Basic Information

Symbol
ARHGEF28
RNA class
mRNA
Alias
Rho Guanine Nucleotide Exchange Factor 28 P190RhoGEF RGNEF RIP2 Rho Guanine Nucleotide Exchange Factor (GEF) 28 190 KDa Guanine Nucleotide Exchange Factor Rho-Guanine Nucleotide Exchange Factor Rho Guanine Nucleotide Exchange Factor Rho Interacting Protein 2 P190-RhoGEF KIAA1998
Location (GRCh38)
5:73625757-73942391
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001177693.2
Sequence length
6233.0 nt
GC content
0.4755

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2039.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2149.22 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1479.86
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((((((((((((((.((((((.(((.(((.((((((((((........)))))))))).)))..))).(((((...))))))))))))))).((.((((....)))).))((((((...((....))..)))))).(((.(((......))).))).......((.(((((.(((((.....((((......(((((..(((((((....)))))))...))))).....)))).....)))))))))).))..............((((((.((((...(((((.((((((((((((((..(((...)))..))))))...))))).....))).)))))..))))))))))..)))))))).)))))))))))((.(((..(((.((.(((.((((((.((((......((((((((..((((((......))))))...))))))))......))))..((((((((((.........(((..(((...((((((....(((((.....)))))...((((((((((((((..(((((((.(((...(((((((((......)))))).))).((.(((.((((((..((((....))))...))))))))).))...........((((.((((....((((((((((((....((((((((.......(....).......))))))))))))))).((((...((((........))))))))..))))).(((...((((((.((...(((...)))..((((((((...............((((((((((..((((....(((...(((.(((((......(((((((.......))).)))).....)))))...)))...)))))))))).))))))))))).))))...(((((.((((((((((..........(((((.((.....(((((((..(((((((((.......)))).)))))..))))))).....)).)))))...........)).))))))))))))).((.((((((..............)))))).))((((.........)))).........)).))))))..)))...)))).))))(((((......)))))....))))))))))..((.......))...)))))))...............))))))).(((((.(.....((((.(((((.((((((((((....(((((((..(((((((....(((...(((.((((((((((((..(((.((((((((((......(((.((..(((((....)))))..)).)))..((((((.....((((((.((((.(((((((((...))))))))).(((((((........(((((((........(((((.((((((((...(((...)))....((((.....))))..)))))))).....((((..(((((..((((..(((((.((((((((.(((((..(((((((..(((((((..((((.((((.((((........)))).))))))))..))))))))))).(((..((((.((((.(((...((...(((((((((((((.((((..((((..........(((((..(((.((((((.(((..((((((....((((((...))))))))))).)..)))))))))...)))..)))))(((....((((......)))).))))))))))))))))))))).))).....))....))).)))).))))..)))..(((((((((((((((..((((((((((..((...........(((((((.((......((((((((((((((.........))))))..)))))))).((((.....))))...((((....))))..)).)))))))...........))..))))))))))........(((.(((((......))).)).)))..........))))).))))).)))))..((((.......))))(((((..((((.(((((((((((((.((.....(((....))).............(((((((.......)))))))(((((((((....)).)))))))......)).))))))))))..........))).))))....))))).((((((......))))))........(((((...((((.(((.......)))))))...)))))..((((.(((((((.((...........................))))))))).))))((.(((((.((((.(.(((((((((((.((((((((......(((((((((...((.(((((....))))).))..)))))))))((((.((((((((((..((.((((((.(((((.(((((((......))))))).)))))..(((((((.(((((.....((((...((((((..((((....((((....(((((.(((((...))).)).))))).))))..)))))))))))))).(((((((.((((((((...)))))))).)))))))........)))))..))))))).(((....)))((((((.((((...)))).)))))).(((((.((((((((((.((.((((((.....)))))))).)))).)))))).)))))..((((.((((((((.((....))...)))))))))))).....(((..(((.((..((((((((..............)))))))))).)))..)))..((((.....)))).....(((........))).((((..(((.(((.((((((.......)))))).))).)))))))......)).)))).))..)))..))))).)).)))).((((((.((((((((((((((((((..(((..((((((((.......((((((....))))))((.((((((((...((((...........(((((((((...((.((((((...........))))))..))....)))))))))......))))...))))))))..)).))))))))....)))))))).)))((((.(((((....(((((....)))))....)).))).))))))))))))))..))))))(((((((((........((((((((((..(((((((.((.((((..........((((.((.((.((((.((((..(((((.(((((((((...))))((((((..((((((.......................)))))).))))))............................................))))).))))).)))))))).))..)).)))).((((.(((.((((........(((...((((......)))).)))))))))).)))).......)))))).)))..))))...)).))))))))(((((((.....)))))))......(((((((((..((((((((((((((((((..((.....(((((((((...(((.....)))...))))..........)))))...))..))))))))))))))........)))).....)))))))))....))).))))))...)))))))).)).......((((((.......)))))))))))))).)...).)))))))))))..)))..))))).)))..))))).)))))..)))).)))))..))))..((((...))))(((..(((((((((((..((.....(((.((..(((((((..(((....)))..)).))))))))))...))..))))...))))))).)))((((((((((.(((((((.((.(((((((((.(((......))).........((((...))))...((((....)))).(((........)))(((..(.......)..)))(((.((((.((........)).)))))))..))))))))))).))))))..((.(((.(((((((..((....)).))))))).)))))..).)))))))))).((((........))))..)))))((((...........)))).)).))))).....)))))))((((....))))..)))).))))))))))))))))))))))..(((((((((.....((((((..(((((..........)))))..))))))...)))))))))....))))))))))))...)))...)))..))).....)))))))((((((((((.......((((.((.....((((((...(((((((....((((.......))))))))))).)))))).....)).)))).))))))))))((((((.((((.....)))).))))...)).....))))))).))))))))))..(((((((((((....((..(.(((((....))))).)..))))))).)))))).......)))))))))).))))).))))))...)))..)))))))))))))..(((((((((((((((((((.((((......))))..((((((....((((((.(((((..((((.......))))..))))).(((((......))))).((((((((((((...(.((((((((((((((((..((((((.(((((((((((...))))))))))...(((.((((.((.(((((......))))).)).)))))))...((((....)))).((((((((.............(((((((..(((.(((....(((.(..(((((....)))))..).)))....))).))).....)))))))...((((((.....))))))((((....)))).))).)))))............).))))))..)))).(((((.(((.(........).))).))))).(((((.((......((((..((..((((...((((...))))))))..))..))))..))))))).....)))))))))))).)..)).(((((....)))))..........))).).))))))....((((((.............)))))).........))))))...))))))((.(((......))))).....((((((....((((.(((((((.((((.(((...(((((((..(((((((((((.....((.(((((.(((.......))).))))).)).((((((((((.....((......)).....))))))))))...))))))))))))))))))))).)).)).))))))).))))((((((((((((.........(((((((..........((((((.........))))))..........)))))))......(((((((((.(((((((...(((...((((((......))))))...))))))).......))).)))))))))...((((((((((..(((((((.((((((.................................))))).).)))))))..)))))))))).....))))))))))))))))))..(((((.((((((...(.(((((((((....((...((((((((.((((..((((......))))...)))).((((((.((((((((((.((((..(((..(((.((((((.......((((..........((((((((((.(((((((.(((..(((....)))...)))))))))).))))).)))))....((((((((......((((..((((((...)))))).....(((((((((((((...((((.((((((..((.............((((....)))).........(((((((....)))))))...))..)))))).)))).)))))))...........)))))).))))))))))))))))......))))))))).....)))..)))).)))))))))).))))))(((((...)))))..))))))))....))....))))))))).).)))))))))))((((.....)))).)))))))).))))).)))))).......)))))).))).)).)))..)))))((((((((..........(.(((((((......))))))).).......)))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((((((((((((((((((,((((((,(((.(((.((((((((((........)))))))))).))),.))).{((((...))))))))))))})},|,,,((((({,|{{{,,,((((((...((....))..))))))}},|))})}))...||,{|}}.....|}({.(((((.(((({.,.,,((((..,...{(({{..(((((({....)))))))...})))}..,,.)))).,,|,}))))})))).}}|,..,,,,,,}...((((((.((((...(((({.((((((((((((((,,(((...}))..))))))...)))))....,))).})))).,)))))))))),))))))))).))))))))))){(.(((..(((.((.(((.((((((.((((......((((((((..((((((......))))))...))))))))......})))..((((((((((.........(((..(((...((((({....((((({....,}}))}|||(((((((((((((..(((((((.(((...(((((((((......)))))).))).((.((,,((((((.,((((....)))).,.))))))))).)),...,,|||,.((((.((((.{{{,(((((((((((....((((((((.......{....).......)))))))))))))))}((((...((((........))))))))..||,||.{,{,,,((({,,.,{{..((({{{|,,..((((((((...............((((((((((..((((....(((.,.(((.(((((.,....(((((((.......))).))))...,,)))))...))).,.)))))))))).))))))))))).))))...((({{{((((((((((.........(((((((,(((,...|))),))}.}))),{{{,..,.,.,,}}((({{(.(({.,..,...))))))))),..,........))}))))))))))))).,..,{{{{{..............})))))}))|,{|,.....,,,)))),...,,......,,,,,)}}})),..)))).))))(((((......)))))....))))))))))..{(.......))...)))))))...............))))))|,{((((.{.....(((,{(((((.((((((((((,...(((((((..(((((((..{,(((...(((.((((((((((((..,{(.{(((((((((......(((.((..(((((....)))))..)).)))..{{{{{{,,,,,((((((.((((.(((((((({...})))))))).(((((((.......,{((((((.,......,.{(,.((((((((.,.({(...}}}....((((.....)))),.)))))))).....((((..((((({.((((..(((((.((((((((.(((((..{(({{{((((((((((((,{(((.(.(((..(((.((((((..{({.,.({..((({,,,,..,,|,(((..((({.((((.(((...((...(((((((((((((.((((..((((.|||,....,{{{{{..(({.((((((|{({..{({{{{..,.{||(((,..))))))))))),}..||||}}||}...)))..)))}},{{....{{{{......}}}),)}})))))))))))))))))).))).....}}....))).)))).})))..)))}})),,)}.,.}))...)))))).)))((((((.(((({{,{{.,{{{{,,.}}}},...,..|||||((((((.........)))))).,,,..)))).)))))}.(((((...)))))})).).)))))))))))))...,}..}}}}{{{{{.(({.(((((({......{({.,((((,....,|||.|||))}..........(((((((,...{(((((((((((........,,,,((((..((((.((({{((((((((.((.....(({....})).............(((((((.......)))))))(((((((((....)).))))))).,,...)).))))))))||..........))).))))....))))|{(((((({{{{{.,||||,,{{{,...(((((...{{{{,{{{....,,,}}}))}),,,)}|||,(((({.(((((((.((...........................}}))))))}.}||||,.,,,,||{{{.{{{{{{{{..|({|,|{{{{{.,{{{...(((((((((...((.(((((....))))).))..))))))))).,)))||{{{((.....}}..}}|||.(((((.{((((((......))))))}.)))))})))}},,.||,...,,,,})}})}}},.(((((((({..((((.((({,.(((((.(((({...})).)).))))).,.((((((((((((((((..((((((((((...(((((((((.....))))))))).....)))))))))).|{.(((((..((((((..((((.(((((...,,.....}},..(((((.((((((((((.((.((((((.....)))))))).)))).)))))).))))).,((((.((((((((.((....))...)))))))))))).,...)))))))))..))))))..))))).}}(((({......}.))))))))))))....((((.....)))).)))))))).....,{((,.((({.,(((.(((.((((((.......)))))).))).)))))))...}},}},.(((..((((((.(((((((((...))),}))))).))))))..)))((((((.{{....}}.)))))},,....((((((....))))))....||,...,...{,.......{{{{{.(((((((((...((.((((((.(........,))))))..))....))))))))).....{{{||.,|,}|}}.,...}}))})}}}},....|||||{(((.....))))))},.,,}}},..})))..))))))))))))),{.(((({....))))),}},}}}}}}}},,.}))})}})}||||,,,,,.}|||,,,|}}})}||,.......}}}}}}}{(,.{{.||{{{((({..(((((.((((({{{{...,,}}((((((..((((((.,.....,.........,,....)))))).)))))).........,{{....,................,|,....,},.))))).))))).)))))))|,||..}},)))..((((.(((.((((.......,{{(,..{{{{...,,.}}}).}}}))))))).)))).....}})))))..))).}))))...,(((({|(((.(((((((.....))))))).)))...}}))))(((((((((.{(((((((((((..{,..,..(((({(((((..(((..,((.......,)}}.)))..))))),)))}.}),,)))))))))))}{(({..{{(({|(,({{{.|||,|||,|,...,||.,.||..,|||..}}.)))}.,}.....||)))}.}).})))),,)))))))))))))....,.||||,,.....,))}.))))).)))..))))).)))))..)))).)))))..))))..((({...}))){{{..(((((((((((..{(.....(((.((..(((((((,.(((....))),.)).))))))))))...))},)),,...))))))).})}((((((((((.(((((((.((.(((((((((.(((......))}.........((((...})))...((((....)))).(((........))}.,{,{{..,....,..}}|{{(.((((.({.......,)).)))))))..))))))))))).))))))..{(.(((.(((((((..((....)).))))))).))))}..).)))))))))).((((.,....,.)))}..||((|{{{{..,,,,,...,)))).}}.}.)))}}).,)))))))((((....))))..)))).))))))}))))))))))))))}..(((((((((.....((((((..(((((.,,....},.)))))..))))))...)))))))))....,,,)))))))))...)))...)))..))).,,..))))))}((((((((((.......|({,.,|||....{{,{,..,,,,{((({{..{{||,},.,..||||||||.|}.}|,}))},.,,)}..,,,.)))))))))){{{|{{.||{{.....|||}{||,,.}})),}...))))))).))))))))))..{{(((((((((..,.((.,(.(((((....))))).}.,)}))))).)))))}.,,....)))))))))).))))))))))))...)))..)))))))))))))..((((((((((((((((((((((((.((......)).))))){.((((((((.(((,((...{|||((((((((.{{......}}..))))))))((((((((((((((((,(((((({({{,.....|{|||||,,,,.{({,({{{{{|||{.,,)))))|||||,{{((((((((.((.(((((......))))).)).))))),,.}}||||}}}}))||,(((,{{,{..,,...,,,...(((((((.,(((.(((....(((.{..(((((....)))))..}.)))....))).)))...,.)))))))...((((((.....)))))){|||,,,,))})})}}.},,,}.......,,,..,.,,,,,}}},}}),(((((.(((.(,.....,.).))).))))}.},))).))))))))))))......,,,(,{{,,,..,,)))))),,.})))).)))))))),.........,||{{{({,..,...{{{(((((,,.,|||||....,.,,.,|(({,,,.|}},..{{((((,,..{{{{..{{{.{||||,|,,{{{{{.{((((,.{....}..)))|,.......,,,(((...)))...}},...,{{{.(((((((.((((.(((,.{(((((((..(((((((((((...,.{(.,{{{{.{||,...,,,}}}.}}}}}.}).{(((((((((.....((......)).....))))))))))...,}}}))))))))))))))),).)),)).))))))).)}||((((((((((((.{,......{{(((({,|,..{,{,.{(((((,,....,}.))))))}},....,,.}))))}}......(((((((((.({{,,(({..(({...((((((......)))))}..,))),})),......})).)))))))))...{(((((((((..(((((((.,(((((,................................))))).,.)))))))..)))))))))).}...)))))))))))))}}.....,,(({|,,,||}}..|}})))}}.}}}...})))}}}},.}}}),}}}}}|(((......)))}{{|||||.,{{((({((((((((((.{(((..(((..(((.((((((...,,..,{{|},|,......((((((((((.{{{{{{|,|||,,||,..,,|||,..||||}}}}}},|||||,}}}))},,}||{({{||,.}}}}||,{..((((((...))))))....,((((((((((,{{,,.((((.((({({,,,,.............((((....))))..,.,....(((((((....)))))))......||||,}|,|},},))),,,,}}}}..,..,,,,}}))})))}))))))))))))},....))))))))).....)))..)))).))))))))))))).((((((((........)))))))),},}}})))....,,,))))))),||||......{{|||...,,)))),)))))))).)))))}}))))).......)))))).))).)).)))..))))}((((((((.....,{{..(.(((((((......))))))).).,.}},.)))))))).........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001080479.3 NCBI
AUCGCCGGGGAGAGCCUUCCGGACUCCGGGCGGCGGCUGGCUGGGGGCG… 6311 nt 0.4758
NM_001177693.2 NCBI
AUCGCCGGGGAGAGCCUUCCGGACUCCGGGCGGCGGCUGGCUGGGGGCG… 6233 nt 0.4755
NM_001244364.2 NCBI
GAGUCUCUACUGUUUCAUCUGUUGAUUUCACCAAAACAAAAAGAUGGAU… 5199 nt 0.4585
NM_001388076.1 NCBI
AUCGCCGGGGAGAGCCUUCCGGACUCCGGGCGGCGGCUGGCUGGGGGCG… 5939 nt 0.4698
NM_001388078.1 NCBI
AUCGCCGGGGAGAGCCUUCCGGACUCCGGGCGGCGGCUGGCUGGGGGCG… 5214 nt 0.4873
Summary

This gene encodes a member of the Rho guanine nucleotide exchange factor family. The encoded protein interacts with low molecular weight neurofilament mRNA and may be involved in the formation of amyotrophic lateral sclerosis neurofilament aggregates. Alternate splicing results in multiple transcript variants.[provided by RefSeq, Apr 2010]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the ARHGEF28 was significantly upregulated in the "primary normal" sudden unexplained death (SUD) subgroup compared to heart-healthy controls, as identified through whole transcriptome sequencing and DESeq2 analysis of left ventricular tissue [Neubauer et al. DOI:10.1007/S00414-025-03414-4].