Basic Information

Symbol
NRXN1
RNA class
mRNA
Alias
Neurexin 1 KIAA0578 Hs.22998 Neurexin-1 Neurexin I-Alpha Neurexin-1-Alpha Neurexin-1-Beta Neurexin I-Beta Neurexin I PTHSL2 SCZD17
Location (GRCh38)
2:49918503-51225575
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001330078.2
Sequence length
9038.0 nt
GC content
0.4356

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2617.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2788.84 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2291.85
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
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GUUCUCCCCUCCCGCACUCCUGGAGAUAGACGCUCAAGCCUGACGCCUC… 9158 nt 0.4346
NM_001320156.4 NCBI
ACUGAUAGGCCGGGCUGAUGCGCAGGCAAUUUAUCAUCUUGAUCUCCCA… 4036 nt 0.3479
NM_001320157.4 NCBI
ACUGAUAGGCCGGGCUGAUGCGCAGGCAAUUUAUCAUCUUGAUCUCCCA… 4027 nt 0.3474
NM_001330077.2 NCBI
GUUCUCCCCUCCCGCACUCCUGGAGAUAGACGCUCAAGCCUGACGCCUC… 9014 nt 0.4353
NM_001330078.2 NCBI
GUUCUCCCCUCCCGCACUCCUGGAGAUAGACGCUCAAGCCUGACGCCUC… 9038 nt 0.4356
NM_001330079.2 NCBI
GUUCUCCCCUCCCGCACUCCUGGAGAUAGACGCUCAAGCCUGACGCCUC… 5087 nt 0.4175
NM_001330081.2 NCBI
GUUCUCCCCUCCCGCACUCCUGGAGAUAGACGCUCAAGCCUGACGCCUC… 5090 nt 0.4175
NM_001330082.2 NCBI
GUUCUCCCCUCCCGCACUCCUGGAGAUAGACGCUCAAGCCUGACGCCUC… 9005 nt 0.4352
NM_001330083.2 NCBI
GUUCUCCCCUCCCGCACUCCUGGAGAUAGACGCUCAAGCCUGACGCCUC… 8873 nt 0.4350
NM_001330084.2 NCBI
GUUCUCCCCUCCCGCACUCCUGGAGAUAGACGCUCAAGCCUGACGCCUC… 8972 nt 0.4355
Showing 1 to 10 of 25 entries
Summary

This gene encodes a single-pass type I membrane protein that belongs to the neurexin family. Neurexins are cell-surface receptors that bind neuroligins to form Ca(2+)-dependent neurexin/neuroligin complexes at synapses in the central nervous system. This complex is required for efficient neurotransmission and is involved in the formation of synaptic contacts. Three members of this gene family have been studied in detail and are estimated to generate over 3,000 variants through the use of two alternative promoters (alpha and beta) and extensive alternative splicing in each family member. Recently, a third promoter (gamma) was identified for this gene in the 3' region. Mutations in this gene are associated with Pitt-Hopkins-like syndrome-2 and may contribute to susceptibility to schizophrenia. [provided by RefSeq, Aug 2016]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the NRXN1 was identified as a high-confidence gene common between mice and humans within the top 10% of genes related to lifetime alcohol consumption in postmortem prefrontal cortex [Farris et al. DOI:10.1038/Mp.2014.159].