Basic Information

Symbol
NPTXR
RNA class
mRNA
Alias
Neuronal Pentraxin Receptor NPR
Location (GRCh38)
22:38818452-38844028
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_014293.4
Sequence length
5830.0 nt
GC content
0.6043

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2504.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2605.40 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1535.40
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_014293.4 NCBI
AGAGCGGCGGCAGCAGCGGCCGCGGCGACAGCUCCAGCUCCGGCUCCGG… 5830 nt 0.6043
Summary

This gene encodes a protein similar to the rat neuronal pentraxin receptor. The rat pentraxin receptor is an integral membrane protein that is thought to mediate neuronal uptake of the snake venom toxin, taipoxin, and its transport into the synapses. Studies in rat indicate that translation of this mRNA initiates at a non-AUG (CUG) codon. This may also be true for mouse and human, based on strong sequence conservation amongst these species. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans identified the NPTXR as a potential diagnostic biomarker for sepsis, where it was found to be lowly expressed in the sepsis group compared to normal controls based on RNA sequencing data, with its mRNA expression pattern being consistent with its corresponding protein level as indicated by nine-quadrant analysis [Wang et al. DOI:10.2147/IDR.S380137].