Basic Information

Symbol
NPAS2
RNA class
mRNA
Alias
Neuronal PAS Domain Protein 2 BHLHe9 PASD4 MOP4 Neuronal PAS Domain-Containing Protein 2 Class E Basic Helix-Loop-Helix Protein 9 Basic-Helix-Loop-Helix-PAS Protein MOP4 PAS Domain-Containing Protein 4 Member Of PAS Protein 4 Neuronal PAS2 Member Of PAS Superfamily 4 BHLHE9
Location (GRCh38)
2:100820091-100996829
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HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002518.4
Sequence length
4020.0 nt
GC content
0.5313

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1382.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1456.48 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 956.92
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002518.4 NCBI
GCGUGCGGAAGAGUUUGCCGCGCGAGCAGCCGGCCUCUCGCAGGAGCCG… 4020 nt 0.5313
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the basic helix-loop-helix (bHLH)-PAS family of transcription factors. A similar mouse protein may play a regulatory role in the acquisition of specific types of memory. It also may function as a part of a molecular clock operative in the mammalian forebrain. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human trauma patients demonstrated that the NPAS2 mRNA was significantly downregulated in circulating CD3+ T cells during the injury stage compared to the recovery stage [Rau et al. DOI:10.2147/JIR.S375881].