Basic Information

Symbol
NR1H3
RNA class
mRNA
Alias
Nuclear Receptor Subfamily 1 Group H Member 3 LXR-A RLD-1 LXRa Oxysterols Receptor LXR-Alpha Nuclear Receptor Subfamily 1, Group H, Member 3 Liver X Receptor-Alpha Liver X Receptor Alpha LXRA
Location (GRCh38)
11:47248300-47269070
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005693.4
Sequence length
1852.0 nt
GC content
0.5842

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-725.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -756.95 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 398.91
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001130101.3 NCBI
GUCCUGCUUGUGCUCAGCUCCAGCUCACUGGCUGGCCACCGAGACUUCU… 1672 nt 0.5819
NM_001130102.3 NCBI
GCCAUCUUACUUAGGGACCUGCUGGGGUGCGGGGAAAAGGCGCAGUCUC… 1743 nt 0.5835
NM_001251934.2 NCBI
GAUUCUAACUUAGCUAAGCAAUGCUACUGGAGACCAUAGGCAAAGCCAA… 1879 nt 0.5865
NM_001251935.2 NCBI
GAUUCUAACUUAGCUAAGCAAUGCUACUGGAGACCAUAGGCAAAGCCAA… 1920 nt 0.5844
NM_001363595.2 NCBI
CCUUUUGCAAGAGCUGCUAAGAGCGCUGGACUCUGCGGUGGAGCUGUGG… 1487 nt 0.5777
NM_005693.4 NCBI
GUCCUGCUUGUGCUCAGCUCCAGCUCACUGGCUGGCCACCGAGACUUCU… 1852 nt 0.5842
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the NR1 subfamily of the nuclear receptor superfamily. The NR1 family members are key regulators of macrophage function, controlling transcriptional programs involved in lipid homeostasis and inflammation. This protein is highly expressed in visceral organs, including liver, kidney and intestine. It forms a heterodimer with retinoid X receptor (RXR), and regulates expression of target genes containing retinoid response elements. Studies in mice lacking this gene suggest that it may play an important role in the regulation of cholesterol homeostasis. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2011]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.