Basic Information

Symbol
NPAS3
RNA class
mRNA
Alias
Neuronal PAS Domain Protein 3 BHLHe12 PASD6 MOP6 Class E Basic Helix-Loop-Helix Protein 12 Neuronal PAS Domain-Containing Protein 3 Basic-Helix-Loop-Helix-PAS Protein MOP6 PAS Domain-Containing Protein 6 Member Of PAS Protein 6 Neuronal PAS3 BHLHE12
Location (GRCh38)
14:32934396-33820863
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001164749.2
Sequence length
6304.0 nt
GC content
0.4957

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2094.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2207.40 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1848.06
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001164749.2 NCBI
GCCGGUCGCCUGUCUCCGCGCCGGGCAUGCCUCGGGAGCCGGGGCGGCC… 6304 nt 0.4957
NM_001165893.2 NCBI
GCCGGUCGCCUGUCUCCGCGCCGGGCAUGCCUCGGGAGCCGGGGCGGCC… 6214 nt 0.4968
NM_001394988.1 NCBI
GCCGGUCGCCUGUCUCCGCGCCGGGCAUGCCUCGGGAGCCGGGGCGGCC… 6259 nt 0.4964
NM_001394989.1 NCBI
GCCGGUCGCCUGUCUCCGCGCCGGGCAUGCCUCGGGAGCCGGGGCGGCC… 6205 nt 0.4970
NM_022123.3 NCBI
GCCGGUCGCCUGUCUCCGCGCCGGGCAUGCCUCGGGAGCCGGGGCGGCC… 6208 nt 0.4971
NM_173159.3 NCBI
GCCGGUCGCCUGUCUCCGCGCCGGGCAUGCCUCGGGAGCCGGGGCGGCC… 6265 nt 0.4961
Summary

This gene encodes a member of the basic helix-loop-helix and PAS domain-containing family of transcription factors. The encoded protein is localized to the nucleus and may regulate genes involved in neurogenesis. Chromosomal abnormalities that affect the coding potential of this gene are associated with schizophrenia and cognitive disability. Alternate splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Sep 2009]

Forensic Context

A study in human postmortem brain tissue identified the NPAS3 as a hub gene within an endothelial-correlated weighted-genome correlation network analysis module, which was implicated in angiogenic cytokine signaling pathways dysregulated in opioid use disorder [Mendez et al. DOI:10.1038/s41380-021-01259-y].