Basic Information

Symbol
NR4A3
RNA class
mRNA
Alias
Nuclear Receptor Subfamily 4 Group A Member 3 MINOR CSMF NOR1 CHN Translocated In Extraskeletal Chondrosarcoma Mitogen-Induced Nuclear Orphan Receptor Neuron-Derived Orphan Receptor 1 Nuclear Hormone Receptor NOR-1 Chondrosarcoma, Extraskeletal Myxoid, Fused To EWS Nuclear Receptor Subfamily 4, Group A, Member 3 TEC
Location (GRCh38)
9:99821855-99866891
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006981.4
Sequence length
5604.0 nt
GC content
0.4697

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1716.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1822.68 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1831.22
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_006981.4 NCBI
GCGCAGCCGGGAGAGCGGAGUCUCCUGCCUCCCGCCCCCCACCCCUCCA… 5604 nt 0.4697
NM_173199.4 NCBI
GCGCAGCCGGGAGAGCGGAGUCUCCUGCCUCCCGCCCCCCACCCCUCCA… 2800 nt 0.5729
NM_173200.3 NCBI
GCGCAGCCGGGAGAGCGGAGUCUCCUGCCUCCCGCCCCCCACCCCUCCA… 5676 nt 0.4688
Summary

This gene encodes a member of the steroid-thyroid hormone-retinoid receptor superfamily. The encoded protein may act as a transcriptional activator. The protein can efficiently bind the NGFI-B Response Element (NBRE). Three different versions of extraskeletal myxoid chondrosarcomas (EMCs) are the result of reciprocal translocations between this gene and other genes. The translocation breakpoints are associated with Nuclear Receptor Subfamily 4, Group A, Member 3 (on chromosome 9) and either Ewing Sarcome Breakpoint Region 1 (on chromosome 22), RNA Polymerase II, TATA Box-Binding Protein-Associated Factor, 68-KD (on chromosome 17), or Transcription factor 12 (on chromosome 15). Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Mar 2010]

Forensic Context

A study in Wistar rats demonstrated that alcohol exposure and withdrawal significantly altered the expression of numerous mRNAs and miRNAs in the prefrontal cortex, hippocampus, and corpus striatum, with the NR4A3 being part of a downregulated gene network in the medial prefrontal cortex of post-dependent rats [Heilig et al. DOI:10.1111/Gbb.12344]. A study in humans identified the NR4A3 as a top hub gene within a co-expression network module whose progressive downregulation in the dorsolateral prefrontal cortex was significantly correlated with major depressive disorder and suicide [Zeng et al. DOI:10.1016/j.psychres.2020.113513].