Basic Information

Symbol
NRP1
RNA class
mRNA
Alias
Neuropilin 1 VEGF165R NRP CD304 Vascular Endothelial Cell Growth Factor 165 Receptor Neuropilin-1 Transmembrane Receptor CD304 Antigen BDCA4 NP1
Location (GRCh38)
10:33177492-33336262
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003873.7
Sequence length
5640.0 nt
GC content
0.4426

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1643.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1747.14 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1243.07
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001024628.3 NCBI
AGACAUGGCCCGGGCAGUGGCUCCUGGAAGAGGAACAAGUGUGGGAAAA… 2238 nt 0.5009
NM_001024629.3 NCBI
AGACAUGGCCCGGGCAGUGGCUCCUGGAAGAGGAACAAGUGUGGGAAAA… 2133 nt 0.4974
NM_001244972.2 NCBI
AGACAUGGCCCGGGCAGUGGCUCCUGGAAGAGGAACAAGUGUGGGAAAA… 5622 nt 0.4424
NM_001244973.2 NCBI
AGACAUGGCCCGGGCAGUGGCUCCUGGAAGAGGAACAAGUGUGGGAAAA… 5619 nt 0.4422
NM_001330068.2 NCBI
AGACAUGGCCCGGGCAGUGGCUCCUGGAAGAGGAACAAGUGUGGGAAAA… 5589 nt 0.4434
NM_003873.7 NCBI
AGACAUGGCCCGGGCAGUGGCUCCUGGAAGAGGAACAAGUGUGGGAAAA… 5640 nt 0.4426
Summary

This gene encodes one of two neuropilins, which contain specific protein domains which allow them to participate in several different types of signaling pathways that control cell migration. Neuropilins contain a large N-terminal extracellular domain, made up of complement-binding, coagulation factor V/VIII, and meprin domains. These proteins also contains a short membrane-spanning domain and a small cytoplasmic domain. Neuropilins bind many ligands and various types of co-receptors; they affect cell survival, migration, and attraction. Some of the ligands and co-receptors bound by neuropilins are vascular endothelial growth factor (VEGF) and semaphorin family members. This protein has also been determined to act as a co-receptor for SARS-CoV-2 (which causes COVID-19) to infect host cells. [provided by RefSeq, Nov 2020]

Forensic Context

A study in human dermal lymphatic and blood vascular endothelial cells (LECs and BECs) identified several lineage-specific lncRNAs, including the NRP1 as a BEC marker mentioned in the introduction [Ducoli et al. DOI:10.1038/s41467-021-21217-0]. A study in rats demonstrated that the NRP1 mRNA was up-regulated with blast intensity and time after blast exposure, as part of a broader pattern of vascular wound healing and angiogenic marker expression changes following mild blast traumatic brain injury [Balaban et al. DOI:10.1016/j.jneumeth.2016.02.001].