Basic Information

Symbol
NPRL3
RNA class
mRNA
Alias
NPR3 Like, GATOR1 Complex Subunit CGTHBA MARE C16orf35 RMD11 HS-40 NPR3 Alpha-Globin Regulatory Element-Containing Gene Protein Conserved Gene Telomeric To Alpha Globin Cluster GATOR1 Complex Protein NPRL3 -14 Gene Protein Nitrogen Permease Regulator-Like 3 (S. Cerevisiae) Nitrogen Permease Regulator 3-Like Protein Chromosome 16 Open Reading Frame 35 NPR3-Like, GATOR1 Complex Subunit GATOR Complex Protein NPRL3 Protein CGTHBA FFEVF3
Location (GRCh38)
16:83205-138716
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001077350.3
Sequence length
3128.0 nt
GC content
0.6138

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1284.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1340.04 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 681.45
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001039476.3 NCBI
GAAGUCUCGCGAGCCCGGAGCGUGGCACGUGGGUUGGUAACUGUGGCGC… 3230 nt 0.6387
NM_001077350.3 NCBI
GAAGUCUCGCGAGCCCGGAGCGUGGCACGUGGGCCCCCUCCGCCUCCGG… 3128 nt 0.6138
NM_001243247.2 NCBI
GAAGUCUCGCGAGCCCGGAGCGUGGCACGUGGGCCCCCUCCGCCUCCGG… 3265 nt 0.6116
NM_001243248.2 NCBI
GAAGUCUCGCGAGCCCGGAGCGUGGCACGUGGGUUGGUAACUGUGGCGC… 3328 nt 0.6292
NM_001243249.2 NCBI
GAAGUCUCGCGAGCCCGGAGCGUGGCACGUGGGUUGGUAACUGUGGCGC… 3360 nt 0.6307
Summary

Predicted to enable GTPase activator activity. Involved in cellular response to amino acid starvation and negative regulation of TORC1 signaling. Part of GATOR1 complex. Is active in lysosomal membrane. Implicated in familial focal epilepsy with variable foci 3. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in human sepsis patients identified the NPRL3 (NPRL3) as a core prognostic biomarker, demonstrating it was lowly expressed in the Survivor group compared to the Non-survivor group [Chen et al. DOI:10.1038/s41598-024-78502-3]. A study in humans identified the protein-coding gene natriuretic peptide receptor 3 (NPR3) as a neighbor to a novel long noncoding RNA and found it to be significantly up-regulated in left ventricular biopsies from patients with ischemic cardiomyopathy and dilated cardiomyopathy compared to organ donor controls [Firat et al. DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e13087].