Basic Information

Symbol
ARID2
RNA class
mRNA
Alias
AT-Rich Interaction Domain 2 BAF200 KIAA1557 SMARCF3 ZIPZAP P200 AT-Rich Interactive Domain-Containing Protein 2 AT Rich Interactive Domain 2 (ARID, RFX-Like) Zinc Finger Protein With Activation Potential ARID Domain-Containing Protein 2 BRG1-Associated Factor 200 DKFZp686G052 Zipzap/P200 FLJ30619 CSS6
Location (GRCh38)
12:45728910-45908040
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_152641.4
Sequence length
8598.0 nt
GC content
0.4051

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2264.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2434.93 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2283.39
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001347839.2 NCBI
GCCGGCCCAUGACUGAGCCCCGCCGCCGCCGGCCGAGGAAUGGGCUCCG… 5691 nt 0.4398
NM_152641.4 NCBI
GCCGGCCCAUGACUGAGCCCCGCCGCCGCCGGCCGAGGAAUGGGCUCCG… 8598 nt 0.4051
Summary

This gene encodes a member of the AT-rich interactive domain (ARID)-containing family of DNA-binding proteins. Members of the ARID family have roles in embryonic patterning, cell lineage gene regulation, cell cycle control, transcriptional regulation and chromatin structure modification. This protein functions as a subunit of the polybromo- and BRG1-associated factor or PBAF (SWI/SNF-B) chromatin remodeling complex which facilitates ligand-dependent transcriptional activation by nuclear receptors. Mutations in this gene are associated with hepatocellular carcinomas. A pseudogene of this gene is found on chromosome1. [provided by RefSeq, Dec 2016] CIViC Summary for ARID2 Gene

Forensic Context

A study in mice demonstrated that prenatal chlorpyrifos exposure disrupts kidney development, with RNA-sequencing and WGCNA identifying a co-expression network where hub mRNAs like Prss1, Prss2, and Prss3 were significantly upregulated and strongly connected to lncRNAs Gm28760, Gm28139, and Gm26717, while markers like Osr1, Wt1, and foxd1 were downregulated at E12.5, and proximal tubule markers including Slc34a1, Slc6a19, and Aqp1 were upregulated at E18.5, leading to ectopic proximal tubule formation [Li et al. DOI:10.21037/Atm-20-6632].