Basic Information

Symbol
ARHGEF3
RNA class
mRNA
Alias
Rho Guanine Nucleotide Exchange Factor 3 XPLN STA3 GEF3 Exchange Factor Found In Platelets And Leukemic And Neuronal Tissues, XPLN Rho Guanine Nucleotide Exchange Factor (GEF) 3 RhoGEF Protein DKFZP434F2429 Exchange Factor Found In Platelets And Leukemic And Neuronal Tissues 59.8 KDA Protein
Location (GRCh38)
3:56727418-57079329
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_019555.3
Sequence length
3582.0 nt
GC content
0.4542

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1038.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1107.90 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1115.18
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001128615.2 NCBI
GAGUUUUCCAGCCUGGAGAGGCCGAACCAGCGCGGGGGUCGAGGAGACC… 3597 nt 0.4431
NM_001128616.2 NCBI
ACAAAUGCUCAAGAGCCUGGCACUGGACAGGGAGCAUCCUGAAGGGCAU… 4053 nt 0.4375
NM_001289698.2 NCBI
GAAACUAUGCUCAGCCCUGUUCAGAGAAUCCUGUGCACAGGGCUCCACU… 3526 nt 0.4441
NM_001377407.1 NCBI
AGGUCAGCGUCGCGUCGGGCGCUGCUGGUGGCGGCUCACAGGGCCGCGG… 3792 nt 0.4573
NM_001377408.1 NCBI
GAGUUUUCCAGCCUGGAGAGGCCGAACCAGCGCGGGGGUCGAGGUUUAU… 3899 nt 0.4447
NM_001377409.1 NCBI
GAGUUUUCCAGCCUGGAGAGGCCGAACCAGCGCGGGGGUCGAGGAGACC… 3752 nt 0.4435
NM_001377410.1 NCBI
GAGUUUUCCAGCCUGGAGAGGCCGAACCAGCGCGGGGGUCGAGGGCUGU… 3663 nt 0.4431
NM_001377411.1 NCBI
GAGUUUUCCAGCCUGGAGAGGCCGAACCAGCGCGGGGGUCGAGGCCUAA… 3508 nt 0.4427
NM_001377412.1 NCBI
AGGUCAGCGUCGCGUCGGGCGCUGCUGGUGGCGGCUCACAGGGCCGCGG… 3703 nt 0.4572
NM_001377413.1 NCBI
ACAAAUGCUCAAGAGCCUGGCACUGGACAGGGAGCAUCCUGAAGGGCAU… 4004 nt 0.4356
Showing 1 to 10 of 13 entries
Summary

Rho-like GTPases are involved in a variety of cellular processes, and they are activated by binding GTP and inactivated by conversion of GTP to GDP by their intrinsic GTPase activity. Guanine nucleotide exchange factors (GEFs) accelerate the GTPase activity of Rho GTPases by catalyzing their release of bound GDP. This gene encodes a guanine nucleotide exchange factor, which specifically activates two members of the Rho GTPase family: RHOA and RHOB, both of which have a role in bone cell biology. It has been identified that genetic variation in this gene plays a role in the determination of bone mineral density (BMD), indicating the implication of this gene in postmenopausal osteoporosis. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the ARHGEF3 gene was differentially expressed in blood leukocytes at 2 hours post-injury, showing downregulation in a burn injury model but upregulation in models of lipopolysaccharide infusion and trauma/hemorrhage [Brownstein et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00213.2005].