Basic Information

Symbol
NR1D2
RNA class
mRNA
Alias
Nuclear Receptor Subfamily 1 Group D Member 2 RVR REVERBbeta REVERBB EAR-1r BD73 Orphan Nuclear Hormone Receptor BD73 V-ErbA-Related Protein 1-Related Rev-Erb Alpha-Related Receptor Rev-Erb-Beta Hs.37288 HZF2 Nuclear Receptor Subfamily 1, Group D, Member 2 Rev-Erba-Alpha-Related Receptor EAR-1R
Location (GRCh38)
3:23945286-23980637
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Mechanical injury analysis Sudden unexpected death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005126.5
Sequence length
5231.0 nt
GC content
0.3829

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1418.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1519.91 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1346.09
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001145425.2 NCBI
CCCUCCUCCCCCGCGGGGUUGCACACUGCGGAGGAGGCCGCGCGUGCGC… 5055 nt 0.3683
NM_005126.5 NCBI
GUCAGCCGCCCUCGCCGCCGCGGUGCGCUGGCUGCAGGAAGCCGCCGCG… 5231 nt 0.3829
Summary

This gene encodes a member of the nuclear hormone receptor family, specifically the NR1 subfamily of receptors. The encoded protein functions as a transcriptional repressor and may play a role in circadian rhythms and carbohydrate and lipid metabolism. Alternatively spliced transcript variants have been described. [provided by RefSeq, Feb 2009]

Forensic Context

A study in humans identified the NR1D2 as a down-regulated immune-related gene in burn patients, with its expression validated by qRT-PCR on clinical blood samples [Niu et al. DOI:10.1093/jbcr/irad050]. Another study in humans analyzing sepsis noted the NR1D2 was mentioned as having high rhythmicity in septic shock patients [Wang et al. DOI:10.3390/ijms26093993].