Basic Information

Symbol
NPAT
RNA class
mRNA
Alias
Nuclear Protein, Coactivator Of Histone Transcription P220 E14 Nuclear Protein Of The Ataxia Telangiectasia Mutated Locus Nuclear Protein, Ataxia-Telangiectasia Locus Nuclear Protein Of The ATM Locus Protein NPAT Nuclear Protein, Co-Activator Of Histone Transcription E14/NPAT CAND3
Location (GRCh38)
11:108155280-108222638
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002519.3
Sequence length
6113.0 nt
GC content
0.3740

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1457.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1577.30 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1472.74
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001321307.1 NCBI
AGUGCCGCCACUGGAACCAGGAGAUGCGGCGCAGGAGCUGUCGCUGUGU… 6134 nt 0.3733
NM_002519.3 NCBI
AGUGCCGCCACUGGAACCAGGAGAUGCGGCGCAGGAGCUGUCGCUGUGU… 6113 nt 0.3740
Summary

Enables transcription coactivator activity and transcription corepressor activity. Involved in cell cycle G1/S phase transition and positive regulation of transcription by RNA polymerase II. Located in Cajal body; Gemini of Cajal bodies; and cytoplasm. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.