Basic Information

Symbol
NOD2
RNA class
mRNA
Alias
Nucleotide Binding Oligomerization Domain Containing 2 PSORAS1 CLR16.3 CARD15 NLRC2 BLAU CD Nucleotide-Binding Oligomerization Domain, Leucine Rich Repeat And CARD Domain Containing 2 Nucleotide-Binding Oligomerization Domain-Containing Protein 2 Caspase Recruitment Domain-Containing Protein 15 Caspase Recruitment Domain Family, Member 15 NLR Family, CARD Domain Containing 2 Inflammatory Bowel Disease Protein 1 NOD-Like Receptor C2 IBD1 Nucleotide-Binding Oligomerization Domain 2 Caspase Recruitment Domain Protein 15 BLAUS NOD2B ACUG YAOS
Location (GRCh38)
16:50693217-50733348
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001370466.1
Sequence length
4363.0 nt
GC content
0.5537

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1717.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1794.44 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1071.45
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001293557.2 NCBI
ACCAUGGCCAACUCGGGUUCUGCUGGGGCUGACUUGCCCUGGCCUUCCC… 4414 nt 0.5523
NM_001370466.1 NCBI
GGAGCCGGGAGUCGUGGCCCGGAGUGGGCCUUGGAGUCGGCGCGCAGGC… 4363 nt 0.5537
NM_022162.3 NCBI
ACUUACUUGUGGCCUGUCCCCUCGUGAAUGUGUCUCAUGUCCCCAGUGG… 4675 nt 0.5512
Summary

This gene is a member of the Nod1/Apaf-1 family and encodes a protein with two caspase recruitment (CARD) domains and six leucine-rich repeats (LRRs). The protein is primarily expressed in the peripheral blood leukocytes. It plays a role in the immune response to intracellular bacterial lipopolysaccharides (LPS) by recognizing the muramyl dipeptide (MDP) derived from them and activating the NFKB protein. Mutations in this gene have been associated with Crohn disease and Blau syndrome. Alternatively spliced transcript variants encoding distinct isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jun 2014]

Forensic Context

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