Basic Information

Symbol
NRXN1
RNA class
mRNA
Alias
Neurexin 1 KIAA0578 Hs.22998 Neurexin-1 Neurexin I-Alpha Neurexin-1-Alpha Neurexin-1-Beta Neurexin I-Beta Neurexin I PTHSL2 SCZD17
Location (GRCh38)
2:49918503-51225575
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001330078.2
Sequence length
9038.0 nt
GC content
0.4356

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2617.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2788.84 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2291.85
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001330085.2 NCBI
GUUCUCCCCUCCCGCACUCCUGGAGAUAGACGCUCAAGCCUGACGCCUC… 9011 nt 0.4360
NM_001330086.2 NCBI
GUUCUCCCCUCCCGCACUCCUGGAGAUAGACGCUCAAGCCUGACGCCUC… 9029 nt 0.4355
NM_001330087.2 NCBI
GUUCUCCCCUCCCGCACUCCUGGAGAUAGACGCUCAAGCCUGACGCCUC… 8837 nt 0.4351
NM_001330088.2 NCBI
GUUCUCCCCUCCCGCACUCCUGGAGAUAGACGCUCAAGCCUGACGCCUC… 8858 nt 0.4357
NM_001330089.2 NCBI
GUUCUCCCCUCCCGCACUCCUGGAGAUAGACGCUCAAGCCUGACGCCUC… 2012 nt 0.5641
NM_001330090.2 NCBI
GUUCUCCCCUCCCGCACUCCUGGAGAUAGACGCUCAAGCCUGACGCCUC… 4352 nt 0.4343
NM_001330091.2 NCBI
GCAGAUUUGCAUAGAGCCCCUUGCUUCACCAGCGUGUGUGGUUUUUCUU… 5709 nt 0.4206
NM_001330092.2 NCBI
GCAGAUUUGCAUAGAGCCCCUUGCUUCACCAGCGUGUGUGGUUUUUCUU… 5718 nt 0.4208
NM_001330093.2 NCBI
GUUCUCCCCUCCCGCACUCCUGGAGAUAGACGCUCAAGCCUGACGCCUC… 9035 nt 0.4356
NM_001330094.2 NCBI
GUUCUCCCCUCCCGCACUCCUGGAGAUAGACGCUCAAGCCUGACGCCUC… 9017 nt 0.4357
Showing 11 to 20 of 25 entries
Summary

This gene encodes a single-pass type I membrane protein that belongs to the neurexin family. Neurexins are cell-surface receptors that bind neuroligins to form Ca(2+)-dependent neurexin/neuroligin complexes at synapses in the central nervous system. This complex is required for efficient neurotransmission and is involved in the formation of synaptic contacts. Three members of this gene family have been studied in detail and are estimated to generate over 3,000 variants through the use of two alternative promoters (alpha and beta) and extensive alternative splicing in each family member. Recently, a third promoter (gamma) was identified for this gene in the 3' region. Mutations in this gene are associated with Pitt-Hopkins-like syndrome-2 and may contribute to susceptibility to schizophrenia. [provided by RefSeq, Aug 2016]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the NRXN1 was identified as a high-confidence gene common between mice and humans within the top 10% of genes related to lifetime alcohol consumption in postmortem prefrontal cortex [Farris et al. DOI:10.1038/Mp.2014.159].