Basic Information

Symbol
NPLOC4
RNA class
mRNA
Alias
NPL4 Homolog, Ubiquitin Recognition Factor NPL4 KIAA1499 Nuclear Protein Localization Protein 4 Homolog NPLOC4 Ubiquitin Recognition Factor FLJ20657 Nuclear Protein Localization 4 Homolog (S. Cerevisiae) Nuclear Protein Localization 4 Homolog Protein NPL4
Location (GRCh38)
17:81556887-81648465
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_017921.4
Sequence length
4381.0 nt
GC content
0.5640

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1719.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1799.71 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1237.15
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((.((.(.((((....)))).).)).)).((((((((((((((((((.((((((.....((((((((...((((((.(((((((((((.(...((((((.(((..((((((...((((...)))).))))))))).))))))(((((((((((...((((((((((((((((((((((((.....))......((((((...((.(((......))).))..))))))...(((((....(((.((.......(((((.((((...)))).)))))...((((...((((.(((......)))(((.(((((((...((....))....))))))).))).....))))..))))......)).)))...)))))..........)))))))....))))))))))))))))))))))))))(((((((((((((((((((((((((...(((.(((..(((((....))))).))).))).....((((((((((((((((........((.(((........)))))((((((......((((((((((((((((.((..((((((.....(((....)))....))).)))..)).(((((..((((((((.(((.((((..........)).)))))(((((((((((...)))..((((((((............)))))..))).)).))))))..(((((((((((((((((((((((.....(((........)))....)))))))..((((....))))(((((((((.......((((((.((((((((....(((.((.....(.(((......(((((((.((((...((((.((.......((.(((...))).))......)).))))...)))))))))))........))).).....)).)))..)))))))))))))))))).)))))))))....))).))))))))).(((((.((((((.((((((..........)))))).))))(((((..(((....(((((((((.(((....))).))))..)))))..))).))))).........((((....))))..(((((.(((.(((((........))).))..((((....))))((((....))))))).)))))..............((((((((....(((...((((((...((((..((((((((((....)))..(((((((...((((.((((.(((.((......)).))))))).))))......)))))))..))))))))).))..((((.(.((.....)).).)))))))))))))....)))))))).((((((((...)))))))))).))))).((.(((((......))))).))((((((..((((((((((((((.((((....(((..(((((.(((((.(((.(((.....))).)))))))).((((((..(((...(((((.....((.(((((.(((....(((((((.....(((((((....(((((.....((((.(((....)))...))))........................((.((((.....))))...)))))))....))))))))))))).).......))).))))).))...(((((.(((((((.......))))))).)))))..))))).....((((((.(.(((((((((.((((.((.....((((.(.((((((..(((((..(((((...((((((.((((((.(((.............(((.(((..(((....)))..))).)))..)))...))))....)).))))))(((((((....(((((((((((((((((.((.(.((........)).)))...))))))).....((((.(((.......))).)))).)))))))))).)))))))...(((..((((((((((.(((((((.(((.((..(.((((((((..((((.(((((((((((.(((((...((((((((((..((((........)))).))))..)))))).(((...))).....(((((((((...((((((......))))))...))).)))))).))))).))).))))))))...)))).....((((......))))....((((.....)))).(((((((((((.((((....((((.((((((....)))))).))))..(((..(((...)))..)))..........((((((((((..((((((((((((((.((..((....))..))...)))))))((((.(....(((((.((((((((((((..(((((((((((((..(((..............((((.((........(((((.....((.((((.(((.....))))))).))....))))).......)))))))))..)))))))))(((...)))((((((((((((((.(((((..((((..((....)))))).)))))...)))))))))...)))))(((((((.(((((....(((((.(((....))))))))........(((((((.(.....).)))))))....(((((((.....(((...(((.((........)).)))...)))....)))))))..((((((((.....))))))))..)))))....)))))))((.((((......))))))))))..)))))))))..)))..)))))).))))...(((((.(.(....).).)))))))))).))..)))(.(((......))).)....(((((...)))))............((((.(.(((((((((...))))))...))).))))).))))))).)))).)))))))))))...)))))))))))))).)))))))(((((((((((((((.....((.((((......))))))..)))).......))))..))))))).....))))))))).)..))).....((.(((((((..(.((((.((.....)).)))))..))))))).))....)))))..))).))..)))))).))))).)).)))).))))))))).).)))))))))..)))))).))))))))....)))).)))))))))))))))))))))))))))).....)))))...)))))..)))))..))))))..((((....((((....)))).)))).(((.((.((.((((((.(((((.((((((((((((((((((((.(((.(((((((((((..((((((((((.((((..(.(((((.((.(((..(((.(....(((((.(........))))))))))...)))))))))).).....)))).)).)))))))).............)))))).....))))).)))))))))....)))))(((((((((((((((((....))..(((.((((.......)))).)))..((((((((.(((((..((((((.((..((((((..(((((((((.((((.(((......)))))))..((((.....)))).))))))).))...))))))..)).)).))))....))))))))))))).....)))))))))))))))..))))).).)))((((.(((....))).))))....))))))))))).)).)).))))))))).......((((.(((((((((.((((.(((..(((....)))..))).))))))))..)))))))))....)))))))...)))))))))........)))))))))...((((((.((((.....((((((((.(((((....((..((.(((.((.(((((((((((((.((...)).)))))).))))))).)).))).))..))....(((((((((.(..(((((((..((((((...........))))))..)))))))).)))))))))........))))).))))))))...))))))).))).)))))...)))).)))))))(((((((((((((.(((.((((((.(((((((.......((...((((((((.....((((((....(((((..((((.(........((((......))))).))))..)))))))))))....))))))))....)))))))..))))))))..))))))))))))))))).)))))))))))))))))....)).))))))((((.....)))))))))).))))).)).))).)))))))).(((((((...((((((((((.((.....((......))..)).)))))...)))))............)))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......((.((.(.((((....)))).).)).)).((((((((((((((((((.((((((.{.{,((((((((.{.((((({{(((((((((((.({..((((((.(((,.{(((((...((((...)))).))))))))).))))))|((((((((((...(((((((((((((((((((((({(,{{,,||..,...((((((.,.((.(((......))).)),.))))))...{(({{....({(.{{.......(((((.{(({...,))}.)))))...((((...(({{.||{......}))|{{|||(((({...{{....}}....}))))||||}|.....}}}),.))))......,,.}}}..,|||}}......},,,)))))))....)))))))))))))))))))))))))|(((((((((((((((((((((((((,..(({.{{{..(((((....))))),))).))),....((((((((((((((((..,{,...{{.{{{........}||}}((((((......((((((((((((((((.((..((((((.....(((...,)))....))).)))..)).(((((..((((((((,{(({((((.,,.......||,||||,|(({(,{{({{,.||.,.,((((((((({{(({.{,{{.,{.,||,|,,|}}}|||||,{,(((((((({{{|||||||||{{{.....{||,,,,.,..)))...,)})))))}.||||,,,,}}}}(((((((((...,,,,{(({{{.{{||||||,..,{((((,.....|}||{......|,|,.,|.(((((((({{........}}))))))....,,..,,.||,((((.(({(((((((.,....,.))))))).}.})}...}}))....}})))})))}}))}))}}}}.}}}}},|,,...,}}}.))))})))),|,.,.{((((,(,{((((.(((((((((..(((((.((((.((((..{.{(((..((((...))))}}}}}.,,..))))...)))).)))))..))}))))))).)))}..})))))))}}|},}))},{|{||,.......})).))}}|||,.....},|((((....)))))}}|}}|},....,,,,......((((((((...,(((...{(((,....{((,.,(((((((({{....}}}.,((((((((({({((.((((.(((.{(......)).))))))).))))))....))))))).})))))))),.,}{(((((.{,({.....}}.).)))))))))))))....)))))))).{(((((((...)))))))),},})})}.||,|{{{{.,,,,,))}))})}((((((,.{(((((((((((((.((((....((({.{((((.{(((((((,{((,{({{{||{.,,,,,}})}|}},|}}.}}},.,(((({,,...((.(((((.(((....(((((((.....(((((((..,.(((((.....,{{{.(((....)))...}}}}.........,,..............,.,,{{.....)})}...})))))).,..))))))))))))).,.......))).))))).)}...|||||}(((((((.......))))))),|||,,.,}},,|,{,.,{(((((.(.(((((((((.((((.((,.....,,...((((((((((.(.(((....))}}.)))).}))))}{{||,{||{{,....{{.((({((.((((({{{.|,,..,,|})))}.,,.{{||,,,.)}}},{.|((((((((...))))))}|{||||||||||||}||}}}{|,,,,{{,,||{|||...||||}||,{,{,({((.(((,...,..}}}.))))|||||||}}||.||||,||{{.,{{.,|{{{{{||||,||||||{.{{{,.,..{.((((((((..(((({(((((((((((.(((({,,.((((((((((..((((........)))).))))..)))))).(((...}}}.....((((((((,...((((((......))))))...})).)))))),))))).))).)))))))).,,)}}).,...{{{{......)))),..,|{((.....))}|.(((((((((((.((((,,..((((.((((((....)))))).)))},{(({..,({||,|||{{,||....}},...,(({({{{((..((((((((((((({,((..{(,,,,||,.||,,,}}}}}||{((({{,..,((({|.(((((({((((({{,.,,{((((((((..(((,.............{(((.((,....,..,{({(,,,{.(({,{{{.{,,.....)))})))|)|....||}},.......},)})))))..)))))))))}}.}}}}|)}|||}(((((((((.(((((..((((..{{....},)))).)))))...))))))))),{{|||||{{{{{{{.{({(({...(((((.{({....))))))))...,,...{((((((,{....,).)))))))....(((((((...,.(((...{((.((........)).))}...))).,..)))))))..((((((((.....))))))))..}}}||,.,,||||||({(.((((......)))))}).}},.}}}}}}))},.))).,}||||},}}}}|.}|||||}|}|,,.,}|||}}}|}|||||.||..}}}|,{{{,,,,..|||,,....(((((...))))),.,,,.,...,.{(((.(.(((((((((...))))))...))).)))))},)))))),)))).))))))))))).},))))))))}))))).)))))))||||||||||||||{....,||,||||..}},}||||||.,}}}}....,,.}}}}},))))))}.....)))))))}}.)}}))},})}))),||||{{{..|.||||,||....,)}.}||||{,||}||||((({,...,}.},)))).)),.,,})))})),}}})).)))).))))))))).).))))))),,,,)}}))),))))))))....)))).)))))))))))))))))))))))))))).....))))),..)))))..)))))..))))))..((({....((((....)))),|||},(({.{|,{{,{{{(((,(((((.((({(((((((({{((((((.(((.({{{{{{|||{..((((((((({.((((..{,(({{({({.{{{..{{{,|....{{(((.{,.....,,|))))}})}}.,,||}}}}}))),)},,..)))).}).)))))))).,,,|.,}}....)}}))).....)))}|,|}}}}}}||,...}}})){(((((((((((((({(,...}),.(((.((((.......)))).)))..((((((((.(((((..((((((.((..((((((..({(((((((.(((((((..((((,,...}}.))))...)))))))).))))))).},...))))))..)).)).))))....))))))))))))).,...))))))))))))))),,))))),).)))|{((.(({....))).))))....))))))))))).)).}}.))))))))),,.....((((.(((((((((.((((.(((.{(((,...,))))))).))))))))..)))))))))....))))))),..}))))))))........))))))))}...(((((,{((((.....((((((((.((((,..{{{{..,,.{((.,,.(((((((((((((.{,...,),}))))))))))))),)).))}.})||{|,,.,(((((((((.(..(((((((..((((((...........))))))..)))))))).))))))))).}.,..,,))))).))))))))...))))))).))),)))))...)))).)))))))|((((((((((((.(((.((((((.({(((((.......((...((((((((..,..((((((....(((((..((((,(,.,.,,,.{{{,......))))}.))))..))))))))))).,..))))))))....)))))))..))))))))..))))))))))))))))).))))))))))))))))).,..)).)))))){{((.....)))})))))).)))))},),)))}}})))))).(((((((...((((((((((.((.....{{......})..}),)))))...)))))............)))))))......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001369698.1 NCBI
GUAUUGAGCGAGGCACCGGGACGUCGGCGGCUGGCGGAGCCGGGCGGGC… 4396 nt 0.5639
NM_017921.4 NCBI
GUAUUGAGCGAGGCACCGGGACGUCGGCGGCUGGCGGAGCCGGGCGGGC… 4381 nt 0.5640
Summary

Predicted to enable ubiquitin binding activity and ubiquitin protein ligase binding activity. Predicted to contribute to K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding activity and K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding activity. Involved in negative regulation of RIG-I signaling pathway; negative regulation of type I interferon production; and proteolysis involved in protein catabolic process. Located in nucleus. Part of UFD1-NPL4 complex and VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that selective breeding for ethanol preference significantly altered gene expression and network connectivity in the nucleus accumbens shell, with the NPLOC4 identified as a splicing hub node directly associated with alcohol-related phenotypes [Colville et al. DOI:10.1111/Gbb.12367].