Basic Information

Symbol
NOD1
RNA class
mRNA
Alias
Nucleotide Binding Oligomerization Domain Containing 1 CLR7.1 NLRC1 CARD4 Nucleotide-Binding Oligomerization Domain, Leucine Rich Repeat And CARD Domain Containing 1 Nucleotide-Binding Oligomerization Domain-Containing Protein 1 Caspase Recruitment Domain-Containing Protein 4 Caspase Recruitment Domain Family, Member 4 NLR Family, CARD Domain Containing 1 HNod1
Location (GRCh38)
7:30424527-30478789
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006092.4
Sequence length
4503.0 nt
GC content
0.5550

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1747.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1823.48 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1114.89
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001354849.2 NCBI
AGUUCCCGUUCCGGGCCCGCGAGGCAGCCGCCCCGGUCCUGCCCCUCCC… 4419 nt 0.5544
NM_006092.4 NCBI
AGUUCCCGUUCCGGGCCCGCGAGGCAGCCGCCCCGGUCCUGCCCCUCCC… 4503 nt 0.5550
Summary

This gene encodes a member of the nucleotide-binding oligomerization domain (NOD)-like receptor (NLR) family of proteins. The encoded protein plays a role in innate immunity by acting as a pattern-recognition receptor (PRR) that binds bacterial peptidoglycans and initiates inflammation. This protein has also been implicated in the immune response to viral and parasitic infection. Major structural features of this protein include an N-terminal caspase recruitment domain (CARD), a centrally located nucleotide-binding domain (NBD), and 10 tandem leucine-rich repeats (LRRs) in its C terminus. The CARD is involved in apoptotic signaling, LRRs participate in protein-protein interactions, and mutations in the NBD may affect the process of oligomerization and subsequent function of the LRR domain. Mutations in this gene are associated with asthma, inflammatory bowel disease, Behcet disease and sarcoidosis in human patients. [provided by RefSeq, Aug 2017]

Forensic Context

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