Protein 1 FLJ20510 OZEMA18
Location (GRCh38)
19:54953130-55001142
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_017852.5
Sequence length
3540.0 nt
GC content
0.5291

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1306.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1366.86 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1066.38
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((((....((((((.((((....)).))))))))...))))))))))......(((((((.......))).)))).((((....)))).((((((((......)))))((((.(((((((.((((((.(((....(((((((((((((......((((((..(((..(..(..(.(((......))).)..)..)..)))))))))......))))))).((((((((((..((.............))..))))......((((..(....((((.(((((((..((....))...))))))).)).))....)..))))(((((....))))).........))))))......))))))..))).))))))(((((......)))))...((((((....))))))...(((((....)))))...............((.((((........)))).))(((((((...(.(((((......))))).).)))))))(((....(....)....))))))))))))))........((((((...((.......))....)))))).....(((((((((((......(((.((((((..((..((((.(((..(((.(((((((((((......(((((((((.......)))..........(((....)))((((.(((((.(((((((((.(.....).)))))..........)).))))))).))))((((((((((((((((((...(((.(((((((((...(((....))).)))))).((((....))))...(((((((((......((((((......(((((((.((.((((((....)))))))).)))))))...(((.((((((((....))))))))))).....((((.((...((((((.((((..(((((((.((((((........)))))).)))..))))..)))).).)))))....))))))))))))...((.((((.....(((((.(((((............))))).)))))..)))).))))))))).))..))).)))...)).)))))))))((((((..((((.......))))))))))((((((.....((((((((((..(((.((((((...((((......))))(((.(((((((........))))))).))).(((((.(((...))).)))))...((......))..((((((((((........)))).)).))))((((((((.((((..(((((((((..(((((((((((.(((((((....)))).)))...((((((((.(((((.(.(((((....(((.((((...(((.......))).)))))))))))).).))))))))))))).....(((((((.........))))))))))))))))))..))))))))).))))....))))))))...(((((....)))))).))))).)))..))))))))))....)))))).)))))))....))))))..(((((.(((((.(((((.....)))))))))))))))))))))..))))))))..)))..))))..))..))))))(((((((..((((.(((((((...........((.(..((.((((((.(((((((((.(..(((((((((((((.(((((((((((((((((((((......(((((........(((((........))))).(((((..((((.(((((((((.((((((...........))).))))))))).))).))))...)))))((((.((.((((((((............((((..((((..((((((....))))))...))))..))))..))))))))..)).))))..))))).))))).)))))))..)))))(((((((((..(((.(..(((.(((((((.((((((((((..........(((((......))))).....((((((.(((((((((((((((((((((((.......((((((((.........))))))))......((((...))))(((((((((.(((.(((((((...)))))))...(((((((((..((.((((.(((((((.((((((.....((((((.((...(((((((((((...(((((...(((((..((((.(((...(((.(((...))).))))))))))..)))...)).....))))))))).)))))))...))..((((....))))..))))))((((((((.................(((....)))...((((((....(((((((((.....(((((....((......))...)))))(((((..((((((....(((.........)))..)))))).)))))....((((.((((((........))).))).))))))))))).))...)))))).)))))))))))).)).)))))))..)))).))..)))....)))))).(((...))))))))).....))))))....((.(((((((..((.(((((((((((((.......))))))..)).)))))))..(((.....)))(((((.(.((((....))).).)))))).)))))))))...(((((...))))).........((((((((((.....))))))).))).)))))))))..(((.(((((..((((((((.(((((((((((((.....)).)))))....))))))..)))).....(((((....(((.(((((.(((((.(((.........(((.((....)).)))((.(((((((.(((((.((....(((((((....).)))))).))))))).....((((((((((((((......)))..))))))))))))))))))..))((((((.(.(((........)))).))))))(.(((((((...))))))).))))))))).)))))))))))))((((.((.(((......((((((........))))))..))))).)))).)))).)))))))).))))))))))))))..((((.....(((....(.((((((((((.((....))........(((((..((((.((....)).))))....)))))..)))))))))).).....)))....)))).))))))......)))).))))))...)))))))))).).))).....))))))))).(((((((((((...(((((...........))))).....))))))))))))))).))))))))).))))....).))))....)))))))))))))..).)).......))))).)).))))...)))))))(((((((...)))))))...........)))....))))))))))).....((((((((((((.........((((((((...)))))))).........))))))))))))......)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
......((((((((((....((((({{((((....)).))))))))...))))))))))..{{{.(((((((.......))).)))).{{{{,,,{|||,...}|||{,.,,,..|}}}||(((.((((((({((((((.(((....(((((((((((((......((((((..(((..(..{..{.(({......))).,..}..).,)))))))))......))))))).....{({((....}}.}}(((((,.{((({.{,{{..{{..((((..(....((((.(((((((..((,...}},},))))))).)).))....)..)))){((((....,||||,|.}}...})},)))}))}}.))))))..))).)))))}{{(((......))))}...((((((....))))))...(((((....)))))......{{.......||.{{{{.,,,...,)))}.,,{{(((((.,.|.(((((......))))).}.})))))}.,,....|....}....}}}))))))))})},.......((((({...((.......))....}))))).....(((((((((((....,,{{|,{{{{((,,((,.{{{(,{{,..(((.{((((((({{{......(((({{{{(|{,.,|||||,{,.,,......((((((......)))))).{(,,,{|{{,(.,{{{|{|||,,...,,,,{{{{,,,|}}|}}}}}|{(((({(((((((((((,{.,.(((.(((((((((...(((....))).)))))).((((....))))...,,{{{{(((......((({{({..,,,(((((((.((.((((((....)))))))).))))))}...(((.((((((((....)))))))))))....{(((({((...,{{{,,.||||,,{|{{(({.((((((........)))))).})).,||||,.}}}).},))))}|{{.|,}}})}))))),.,,{,((((.....(((((.(((((............))))).))))),,))}),)})))}})).}),.))).)))...)).))))))))){(((((..((({.,...,.)))))))))){{||{|}},||((((((((((..(((.((((({..{(({{....,,))})|((,(((((((........)))))|}.}}}.(((((.(((...})}.))))}...{{.,...,}}..((((((((((........)))).)),,)))((((((((.((((..(((((((((..(((((((((((,(((((((....)))).))),..((((((((.(((((.(.(((((....(((,((({...(((.......))).)))))))))))).).))))))))))))).....(((((((.........))))))))))))))))))..))))))))).))))....))))))))..{(((((....)))))}.))))).)))..)))))))))}..}|))))))||)),|||{.,,}}}))),.(((({{(((((.(((((.....)))))))))))))))}))))),.}))))))).,))),,)))),.))..}))))}(((((((..((((.{{(((((..........,||,|..((.(((((,,(((((((((.{..(((((((((((((.(((((((((((((((((((((..,..,{((((........{((((........||||}.{{,,(,,(({(.(,((((({{{((((((.,,....,,..))).)))))))))),||.||||,..,,)))||{|,{(.((((((((............((({..((((..((((((....))))))...)))).,))))..))))))))..)),))}),,}}})).))))).)))))))}.|}))}(((({((((,,(((,{..{((,(((((((,((((((({{,.{{,......(((((......)))))..,,,((((((.(((((((((((((((((({{(((.,.....((((((((.........))))))))......((((...)))){((({{{{{,|{{.(((((((...))))))).,.(((((((((..{(,((((.({(((((.{{,{||.,{{{{(((({.((...(((({((((((,.,({{{|,..{{{((..(({{.(((.,,(((.{{{...)}).)))}})))))..))),,,}}...,,))))),)))}))})}}}...}}..((((....))))..))))))}|||||||||.....,,}},,|...||||||.)),,,,||{{|||||,{||||||||,,,..(((((...,((......}}...}}}}|(((({,.((((((.,..(((.........))).})))))).)))))}},|||||,{{{{{{........))).))).))))))))))).))},,)}}}}}.,|||||}|||}||}||||||}}}..}}}),)),.)}}...,}))}}).{{{..,)))})},}}.....)))))).,{{{,.(((((((..{(.((((((({(((((.......)))))}..}).)))))}}.,{({.....})}{|{(||{,{(((,,..})),|.}))))}.)))))))},,},|{{{{,..}}})),,,||,|{{((((,(({{{.}}.})))))))|}||.}}))}})))..({.,(((({..({{{{{{||{{{|||,||||||}},,}|}}}|}}},,,|}}}))),,||,|...,,{{{{{.,,,{{{,{{{{{,{{|{{,|{|.......,.{{|.||,...)),)))||.||||||{|||||,,||....{{{(((({,..|,|||||||},}||||,,...(((((((((((((.......}..,.)))))))))))}})}}}}.,|.((((((.{.(((.,......)))}.)))))){.(((((((...))))))).}||||||||,}}}}|}}}}}}}}||||,||.|||}||.,.{(((((,.....,,||||||,{|||||.}}},.}))).}})))))).)})))))))}))}),,{{{,.....|,,,,,,{.{{{{{{{{|{.,||,,,}},,,}.}}}|||({.,{{{{{{{{,{{{{.|||}|,,.|||,,..}}}}}}}}}}.,.....,.,.........))))})...,,.)))).}}}}}}...}))))))}}).|,}}}....,))))))))),(((((((((((,..{({{{......,,}..))))),....))))))))))))))).)))))))))||)))....,.))))....))))))))))))),,},},...,,..))))).}}.))))...)))))))|(((({|...)))))))..,..,,,}}}))},,..))))))))))).,...((((((((((((.{...,,(.((((((((...)))))))).))....}.)))))))))))),}}.,,,.,...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001174081.3 NCBI
AAUCACAGGGCUGCGGCCGAGAAAGAAGCCUUAAUAGAGCUUUCUCAAC… 3540 nt 0.5288
NM_001174082.3 NCBI
AAUCACAGGGCUGCGGCCGAGAGAGAAGCCUUAUUAGAGCUUUCUCAAC… 3474 nt 0.5317
NM_001174083.2 NCBI
AAUCACAGGGCUGCGGCCGAGAGAGAAGCCUUAUUAGAGCUUUCUCAAC… 3471 nt 0.5292
NM_001348003.2 NCBI
AAUCACAGGGCUGCGGCCGAGAGAGAAGCCUUAUUAGAGCUUUCUCAAC… 3531 nt 0.5293
NM_017852.5 NCBI
AAUCACAGGGCUGCGGCCGAGAGAGAAGCCUUAUUAGAGCUUUCUCAAC… 3540 nt 0.5291
Summary

This gene is a member of the nucleotide-binding and leucine-rich repeat receptor (NLR) family, and is predicted to contain an N-terminal pyrin effector domain (PYD), a centrally-located nucleotide-binding and oligomerization domain (NACHT) and C-terminal leucine-rich repeats (LRR). Members of this gene family are thought to be important regulators of immune responses. This gene product interacts with components of the IkB kinase (IKK) complex, and can regulate both caspase-1 and NF-kB (nuclear factor kappa-light-chain-enhancer of activated B cells) activity. The pyrin domain is necessary and sufficient for suppression of NF-kB activity. An allelic variant (rs147585490) has been found that is incapable of blocking the transcriptional activity of NF-kB. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Dec 2016]

Forensic Context

A study in mouse cardiac mesenchymal stem cells demonstrated that HDAC11 overexpression upregulated the NLRP2 mRNA, which is a regulator of induced pluripotent stem cell differentiation and an inhibitor of NF-κB signaling [Zhang et al. DOI:10.3390/biom15050662].