Basic Information
Symbol
NPTX2
RNA class
mRNA
Alias
Neuronal Pentraxin 2
Neuronal Pentraxin II
Neuronal Pentraxin-2
Apexin
NP-II
NP2
Neuronal Activity-Regulated Pentaxin
NARP
Location (GRCh38)
7:98617285-98629869
Forensic tag(s)
Other applications
MANE select
Transcript ID
NM_002523.3
Sequence length
2713.0 nt
GC content
0.5916
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1132.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-1179.01 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
732.88
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGAGUGCCGAGCAGCGCGGUGGGUGCGGCUGUGAGACGGCAGGAGACUU… | 2713 nt | 0.5916 |
Summary
This gene encodes a member of the family of neuronal petraxins, synaptic proteins that are related to C-reactive protein. This protein is involved in excitatory synapse formation. It also plays a role in clustering of alpha-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acid (AMPA)-type glutamate receptors at established synapses, resulting in non-apoptotic cell death of dopaminergic nerve cells. Up-regulation of this gene in Parkinson disease (PD) tissues suggests that the protein may be involved in the pathology of PD. [provided by RefSeq, Feb 2009]
Forensic Context
A study in rats demonstrated that ultraviolet-B irradiation induced transcriptional changes in dorsal root ganglia, where the NPTX2 was significantly up-regulated with a fold change of 1.7, indicating its association with neuronal responses in an inflammatory pain model [Dawes et al. DOI:10.1371/journal.pone.0093338]. A study in rats and mice demonstrated that the NPTX2 mRNA is up-regulated in the cerebral cortex 24 hours after experimental traumatic brain injury (TBI) [Dash et al. DOI:10.23/B:NERE.0000023614.30084.eb].