Basic Information

Symbol
ARID1B
RNA class
mRNA
Alias
AT-Rich Interaction Domain 1B P250R DAN15 KIAA1235 ELD/OSA1 BAF250b SMARCF2 6A3-5 AT-Rich Interactive Domain-Containing Protein 1B AT Rich Interactive Domain 1B (SWI1-Like) ARID Domain-Containing Protein 1B BRG1-Associated Factor 250b OSA2 BRG1-Binding Protein HELD/OSA1 BRG1-Binding Protein ELD/OSA1 ELD (Eyelid)/OSA Protein Osa Homolog 2 BAF250B BRIGHT MRD12 HOsa2 CSS1
Location (GRCh38)
6:156776020-157210779
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001374828.1
Sequence length
10310.0 nt
GC content
0.5361

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3714.02 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: 100000.00 kcal/mol
Frequency: inf
Diversity: 0.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001363725.2 NCBI
ACACAUGCAUAGUGAGAUUGCUCUACAAAGGGCAGCUUCCCCUCACUGU… 7897 nt 0.4771
NM_001371656.1 NCBI
GUCAAACAAAUAACCACUGCUGCAGUGGAAAUGAACUAAAAUAGUUUUU… 10807 nt 0.5372
NM_001374820.1 NCBI
AAGCCAUGCUGGGCCCGAUAGGCUCAGCUAGUCGUGUAUUUACCCAUAU… 10190 nt 0.5356
NM_001374828.1 NCBI
AAGCCAUGCUGGGCCCGAUAGGCUCAGCUAGUCGUGUAUUUACCCAUAU… 10310 nt 0.5361
NM_017519.3 NCBI
AAGCCAUGCUGGGCCCGAUAGGCUCAGCUAGUCGUGUAUUUACCCAUAU… 10151 nt 0.5359
Summary

This locus encodes an AT-rich DNA interacting domain-containing protein. The encoded protein is a component of the SWI/SNF chromatin remodeling complex and may play a role in cell-cycle activation. The protein encoded by this locus is similar to AT-rich interactive domain-containing protein 1A. These two proteins function as alternative, mutually exclusive ARID-subunits of the SWI/SNF complex. The associated complexes play opposing roles. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Oct 2016]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that in a hemorrhagic shock-induced acute lung injury model, the mRNA Osa2 was identified as a differentially expressed transcript and was significantly downregulated in lung tissue, a finding validated by quantitative real-time polymerase chain reaction [Wang et al. DOI:10.1097/TA.0000000000003119].