Basic Information

Symbol
NR4A1
RNA class
mRNA
Alias
Nuclear Receptor Subfamily 4 Group A Member 1 NAK-1 NGFIB NUR77 GFRP1 TR3 N10 HMR Nuclear Receptor Subfamily 4immunitygroup A Member 1 Nuclear Hormone Receptor NUR/77 Early Response Protein NAK1 Orphan Nuclear Receptor HMR Orphan Nuclear Receptor TR3 Testicular Receptor 3 ST-59 Nuclear Receptor Subfamily 4, Group A, Member 1 Growth Factor-Inducible Nuclear Protein N10 Steroid Receptor TR3 TR3 Orphan Receptor Hormone Receptor Nur77 NP10 NAK1
Location (GRCh38)
12:52022832-52059509
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses Sudden cardiac death diagnosis Cause of death analysis Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_173157.3
Sequence length
2485.0 nt
GC content
0.6068

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1028.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1069.96 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 719.30
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001202233.2 NCBI
UUCCUGGUGUAAGCUUUGGUAUGGAUGGUGGCCGUCUCCCUACAGACUG… 2586 nt 0.6013
NM_001202234.2 NCBI
UUUCUCCGCCGGCUGCGGGAACCGGUUCCAGGAGCGCGGGAGCUCGUCU… 3513 nt 0.5858
NM_002135.5 NCBI
AGUCCCAGUGGCGGAGGCUACGAAACUUGGGGGAGUGCACAGAAGAACU… 2635 nt 0.6065
NM_173157.3 NCBI
AGUCCCAGUGGCGGAGGCUACGAAACUUGGGGGAGUGCACAGAAGAACU… 2485 nt 0.6068
Summary

This gene encodes a member of the steroid-thyroid hormone-retinoid receptor superfamily. Expression is induced by phytohemagglutinin in human lymphocytes and by serum stimulation of arrested fibroblasts. The encoded protein acts as a nuclear transcription factor. Translocation of the protein from the nucleus to mitochondria induces apoptosis. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2011]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the NR4A1 is downregulated in the dorsolateral prefrontal cortex of subjects with Opioid Use Disorder (OUD) and is involved in regulating vascular endothelial cell proliferation and angiogenesis [Mendez et al. DOI:10.1038/s41380-021-01259-y]. Another study in humans identified the NR4A1 as a pivotal, differentially expressed mRNA in the peripheral blood nuclear cells of patients with coronary heart disease, where its expression was validated and modulated by specific lncRNAs and a miRNA in endothelial cell experiments [Liao et al. DOI:10.1186/s12920-019-0570-z]. A study in rats demonstrated that the NR4A1 mRNA expression in the iliopsoas muscle was significantly increased only by severe hypothermia, identifying it as a potential diagnostic marker for fatal hypothermia [Umehara et al. DOI:10.1007/s00414-018-1888-3]. Separately, a network analysis of human postmortem dorsolateral prefrontal cortex identified the NR4A1 as a top hub gene associated with depressed suicide, with its expression progressively decreasing from controls to MDD non-suicides to MDD suicides [Zeng et al. DOI:10.1016/j.psychres.2020.113513].