Basic Information

Symbol
NPAS4
RNA class
mRNA
Alias
Neuronal PAS Domain Protein 4 BHLHe79 PASD10 NXF Le-PAS Class E Basic Helix-Loop-Helix Protein 79 Neuronal PAS Domain-Containing Protein 4 HLH-PAS Transcription Factor NXF PAS Domain-Containing Protein 10 Neuronal PAS4 BHLHE79
Location (GRCh38)
11:66421035-66426707
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_178864.4
Sequence length
3272.0 nt
GC content
0.5883

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1283.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1339.47 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 984.63
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001318804.1 NCBI
GCUAUAUAAGGCGGCGUGAGGCAGGCGAGGGGGGCAGCGCAGCCGAGCG… 3192 nt 0.5905
NM_178864.4 NCBI
GGGCAGCGCAGCCGAGCGGAGCCCAGGAGAGCAGAGAGCGAGCCUGAGC… 3272 nt 0.5883
Summary

NXF is a member of the basic helix-loop-helix-PER (MIM 602260)-ARNT (MIM 126110)-SIM (see SIM2; MIM 600892) (bHLH-PAS) class of transcriptional regulators, which are involved in a wide range of physiologic and developmental events (Ooe et al., 2004 [PubMed 14701734]).[supplied by OMIM, Mar 2008]

Forensic Context

A study in human postmortem brain tissue demonstrated that the NPAS4 was downregulated at the RNA level in the dorsolateral prefrontal cortex of subjects with Opioid Use Disorder compared to non-psychiatric controls, as part of a broader dysregulation of immediate early genes and angiogenic networks [Mendez et al. DOI:10.1038/s41380-021-01259-y].