Basic Information

Symbol
NPTX1
RNA class
mRNA
Alias
Neuronal Pentraxin 1 Neuronal Pentraxin I Neuronal Pentraxin-1 NP-I NP1 SCA50
Location (GRCh38)
17:80466834-80477843
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002522.4
Sequence length
5439.0 nt
GC content
0.5609

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2191.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2278.72 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1198.77
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002522.4 NCBI
GGCAGUGGGGGCCUGAUAGCGCGGCGGUGUGGACCGCGCGGCCGAAGAG… 5439 nt 0.5609
Summary

NPTX1 is a member of the neuronal pentraxin gene family. Neuronal pentraxin 1 is similar to the rat NP1 gene which encodes a binding protein for the snake venom toxin taipoxin. Human NPTX1 mRNA is exclusively localized to the nervous system. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the NPTX1 mRNA was up-regulated by 56% in pericontusional brain tissue from a traumatic brain injury patient (T4) compared to control tissue, as identified through cDNA microarray analysis [Michael et al. DOI:10.1016/j.jocn.2004.11.003]. This finding was part of a broader analysis where 104 genes showed differential expression following trauma, with the NPTX1 categorized under neural/synaptic structure and function.